bashrc-tcsh

[stonecold]

Herkese merhaba.

Ubuntu konusunda çok yeniyim ve bilmediğim çok şey mevcut. Dilim döndüğü kadar sorunumu paylaşmak isterim:

- TDEFNODE isimli, Fortran'da yazılmış bir program var. Tektonik çalışmalar için kullanılıyor.
- Ubuntu üzerinden çalıştığından, Windows işletim sistemi olan bilgisayarıma VMware Workstation sanal makinesi kurdum ve üzerine de Ubuntu 14 yükledim.
- Bir arkadaşım bu TDEFNODE yazılımını gfortran kullanarak derledi.
- Program için .bashrc dosyasına programın kurulu olduğu yolu tanıttım.
- Programla beraber, çizimleri yapabildiğimiz "td_plot" isimli bir programcık mevcut. Bu programcık(ya da betik, vs.) GMT isimli başka bir çizim programını, terminalde verdiğimiz bazı parametrelere göre çalıştırıyor ve çizim yapıyor; yani sisteme GMT'de yükledim.
- Ancak anladığım kadarıyla bu "td_plot" içerisindeki komutlar "tcsh" ile alakalı; sanırım bu nedenle çizimlerde oldukça eksik kısımlar mevcut; çizimler yanlış.
- Programı yazan kişi yurtdışından bir bilimadamı. Çizimler konusunda yardım istediğimde "sistemde tcsh ya da csh kurulu değilse bazı problemler olabilir" diyor.
- TDEFNODE programının çalışabilmesi için sisteme "tcsh" kurmuştum, ancak terminalde tcsh'ye geçiş yapıp programın bulunduğu klasörde işlem yaptığımda TDEFNODE'da dahil hiçbiri çalışmıyor.
- Sonuç olarak bu "td_plot" programını çalıştırmak istiyorum ancak anladığım kadarıyla "tcsh" için bazı özel tanımlar(alias, vb.) yapmak gerekiyor.

Çözüm nasıl olabilir? Ya da olabilir mi?

Teşekkürler.

[stonecold]

Şimdiye kadar anladığıma göre, bu td_plot dosyası "tcsh" shell'e göre yazılan komutlar içeriyor. Bunun çalışabilmesi için dosyanın en başında "#!/bin/tcsh -f" ve sistemde "tcsh" yüklü olması lazım; ikisi de mevcut.

Asıl sormak istediğim, Ubuntu 14'te aktif shell'i "bash"'den "tcsh"'ye çevirmek ve bu scripti tcsh shell'inde çalıştırabilmek mümkün mü?

[siberoloji]

Kod Seç Genişlet

which tcsh
Sonuç?

[stonecold]

Kod Seç Genişlet

which tcsh
Sonuç?

Cevaben "/usr/bin/tcsh" mesajı var.

Anladığım kadarıyla terminalde tcsh yazıp o shell'e geçmek yeterli. Script kendi klasöründe çalışıyor ama aslında herhangi bir çıktı klasöründen çalışması da gerekli, zira komut satırına bazı argümanlar ekliyoruz. Mesela:

Kod Seç Genişlet

td_plot -p map -p isme

gibi.

Sanıyorum .bashrc'de olduğu gibi, tcsh için kaynak dosyası her neyse ona da bazı PATH tanımlamaları yapmak gerekli.

[siberoloji]

sizin scriptlerin başında

Kod Seç Genişlet

#!/bin/tcsh -f
yazılı ancak sisteminizde tcsh

Kod Seç Genişlet

/usr/bin/tcsh
klasöründe bulunuyor.
dolayısıyla scriptler (betikler) tcsh için /bin/tcsh klasörünü arıyor. Orada değil ki!
O zaman scriplerin başını /usr/bin/tcsh olarak değişirtirmeli veya /bin/tcsh klasörünün içine aranan tcsh ı koymalıyız.
Kendiniz yapabilir misiniz?
----
Ayrıca, sizin kullanıcınız varsayılan olarak bash kullanıyorsa onu da aşağıdaki komut ile tcsh a çevirebilirsiniz.

Kod Seç Genişlet

chsh -s /usr/bin/tcsh

[7hr33l3t73r]

Kabuk degistirmenize gerek yok. Asagidaki komutlardan TD_HOME dizinini kendinize gore duzenleyip, diger komutlarida calistirdiginiz zaman sorunsuz calismakta.

Kod Seç Genişlet


$ pwd
/home/$USER/TDEFNODE
$ export TD_HOME=/home/$USER/TDEFNODE
$ export PATH=$TD_HOME:$PATH
$ mkdir -p scratch/$USER
$ td_plot
Use:
Types of plots

td_plot -p map    - plots maps
td_plot -p insar  - plots InSAR maps
td_plot -p ts1    - plots time series on 1 page
td_plot -p ts     - plots multiple time series per page
td_plot -p xsec   - plots fault cross-sections
td_plot -p stf    - plot source time function velocity or displacement history
td_plot -p prof   - plot profile

Additional flags: required arguments in brackets [ ]

