Gaussian 09

[ct]

@ct ben bu dizinleri kendime nasıl uyarlayacağımı bilmiyorum ama onuda söylersen sevinirim hatta  bir örnekle açıklayabilirsen çok sevinirim

Galiba yanlış anlıyorum soruyu. Dizin yapısını mı soruyorsunuz? Mesela şuradaki komutu ele alalım:

Kod Seç Genişlet

sudo mkdir /usr/local/g09

Burada sudo yönetici haklarını almanızı sağlayan komut kullandıktan sonra şifre isteyecektir onu girmeniz gerekiyor. mkdir is make directory'nin kısaltması yani dizin oluşturuyor. /usr/local ise sistemde var olan kullanıma açık bir dizin. Genelde programlar oraya kurulduğu için bu anlatımda da oraya kurulmuş. Yani mkdir /usr/local/g09 komutuyla usr dizininin altındaki local dizininde g09 isimli bir dizin aç anlamına geliyor. ls komutuyla bir dizinin altındaki dosyaları sıralayabilirsiniz. Hemen örneğini de vereyim:

Kod Seç Genişlet

ls /usr/local/
bin  g09    include  lpcxpresso_5.0.12_1038  sbin   src
etc  games  lib      man                     share


Uçbirimi açtığınıza kendi ev dizinindesiniz yani /home/kullanici-adiniz/ gibi bir dizin olması lazım. pwd komutuyla hangi dizinde olduğunuzu görebilrisiniz. Mesela bendeki çıktısı şu şekilde:

Kod Seç Genişlet

pwd
/home/cagdas


Ayrıca Linux'da dosya yapısı nasıl oluyor diye merak ediyorsanız şu başlığa bakabilirsiniz:

http://forum.ubuntu-tr.net/index.php/topic,12956.0.html

[eeddii]

Kod Seç Genişlet

driver@ubuntu:~$ sudo apt-get install build-essential libc6-dev-i386 gfortran csh
[sudo] password for driver:
Paket listeleri okunuyor... Bitti
Bağımlılık ağacı inşa ediliyor.       
Durum bilgisi okunuyor... Bitti       
libc6-dev-i386 paketi mevcut değil, ancak başka paket içerisinden işaret edilmiş.
Bunun anlamı paket kayıp, eskimiş olabilir ya da
başka bir yazılım kaynağında mevcut olabilir.

E: 'libc6-dev-i386' paketi için kurulum adayı yok
driver@ubuntu:~$

bu ilk komut doğru ise devam edicem @ct

[ct]

Tamamdır bende de aynı çıktıyı verdi. libc6-dev-i386 paketi 64 bit sistemlerde 32 bit işlemleri için kullanılan bir kütüphane. Aşağıdaki komutla sisteminiz hakkındaki bilgileri görebilrisiniz.

Kod Seç Genişlet

uname -a

Çıktısını buraya geçerseniz sistemin 32 bit kurulu olup olmadığını anlayabiliriz.

[eeddii]

Kod Seç Genişlet

driver@ubuntu:~$ uname -a
Linux ubuntu 3.2.0-36-generic-pae #57-Ubuntu SMP Tue Jan 8 22:01:06 UTC 2013 i686 i686 i386 GNU/Linux
driver@ubuntu:~$
bu öğrenmek için yazdığımız komut
o zamn ikinci komuta geçiyorum


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 30 Ocak 2013 - 20:08:56

Kod Seç Genişlet

driver@ubuntu:~$ sudo mkdir /usr/local/g09
[sudo] password for driver:
Sorry, try again.
[sudo] password for driver:
mkdir: `/usr/local/g09' dizini oluşturulamıyor: Dosya var
driver@ubuntu:~$
bunu yazdı 3e geçiyim mi? @ct

[ct]

/usr/local/g09 dizinini oluşturmuşsunuz zaten. O yüzden yenisini oluşturamıyor. Evet geçebilirsiniz diğer işleme.

[eeddii]

dosyanın içine yazarken

Kod Seç Genişlet

# for Gaussian 09
export g09root=/usr/local
export GAUSS_SRCDIR=/tmp
alt satıra geçip mi yazayım yoksa en son yazanın hemen arkasına mı boşluk bırakıyım mı ? ve bunu yazınca kaydedip öyle mi geçim diğer adıma

[ct]

En alt satıra enter ile satır açarak ekleyin bulup çıkarması kolay olsun. Evet kaydetip kapatın. Diğer arada yaptığınız işlemleri de buraya geçebilir misiniz?

