pythonda betik yazma

[shigej38]

merhabalar arkadaşlar

aktif olarak kullandığım kabuk programlama ile bir kaç adet program içerisinde verilerimi işleyebileceğim bir sh dosyası oluşturdum. betik istediğim dosya isimlerini ayarladıktan sonra sırayla programlara giderek programlar üzerinde komut yürütme işlemini gerçekleştiriyor elle girmek yerine tek betikle birden çok dosyayı bırakıp sonuç alabiliyorum.

benim sorum şu python ile kodlanmamış programlarda bulunan bu pipelinenimi python da script yazarak aynı işlemleri yaptırabilir miyim? komutlar terminal üzerinden yürümekte

[ahmet12]

nasıl bır betık bu bıraz paylas ıstersen kodları
komutları termınalden yazmak ıstersen os modulu ıle yapabılırsın

Kod Seç Genişlet

import os
os.system("komut")
seklınde bır den fazla komut yazıcaksanda bır lıstenın ıcıne kaydedersın
komutlar=["ls -la","uname","echo dex","rm -rf " ] gibi
for i in komutlar:
    os.system(i)
dersin olay biter

[shigej38]

[mention=646793]@ahmet12[/mention]

komutlarım bwa samtools picard ve gatk gibi araçların komutları elimde ki 6-7gb boyutarında yaklaşık 100 kadar dosyayı işleyip istediğim formata ve içinde ki bilgileri bir texte yazdırıyorum son halde ancak bunun için yazdığım betikte dosyaları isimlendiriyor belli bir kurala göre sıra ile bütün hepsini tek tek yapıp işlem bitince diğer dosyaya geçiyor yani bir döngü barındırıyor içerisinde bu döngüyü os modülü uygulayabilir mi?

[Empat]

[mention=646793]@ahmet12[/mention]
Lütfen çıktıları ve kodları kod etiketleri içerisinde paylaşın.

İletinizdeki kodları, kod etiketleri içerisine aldım.

[ahmet12]

[mention=646795]@shigej38[/mention]
dedıgınıze gore kodladıgınız bash dosyasında dosya okuma dedıgınız kurallara gore ayrıstırmada ve yenı dosya uretme gıbı seyler yapıyor
os modulu system fonksıyonu sadece termınalde kod calıstırmanız ıcındı sen komple pythondan yapmak ıstıyorsan herseyı
python dılıne gore bır daha kodlaman lazım
bunu pythondan yapabılırsınız sıkıntıyok

[shigej38]

[mention=646802]@ahmet12[/mention]

benim hedeflediğim şey tam olarak bu zaten terminalde benim vereceğim komutların çalıştırılması ve bu komutları döngü içerisinde yapması ufak bir örnek verebilir misiniz os modülü ile alakalı?