   -bird            plot Bird (2002) plate outlines
   -blk3                        plot .blk3 file on map
   -blocks            plot block outlines
   -bname              plot names of blocks
   -calcv              plot calculated velocities
   -demets            plot DeMets NUVEL-1 plate outlines
   -detrend            detrend time series
   -d                            plot STF displacement (default is velocity)
   -dl     [ incr ]    gridline increment
   -dt     [ dt ]      time-axis increment
   -dx     [ dx ]      x-axis increment
   -dy     [ dy ]      y-axis increment
   -dz     [ dz ]      z-axis increment
   -ehb    [ size ]         plot EHB earthquakes (size in inches)
   -elasv  [ fnum ]              plot elastic vectors for fault fnum or 'all'
   -eps                          remove .eps file
   -es     [ scale ]  error ellipse scale
   -etopo2                              plot ETOPO2 topography
   -file   [filename color ]    plot misc GMT format file(s) on map, specify color
   -flock  [ num ]    fault number or 'all' for locking
   -fsegs                        plot fault segments on map
   -fslip                        fault slip vectors
   -gcmt              plot GCMT mechanisms
   -gcode  [ CODE ]    GPS or InSAR file 4-letter code for time series
   -grdgrad                             use gradient for topo
   -hc     [ size color ]               dots where hard constraints imposed
   -icode  [ CODE ]    InSAR 4-letter code
   -idot   [ size ]                     InSAR dot size
   -iminmax [ min max ]                 InSAR min and max values for scale
   -insar        plot InSAR on profile
   -isize  [ size ]                     InSAR dot size in inches
   -Jt                                  Use -Jt projection
   -label  [ text ]                     write label on map
   -lscale [ Lon Lat Size ]  Length_scale Lon Lat Size(kms)
   -mag    [ mag1 mag2 ] magnitude range
   -m      [ CODE ]    model 4-letter code
   -netv              plot reference frame vectors on map
   -nnode  [ num ]    plot nodes for fault number num
   -node   [ num ]    plot nodes; all, fault number or 0 for surface nodes
   -nosig                               no error bars on time series
   -nppg   [ num ]                      number of time series per page (td_plot_time_series)
   -ns     [ size ]    fontsize of GPS site names
   -numb                                write block pole and strain indices on map
   -numf                                number faults on map
   -obsv              plot observed velocities
   -o      [ filename ] output file name prefix
   -omev              plot observed minus elastic vectors
   -omrv              plot observed minus rotation vectors
   -pal    [ palette ]                color palette
   -pdf                                 remove .pdf file
   -pfile  [ filename color ] plot polygon file
   -phi                plot PHI on map
   -ph     [ num ]                page height in inches
   -pnum   [ num ]                      profile number to plot
   -poles                               plot poles on map
   -p      [ plot_type ]                plotting routine to run (see above)
   -proline                             plot profile lines on map
   -psv    [ filename color ]     plot psvelo file
   -pw     [ num ]      page width in inches
   -qfault            plot USGS Quaternary faults
   -qkfile [ filename ] plot earthquakes
   -res              plot residual displacements on time series
   -resv              plot residual velocities
   -rivers                              plot rivers on map
   -rotv              plot rotational velocities
   -season            remove seasonal signal from time series
   -site   [ CODE ]    site code
   -slab   [ num interval ]    Fault contours, fault number and contour interval
   -slip   [ min max ]    Min and Max_slip for scale bars
   -srtm   [ filename ]                 put SRTM topography on map
   -strain [ scale lon lat size ] plot strain rates 
   -strv              plot permanent strain velocities
   -sv              plot earthquake slip vectors
   -t      [ T1 T2 ] Min and max for time-axis plot
   -trans  [ num ]    transient number
   -transv      plot transient displacement vectors
   -transxy [ num ]      make map limits num degrees from location
   -var                                 write vertical axis rotation rate on map
   -votw   [ size ]                     Plot volcanoes (VOTW)
   -vphi              plot VPHI on map
   -vscale [ scale lon lat size ]  Vector scale Lon Lat Size
   -wesn   [ W E S N ] West East South North degrees
   -x      [ Xmin Xmax ] Min and max for x-axis plot
   -xyfile [ filename color size ] plot points file
   -y      [ Ymin Ymax ] Min and max for y-axis plot
   -z      [ Zmin Zmax ] Min and max depths for z-axis plot, EHB or GCMT

~TD_HOME


[stonecold]

Yardımlarınız için teşekkürler. Sonuçta programı kurup çalıştırmayı başardım. Bu konu belki başka birilerinin işine yarayabilir, o yüzden kurulum aşamalarını kısaca yazmaya çalışacağım.

Kurulumda en önemli kısım yazılımların sürümleri. Anladığım kadarıyla bazı sürümlerle ilgili problemler oluyor.

• Kurulumu VMware sanal makinesinde Ubuntu 16.04 sürümü ile yaptım. Sanal makine içinse 4 CPU ve 4 GB RAM tanımladım
• netcdf(libnetcdf-dev) ve gdal(libgdal1-dev) kurulumları yapıldı
• GMT-4.5.14 ve GSHHG-GMT-2.3.4 ile GMT4param.txt ve install_gmt4.sh dosyaları indirildi ve bir klasörde toplandı.
• GMT4param.txt dosyasındaki parametreler değiştirildi(offline installation için): GSHHG_ftp=n, GSHHG_path(kurulum yolu tanımı), GMT_ftp=n, GMT_prefix=(kurulum yolu), GMT_delete=n
• Terminalden kurulum için: sudo sh install_gmt4.sh GMT4param.txt
• .bashrc dosyasına GMT için PATH tanımları yapıldı

Bu kısım GMT kurulumu içindi. TDEFNODE kurulumu içinse:

• TDEFNODE indirildi ve derlendi.
• Bütün dosyalar bir klasöre toplandı(tercihen TDEFNODE).
• Yine .bashrc dosyasına, TDEFNODE programı ve td_plot scripti için PATH tanımları yapıldı.
• td_plot scripti için tcsh paketi yüklendi

Program şimdilik sorunsuz çalışıyor gibi görünüyor.

Herkese iyi çalışmalar.