[eeddii]

Kod Seç Genişlet

driver@ubuntu:~$ gedit ~/.bashrc

(gedit:5860): LIBDBUSMENU-GLIB-WARNING **: Translation has an invalid value 'ltr(soldan sağa)' for default text direction.  Defaulting to left-to-right.
driver@ubuntu:~$
bu dosyayı değiştirmeden önceki komut @ct

Kod Seç Genişlet

driver@ubuntu:~$ source ~/.bashrc
driver@ubuntu:~$ cd /usr/local/g09/bsd/
driver@ubuntu:/usr/local/g09/bsd$ sed -i 's/`gau-machine/`.\/gau-machine/' *
driver@ubuntu:/usr/local/g09/bsd$ sed -i 's/`set-mflags/`.\/set-mflags/' bldg09
driver@ubuntu:/usr/local/g09/bsd$ sed -i 's/`bsd\/set-mflags/`.\/bsd\/set-mflags/' bldg09
driver@ubuntu:/usr/local/g09/bsd$ sed -i 's/`gau-hname/`.\/gau-hname/' set-mflags
driver@ubuntu:/usr/local/g09/bsd$ sed -i 's/`cachesize/`.\/cachesize/' set-mflags
driver@ubuntu:/usr/local/g09/bsd$ cp gau-unlimit ..
driver@ubuntu:/usr/local/g09/bsd$ cp cachesize .. cp set-mflags ..
cp: `..' dizini atlanıyor
cp: `cp' durumlanamadı: Böyle bir dosya ya da dizin yok
driver@ubuntu:/usr/local/g09/bsd$ cp ../gau-machine .
driver@ubuntu:/usr/local/g09/bsd$ sed -i 's/getline/get_line/' fsplit.c
@ct buda değiştirdikten sonraki adım için devam edeyim mi?

[ct]

Kod Seç Genişlet

cp cachesize .. cp set-mflags ..

komutunda hata çıkmış. Şu şekilde yapabilir misiniz?

Kod Seç Genişlet

cp cachesize ..

Kod Seç Genişlet

cp set-mflags ..

Bir de aşağıdaki komuttan sonra hata vb bir şey vermedi mi? Bende orada takılmıştım.

Kod Seç Genişlet

sed -i 's/getline/get_line/' fsplit.c

[eeddii]

Kod Seç Genişlet

driver@ubuntu:/usr/local/g09/bsd$ cp cachesize ..
driver@ubuntu:/usr/local/g09/bsd$ cp set-mflags .
cp: `set-mflags' ve `./set-mflags' aynı dosya
driver@ubuntu:/usr/local/g09/bsd$ sed -i 's/getline/get_line/' fsplit.c
sed: fsplit.c okunamıyor: Böyle bir dosya ya da dizin yok
driver@ubuntu:/usr/local/g09/bsd$
  dediklerinizi yazdım bunlar çıktı şimdi napıyım

[ct]

Kod Seç Genişlet

cp set-mflags ..

Şeklinde olacak. Tek noktayla iki nokta farklı oluyor.

Kod Seç Genişlet

driver@ubuntu:/usr/local/g09/bsd$ sed -i 's/getline/get_line/' fsplit.c
sed: fsplit.c okunamıyor: Böyle bir dosya ya da dizin yok

Bendekiyle aynı hatayı verdi. Onu nasıl çözeceğimizi bulamadım. Diğer son iki adımda hata vermeyecektir ama exe dosyalarını oluşturamıyor.

[eeddii]

Kod Seç Genişlet

driver@ubuntu:/usr/local/g09/bsd$ cp set-mflags ..
driver@ubuntu:/usr/local/g09/bsd$
bi daha yazdım bunu yazdı şimdi ne yazım

[ct]

Aşağıdakilerle derleme işlemini deneyebilirsiniz:

Kod Seç Genişlet

cd /usr/local/g09

Kod Seç Genişlet

./bsd/bldg09 >&make.log

Son olarak exe dosyalarınn üretilip üretilmediğine bakabilirsiniz:

Kod Seç Genişlet

ls -l /usr/local/g09/

[eeddii]

Kod Seç Genişlet


driver@ubuntu:/usr/local/g09/bsd$ cd /usr/local/g09
driver@ubuntu:/usr/local/g09$ ./bsd/bldg09 >&make.log
driver@ubuntu:/usr/local/g09$ ls -l /usr/local/g09/
toplam 94104
-rw-r----- 1 driver driver    31388 Ağu 30  2009 amber98.prm
-rw-r----- 1 driver driver    15566 Ağu 30  2009 amber.prm
drwxr-x--- 2 driver driver     4096 Ağu 30  2009 basis
drwxr-x--- 2 driver driver     4096 Oca 30 20:29 bsd
-rwxr-x--- 1 driver driver   523088 Ağu 30  2009 c8609
-rw-r----- 1 driver driver      225 Ağu 30  2009 c8609.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver      405 Oca 30 20:45 cachesize
-rwxr-x--- 1 driver driver   488536 Ağu 30  2009 chkchk
-rwxr-x--- 1 driver driver   570702 Ağu 30  2009 copychk
-rwxr-x--- 1 driver driver 13742100 Ağu 30  2009 cubegen
-rw-r----- 1 driver driver     1825 Ağu 30  2009 cubegen.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver   413520 Ağu 30  2009 cubman
-rw-r----- 1 driver driver      852 Ağu 30  2009 cubman.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver   366800 Ağu 30  2009 demofc
-rw-r----- 1 driver driver   169617 Ağu 30  2009 dftba.prm
-rw-r----- 1 driver driver     5521 Ağu 30  2009 dreiding.prm
-rwxr-x--- 1 driver driver   661576 Ağu 30  2009 formchk
-rw-r----- 1 driver driver      530 Ağu 30  2009 formchk.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver  4632624 Ağu 30  2009 freqchk
-rwxr-x--- 1 driver driver   365232 Ağu 30  2009 freqmem
-rwxr-x--- 1 driver driver   359536 Ağu 30  2009 g09
-rwxr-x--- 1 driver driver    32024 Ağu 30  2009 gau-cpp
-rwxr-x--- 1 driver driver    15368 Ağu 30  2009 gau-fsplit
-rwxr-x--- 1 driver driver     4680 Ağu 30  2009 gau-machine
-rwxr-x--- 1 driver driver  2430408 Ağu 30  2009 gauopt
-rw-r----- 1 driver driver      545 Ağu 30  2009 gauopt.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver  2840724 Ağu 30  2009 gauoptl
-rw-r----- 1 driver driver      545 Ağu 30  2009 gauoptl.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver   707646 Ağu 30  2009 gautraj
-rwxr-x--- 1 driver driver      530 Oca 30 20:29 gau-unlimit
-rwxr-x--- 1 driver driver   708560 Ağu 30  2009 ghelp
-rwxr-x--- 1 driver driver    22836 Ağu 30  2009 ghelp.hlp
-rw-r----- 1 driver driver     1326 Ağu 30  2009 ghmain.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver   357624 Ağu 30  2009 ham506
-rw-r----- 1 driver driver      174 Ağu 30  2009 ham506.hlp
-rw-r----- 1 driver driver    16519 Ağu 30  2009 l1002.hlp
-rw-r----- 1 driver driver    98272 Ağu 30  2009 l1003.hlp
-rw-r----- 1 driver driver    80080 Ağu 30  2009 l101.hlp
-rw-r----- 1 driver driver    61728 Ağu 30  2009 l103.hlp
-rw-r----- 1 driver driver    13095 Ağu 30  2009 l1101.hlp
-rw-r----- 1 driver driver    22711 Ağu 30  2009 l115.hlp
-rw-r----- 1 driver driver    67414 Ağu 30  2009 l123.hlp
-rw-r----- 1 driver driver   253431 Ağu 30  2009 l1.hlp
-rw-r----- 1 driver driver     6764 Ağu 30  2009 l202.hlp
-rw-r----- 1 driver driver   132223 Ağu 30  2009 l301.hlp
-rw-r----- 1 driver driver    26774 Ağu 30  2009 l401.hlp
-rw-r----- 1 driver driver    16025 Ağu 30  2009 l405.hlp
-rw-r----- 1 driver driver    37369 Ağu 30  2009 l502.hlp
-rw-r----- 1 driver driver    13682 Ağu 30  2009 l503.hlp
-rw-r----- 1 driver driver     1572 Ağu 30  2009 l506.hlp
-rw-r----- 1 driver driver   282646 Ağu 30  2009 l510.hlp
-rw-r----- 1 driver driver    25814 Ağu 30  2009 l601.hlp
-rw-r----- 1 driver driver    13487 Ağu 30  2009 l716.hlp
-rw-r----- 1 driver driver    14745 Ağu 30  2009 l801.hlp
-rw-r----- 1 driver driver   156086 Ağu 30  2009 l913.hlp
-rw-r----- 1 driver driver     3641 Ağu 30  2009 l916.hlp
-rw-r----- 1 driver driver   250689 Ağu 30  2009 l923.hlp
-rw-r----- 1 driver driver    19564 Ağu 30  2009 l9999.hlp
-rw-r----- 1 driver driver 19698677 Ağu 30  2009 log.bldg09
-rw-rw-r-- 1 driver driver     8850 Oca 30 21:02 make.log
-rw-r----- 1 driver driver      800 Ağu 30  2009 mdutil.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver 21246381 Ağu 30  2009 mm
-rw-r----- 1 driver driver   255220 Ağu 30  2009 mm2.prm
-rw-r----- 1 driver driver     1281 Ağu 30  2009 mm.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver 17118792 Ağu 30  2009 newzmat
-rw-r----- 1 driver driver    10411 Ağu 30  2009 newzmat.hlp
-rw-r----- 1 driver driver    24716 Ağu 30  2009 oplsaa.prm
-rw-r----- 1 driver driver   283512 Ağu 30  2009 osutil.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver     2742 Ağu 30  2009 putil.hlp
-rw-r----- 1 driver driver      201 Ağu 30  2009 putils.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver   359960 Ağu 30  2009 rwfdump
-rw-r----- 1 driver driver      506 Ağu 30  2009 rwfdump.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver     4091 Oca 30 20:53 set-mflags
-rw-r----- 1 driver driver       50 Ağu 30  2009 test.inp
-rw-r----- 1 driver driver     6576 Ağu 30  2009 test.out
-rwxr-x--- 1 driver driver  5207024 Ağu 30  2009 testrt
-rw-r----- 1 driver driver      388 Ağu 30  2009 testrt.hlp
drwxr-x--- 5 driver driver     4096 Ağu 30  2009 tests
-rw-r----- 1 driver driver    20949 Ağu 30  2009 uff.prm
-rwxr-x--- 1 driver driver   577240 Ağu 30  2009 unfchk
-rw-r----- 1 driver driver      672 Ağu 30  2009 unfchk.hlp
-rw-r----- 1 driver driver    90629 Ağu 30  2009 utilam.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver      513 Ağu 30  2009 util.hlp
-rw-r----- 1 driver driver   139792 Ağu 30  2009 utilnz.hlp
driver@ubuntu:/usr/local/g09$

komutları yazınca bunlar geldi nerden bakıcam exe oluşup oluşmadığına @ct

[ct]

İlk indirdiğiniz dosyanın içinde exe uzantılı dosyalar vardı şu şekilde ama sizin gönderdiğinizde maalesef yok. Benim derlemeye çalıştığım dizinde de yok.

İndirilmiş haldeki dosya:

Kod Seç Genişlet

ls -l g09
total 495792
-rw-r----- 1 cagdas cagdas    31388 May  8  2007 amber98.prm
-rw-r----- 1 cagdas cagdas    15566 Nov 10  2005 amber.prm
drwxr-x--- 2 cagdas cagdas     4096 Dec 12  2008 basis
drwxr-x--- 2 cagdas cagdas     4096 May 12  2009 bsd
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   405176 May 12  2009 c8609
-rw-r----- 1 cagdas cagdas      225 May 12  2009 c8609.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   412664 May 12  2009 chkchk
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   544876 May 12  2009 copychk
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  8344493 May 12  2009 cubegen
-rw-r----- 1 cagdas cagdas     1825 May 12  2009 cubegen.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   345556 May 12  2009 cubman
-rw-r----- 1 cagdas cagdas      852 May 12  2009 cubman.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   308324 May 12  2009 demofc
-rw-r----- 1 cagdas cagdas   169617 Apr 10  2007 dftba.prm
-rw-r----- 1 cagdas cagdas     5521 Mar 13  2007 dreiding.prm
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   534800 May 12  2009 formchk
-rw-r----- 1 cagdas cagdas      530 May 12  2009 formchk.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  2462904 May 12  2009 freqchk
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   311744 May 12  2009 freqmem
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   303488 May 12  2009 g09
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas    27296 May 12  2009 gau-cpp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas    11448 May 12  2009 gau-fsplit
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas     3220 May 12  2009 gau-machine
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   841296 May 12  2009 gauopt
-rw-r----- 1 cagdas cagdas      545 May 12  2009 gauopt.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  1176505 May 12  2009 gauoptl
-rw-r----- 1 cagdas cagdas      545 May 12  2009 gauoptl.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   613948 May 12  2009 gautraj
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   517564 May 12  2009 ghelp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas    22836 May 12  2009 ghelp.hlp
-rw-r----- 1 cagdas cagdas     1326 May 12  2009 ghmain.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   303904 May 12  2009 ham506
-rw-r----- 1 cagdas cagdas      174 May 12  2009 ham506.hlp
-rw-r----- 1 cagdas cagdas        0 May 12  2009 ia32p3.flag
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 11592588 May 12  2009 l1002.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas    16519 May 12  2009 l1002.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  9256928 May 12  2009 l1003.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas    98272 May 12  2009 l1003.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 10896232 May 12  2009 l1014.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  2204828 May 12  2009 l101.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas    80080 May 12  2009 l101.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   341528 May 12  2009 l102.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 12091108 May 12  2009 l103.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas    61728 May 12  2009 l103.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  1217212 May 12  2009 l105.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   988580 May 12  2009 l106.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  1200740 May 12  2009 l107.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   327860 May 12  2009 l108.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  1389768 May 12  2009 l109.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 10003256 May 12  2009 l1101.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas    13095 May 12  2009 l1101.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  9745172 May 12  2009 l1102.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   343868 May 12  2009 l110.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 11633248 May 12  2009 l1110.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  8818192 May 12  2009 l1111.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 11101608 May 12  2009 l1112.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   339064 May 12  2009 l111.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  1407932 May 12  2009 l113.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  1411580 May 12  2009 l114.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  1406736 May 12  2009 l115.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas    22711 May 12  2009 l115.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   366336 May 12  2009 l116.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  7486272 May 12  2009 l117.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  1877220 May 12  2009 l118.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 11930884 May 12  2009 l120.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  8884236 May 12  2009 l121.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  1446876 May 12  2009 l122.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  2068736 May 12  2009 l123.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas    67414 May 12  2009 l123.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 10436928 May 12  2009 l124.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   990132 May 12  2009 l1.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas   253431 May 12  2009 l1.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  1497488 May 12  2009 l202.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas     6764 May 12  2009 l202.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 14479340 May 12  2009 l301.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas   132223 May 12  2009 l301.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  9260696 May 12  2009 l302.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  9740672 May 12  2009 l303.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  7274244 May 12  2009 l308.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   431296 May 12  2009 l310.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   433848 May 12  2009 l311.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   592144 May 12  2009 l314.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   312772 May 12  2009 l316.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  1426068 May 12  2009 l318.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  7256248 May 12  2009 l319.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  9881848 May 12  2009 l401.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas    26774 May 12  2009 l401.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 12563508 May 12  2009 l402.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   442160 May 12  2009 l405.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas    16025 May 12  2009 l405.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 12140680 May 12  2009 l502.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas    37369 May 12  2009 l502.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  1576752 May 12  2009 l503.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas    13682 May 12  2009 l503.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  8144652 May 12  2009 l506.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas     1572 May 12  2009 l506.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 10909224 May 12  2009 l508.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 14224332 May 12  2009 l510.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas   282646 May 12  2009 l510.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 10904460 May 12  2009 l601.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas    25814 May 12  2009 l601.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  9950620 May 12  2009 l602.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  1164432 May 12  2009 l604.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  8426644 May 12  2009 l607.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  7834896 May 12  2009 l608.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  3003816 May 12  2009 l609.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  7279556 May 12  2009 l610.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 10804216 May 12  2009 l701.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  1243764 May 12  2009 l702.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  9388244 May 12  2009 l703.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 11386404 May 12  2009 l716.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas    13487 May 12  2009 l716.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 10754520 May 12  2009 l801.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas    14745 May 12  2009 l801.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   360444 May 12  2009 l802.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  8706848 May 12  2009 l804.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  1863840 May 12  2009 l811.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   917008 May 12  2009 l901.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  1192652 May 12  2009 l902.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   321412 May 12  2009 l903.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 10149924 May 12  2009 l904.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   316264 May 12  2009 l905.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  8763020 May 12  2009 l906.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  8306916 May 12  2009 l908.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 10995752 May 12  2009 l913.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas   156086 May 12  2009 l913.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 11008212 May 12  2009 l914.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  1167588 May 12  2009 l915.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 10310096 May 12  2009 l916.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas     3641 May 12  2009 l916.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  1226112 May 12  2009 l918.exe
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 13173044 May 12  2009 l923.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas   250689 May 12  2009 l923.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  2832264 May 12  2009 l9999.exe
-rw-r----- 1 cagdas cagdas    19564 May 12  2009 l9999.hlp
-rw-r----- 1 cagdas cagdas      800 May 12  2009 mdutil.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 13572508 May 12  2009 mm
-rw-r----- 1 cagdas cagdas   255220 May  4  2007 mm2.prm
-rw-r----- 1 cagdas cagdas     1281 May 12  2009 mm.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas 10411084 May 12  2009 newzmat
-rw-r----- 1 cagdas cagdas    10411 May 12  2009 newzmat.hlp
-rw-r----- 1 cagdas cagdas    24716 May  8  2007 oplsaa.prm
-rw-r----- 1 cagdas cagdas   283512 May 12  2009 osutil.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas     2742 May 12  2009 putil.hlp
-rw-r----- 1 cagdas cagdas      201 May 12  2009 putils.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   306628 May 12  2009 rwfdump
-rw-r----- 1 cagdas cagdas      506 May 12  2009 rwfdump.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas  2846264 May 12  2009 testrt
-rw-r----- 1 cagdas cagdas      388 May 12  2009 testrt.hlp
drwxr-x--- 5 cagdas cagdas     4096 May 10  2009 tests
-rw-r----- 1 cagdas cagdas    20949 Nov 10  2005 uff.prm
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas   470940 May 12  2009 unfchk
-rw-r----- 1 cagdas cagdas      672 May 12  2009 unfchk.hlp
-rw-r----- 1 cagdas cagdas    90629 May 12  2009 utilam.hlp
-rwxr-x--- 1 cagdas cagdas      513 May 12  2009 util.hlp
-rw-r----- 1 cagdas cagdas   139792 May 12  2009 utilnz.hlp


[eeddii]

tamam anladım sayılır  peki ne yapmamız gerekiyor?

[ct]

fsplit.c ile yapılan işlemi yapamadığımızdan olsa gerek derleme işleminde hata alıyoruz. İnternetten bakıyorum ama pek sonuç alamadım.

[eeddii]

@ct anladım elimde bir tane daha kurulum dosyası var ama nerden indirilmiş hocam indirmiş içinde install dosyası yok istersen bir yere update ediyim birde ona bakalım yada fotolarını çekim onlarada bakmak ister misin?

[ct]

@ct anladım elimde bir tane daha kurulum dosyası var ama nerden indirilmiş hocam indirmiş içinde install dosyası yok istersen bir yere update ediyim birde ona bakalım yada fotolarını çekim onlarada bakmak ister misin?

Olabilir. Şöyle bir çıktı iyi bir şey mi? Bu forumda bulunan öbür başlığı takip ederek elde ettim:

Kod Seç Genişlet

g09 < test000.com

Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009, Gaussian, Inc.
                  All Rights Reserved.
 
This is part of the Gaussian(R) 09 program.  It is based on
the Gaussian(R) 03 system (copyright 2003, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.
 
This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.
 
This software is provided under written license and may be
used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
written license.
 
The following legend is applicable only to US Government
contracts under FAR:
 
                    RESTRICTED RIGHTS LEGEND
 
Use, reproduction and disclosure by the US Government is
subject to restrictions as set forth in subparagraphs (a)
and (c) of the Commercial Computer Software - Restricted
Rights clause in FAR 52.227-19.
 
Gaussian, Inc.
340 Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492
 
 
---------------------------------------------------------------
Warning -- This program may not be used in any manner that
competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
assistance to any competitor of Gaussian, Inc.  The licensee
of this program is prohibited from giving any competitor of
Gaussian, Inc. access to this program.  By using this program,
the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
business of creating and licensing software in the field of
computational chemistry and represents and warrants to the
licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
it will not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------
 

Cite this work as:
Gaussian 09, Revision A.01,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian,
A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada,
M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima,
Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr.,
J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers,
K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand,
K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross,
V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth,
P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,
O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2009.

******************************************
Gaussian 09:  IA32L-G09RevA.01  8-May-2009
                30-Jan-2013
******************************************
------------------------------------------------------
# SP, RHF/STO-3G punch=archive trakio scf=conventional
------------------------------------------------------
1/38=1/1;
2/12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/6=3,11=1,16=1,25=14,30=1,116=1/1,2,3,11,14;
4//1;
5/5=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
99/5=1,9=1,10=8/99;
-----------------------------------------
Gaussian Test Job 00 Water with archiving
-----------------------------------------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
O
H                    1     0.96
H                    1     0.96     2     109.47122

     1 tetrahedral angles replaced.
    1 tetrahedral angles replaced.
                          Input orientation:                         
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
Number     Number       Type             X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
      1          8           0        0.000000    0.000000    0.000000
      2          1           0        0.000000    0.000000    0.960000
      3          1           0        0.905097    0.000000   -0.320000
---------------------------------------------------------------------
                    Distance matrix (angstroms):
                    1          2          3
     1  O    0.000000
     2  H    0.960000   0.000000
     3  H    0.960000   1.567673   0.000000
Stoichiometry    H2O
Framework group  C2V[C2(O),SGV(H2)]
Deg. of freedom     2
Full point group                 C2V     NOp   4
Largest Abelian subgroup         C2V     NOp   4
Largest concise Abelian subgroup C2      NOp   2
                         Standard orientation:                         
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
Number     Number       Type             X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
      1          8           0        0.000000    0.000000    0.110851
      2          1           0        0.000000    0.783837   -0.443405
      3          1           0        0.000000   -0.783837   -0.443405
---------------------------------------------------------------------
Rotational constants (GHZ):    919.0227225    408.0852053    282.5991530
Standard basis: STO-3G (5D, 7F)
There are     4 symmetry adapted basis functions of A1  symmetry.
There are     0 symmetry adapted basis functions of A2  symmetry.
There are     1 symmetry adapted basis functions of B1  symmetry.
There are     2 symmetry adapted basis functions of B2  symmetry.
Integral buffers will be    262144 words long.
Raffenetti 1 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
     7 basis functions,    21 primitive gaussians,     7 cartesian basis functions
     5 alpha electrons        5 beta electrons
       nuclear repulsion energy         9.1571759100 Hartrees.
NAtoms=    3 NActive=    3 NUniq=    2 SFac= 1.69D+00 NAtFMM=   80 NAOKFM=F Big=F
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis=     7 RedAO= T  NBF=     4     0     1     2
NBsUse=     7 1.00D-06 NBFU=     4     0     1     2
Out2e will use a cutoff of  1.00D-10
          144 integrals produced for a total of          144.
Phoenix requires     263168 words of memory.
Out2e will use a cutoff of  1.00D-10
Phenix exits -- no d or f functions.
            0 integrals produced for a total of          144.
PHOENIX SHELL PASSES=       0  NUMBER PROCESSED=       0
          FAST PASSES=       0
Harris functional with IExCor=  205 diagonalized for initial guess.
ExpMin= 1.69D-01 ExpMax= 1.31D+02 ExpMxC= 1.31D+02 IAcc=1 IRadAn=         1 AccDes= 0.00D+00
HarFok:  IExCor=  205 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         1 IDoV= 1
ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=           0
         NFxFlg=           0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
         Omega=  0.000000  0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 ICntrl=     500 IOpCl=  0
         NMat0=    1 NMatS0=    1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
         I1Cent=           4 NGrid=           0.
Petite list used in FoFCou.
Initial guess orbital symmetries:
       Occupied  (A1) (A1) (B2) (A1) (B1)
       Virtual   (A1) (B2)
The electronic state of the initial guess is 1-A1.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Two-electron integrals will be kept in memory, NGetB=      150804.
SCF Done:  E(RHF) =  -74.9607232756     A.U. after    7 cycles
             Convg  =    0.2505D-09             -V/T =  2.0051

**********************************************************************

            Population analysis using the SCF density.

**********************************************************************

Orbital symmetries:
       Occupied  (A1) (A1) (B2) (A1) (B1)
       Virtual   (A1) (B2)
The electronic state is 1-A1.
Alpha  occ. eigenvalues --  -20.23454  -1.26079  -0.62393  -0.44051  -0.38697
Alpha virt. eigenvalues --    0.59296   0.75410
          Condensed to atoms (all electrons):
              1          2          3
     1  O    7.839228   0.266628   0.266628
     2  H    0.266628   0.591638  -0.044508
     3  H    0.266628  -0.044508   0.591638
Mulliken atomic charges:
              1
     1  O   -0.372485
     2  H    0.186243
     3  H    0.186243
Sum of Mulliken atomic charges =   0.00000
Mulliken charges with hydrogens summed into heavy atoms:
              1
     1  O    0.000000
Sum of Mulliken charges with hydrogens summed into heavy atoms =   0.00000
Electronic spatial extent (au):  <R**2>=             17.8525
Charge=              0.0000 electrons
Dipole moment (field-independent basis, Debye):
    X=              0.0000    Y=              0.0000    Z=             -1.6890  Tot=              1.6890
Quadrupole moment (field-independent basis, Debye-Ang):
   XX=             -6.0921   YY=             -4.1965   ZZ=             -5.4605
   XY=              0.0000   XZ=              0.0000   YZ=              0.0000
Traceless Quadrupole moment (field-independent basis, Debye-Ang):
   XX=             -0.8424   YY=              1.0532   ZZ=             -0.2108
   XY=              0.0000   XZ=              0.0000   YZ=              0.0000
Octapole moment (field-independent basis, Debye-Ang**2):
  XXX=              0.0000  YYY=              0.0000  ZZZ=             -0.1756  XYY=              0.0000
  XXY=              0.0000  XXZ=             -0.0059  XZZ=              0.0000  YZZ=              0.0000
  YYZ=             -0.5889  XYZ=              0.0000
Hexadecapole moment (field-independent basis, Debye-Ang**3):
XXXX=             -3.2294 YYYY=             -6.5599 ZZZZ=             -4.7128 XXXY=              0.0000
XXXZ=              0.0000 YYYX=              0.0000 YYYZ=              0.0000 ZZZX=              0.0000
ZZZY=              0.0000 XXYY=             -1.8138 XXZZ=             -1.3522 YYZZ=             -1.7002
XXYZ=              0.0000 YYXZ=              0.0000 ZZXY=              0.0000
N-N= 9.157175909978D+00 E-N=-1.969263790986D+02  KE= 7.458406050809D+01
Symmetry A1   KE= 6.662722514880D+01
Symmetry A2   KE= 0.000000000000D+00
Symmetry B1   KE= 5.057462452019D+00
Symmetry B2   KE= 2.899372907275D+00
1\1\GINC-CAGDAS-K53SV\SP\RHF\STO-3G\H2O1\CAGDAS\30-Jan-2013\0\\# SP, R
HF/STO-3G punch=archive trakio scf=conventional\\Gaussian Test Job 00
Water with archiving\\0,1\O\H,1,0.96\H,1,0.96,2,109.47122063\\Version=
IA32L-G09RevA.01\State=1-A1\HF=-74.9607233\RMSD=2.505e-10\Dipole=0.542
5712,0.,0.3836558\Quadrupole=0.1565292,-0.6262971,0.4697679,0.,-0.4429
865,0.\PG=C02V [C2(O1),SGV(H2)]\\@
The archive entry for this job was punched.


Experience is what you get when you don't get what you want.
-- Dan Stanford
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      1 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
Normal termination of Gaussian 09 at Wed Jan 30 19:41:17 2013.


[eeddii]

evet genellikle output dosyalarının içinde bulunuyor programa input dosyası verilir o da bize output verir onun içinde yazan şeyler bunlar.

[ct]

Şu mesajdakileri uyguladım. Burada ayhan yazan yere kendi kullanıcı adınızı yazarak uygulabilirsiniz:

http://forum.ubuntu-tr.net/index.php?topic=25027.msg393860#msg393860

[eeddii]

g06 driverın içine atmam lazım sanırım @ct

[ct]

g06 driverın içine atmam lazım sanırım @ct

driver'ın içine açtığınız gauss dizinine atabilirsiniz. O gauss dizinini kök dizin olarak tanıtıyor daha sonra.

[zeusmaster]

@eeddii, bu kadar uğraşmaktan ziyade ben sana daha kolay bir yol önereyim Uhem bünyesinde sorununuzu çözebiliriz.
http://portal.uhem.itu.edu.tr/ Proje başvurusu yapınız. Bu sayede kendi kaynaklarınızı kullanmadan, gerekli hesaplamaları paralel olarak kolaylıkla yapabilirsiniz.
Ücretsiz olarak 5000-10000 cpu saat kadar yararlanma hakkınız bulunmaktadır.

[heartsmagic]

Oldukça zahmet verilmiş başlığa
@eeddii, aslında ben derleme tarifini yaptığım iletimde bir iki şey söylemeye çalışmıştım. Sonradan @ct de değinmiş buna. Senin elindeki pakette derlenmiş dosyalar var muhtemelen, zira çıktılarında .exe'leri görüyorum. Deneyeceğin ilk şey hiçbir şey yapmadan indirdiğin şeyi açıp, g09 kullanarak bir girdi dosyası ile deneme yapman. Eğer arşivle beraber gelen test dosyaları da denenebiliyorsa onları da deneyebilirsin. Sanırım şu aşamada senin kurulumdan ziyade Gaussian için Linux üzerinde nasıl çalışılır onu araştırman gerekiyor.

Diğer bir yandan @bahdem'den de güzel bir öneri gelmiş