Gaussian 09

[eeddii]

Merhabalar
İlk defa master tezim için lunix sistem kullanıyorum elimde bir program var linux için ama bunu nasıl kuracağımı bilmiyorum. Yardımlarınızı bekliyorum.

[tlg]

Hangi programı kurmaya çalışıyorsunuz?

[eeddii]

gaussian 09 diye kimya programı

[eeddii]

Gaussian diye kimya ile ilgili bir program var ubuntu için yalnız hangi komutları nasıl yazıp kuracağımı bilmiyorum öğretir misiniz?

[ct]

Başlığın ilerleyen mesajlarında 09 kurulumu yapılmış:

http://forum.ubuntu-tr.net/index.php?topic=25027.0

[ct]

Lütfen aynı sorun için birden fazla başlık açmayınız. Konu dağılacağı için çözüme ulaşmanız zorlaşacaktır.

[eeddii]

ona baktım yalnız benm indirdiğimde install dosyası yok bulamıyorum

[ct]

http://gaussian.com/g_tech/g_ur/m_linda.htm

If you have purchased Gaussian binaries, Linda is distributed on the same CD as the Gaussian binaries and no additional installation is necessary. Follow the directions in the file README file on the distribution CD

Binary (ikili dosya) hali varsa elinizde README dosyasını buraya geçebilir misiniz?

[decent]

This software requires the following libraries:

   - Qt >= 4.4

To compile this software, type:

   

Kod Seç Genişlet

qmake
   

Kod Seç Genişlet

make

To install this software, type:

   

Kod Seç Genişlet

make install

To build on Mac OS X, type:

   

Kod Seç Genişlet

qmake -spec macx-g++
   

Kod Seç Genişlet

make

then an universal binary application will be built.

https://gaussianbeam.svn.sourceforge.net/svnroot/gaussianbeam/INSTALL

[eeddii]

yazdığınız komutları yazıyorum ama bir türlü bu işi çözemedim uzaktan erişim veya en baştan adım adım yaptırabilir misiniz?

[heartsmagic]

@eeddii, uzaktan yardımı tercih etmiyoruz. Elindeki kurulum paketinin tam ismini, nerede olduğunu yazar mısın buraya?

[eeddii]

@heartsmagic  masaüstünde internetten indirdim adı buydu g09.tar.bz2  bende içini açtım içindeki dosyayıda masaüstüne çıkardım onun ismide g09


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 29 Ocak 2013 - 21:53:32
yardım bekliyorum


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 29 Ocak 2013 - 21:54:28

@eeddii, uzaktan yardımı tercih etmiyoruz. Elindeki kurulum paketinin tam ismini, nerede olduğunu yazar mısın buraya?

müsait misiniz?

[heartsmagic]

@eeddii, üst üste ileti geçmene gerek yok, zaten gördüğün gibi birleştiriliyor iletilerin. Müsait olduğumuz ölçüde yardım etmeye çalışırız, fakat forumda yardım isteyen çok insan var. Sırayla bakıyoruz konulara kısacası.

Kod Seç Genişlet

cd ~/Masaüstü/g09
ls -l içeriğini buraya kod etiketi içinde geç lütfen. Ayrıca varsa bir INSTALL veya README dosyası onu da geç buraya. Bir de bu g09.tar.bz2'yi nereden indirdin?

Asında diğer bağlantıda bir şeyler var, fakat Linux'u hiç kullanmamış birisi için biraz karışık görünecektir o adımlar.

[eeddii]

Kod Seç Genişlet

driver@ubuntu:~$ cd ~/Masaüstü/g09
driver@ubuntu:~/Masaüstü/g09$ ls -l
toplam 832556
-rw-r----- 1 driver driver    31388 Ağu 30  2009 amber98.prm
-rw-r----- 1 driver driver    15566 Ağu 30  2009 amber.prm
drwxr-x--- 2 driver driver     4096 Ağu 30  2009 basis
drwxr-x--- 2 driver driver     4096 Ağu 30  2009 bsd
-rwxr-x--- 1 driver driver   523088 Ağu 30  2009 c8609
-rw-r----- 1 driver driver      225 Ağu 30  2009 c8609.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver   488536 Ağu 30  2009 chkchk
-rwxr-x--- 1 driver driver   570702 Ağu 30  2009 copychk
-rwxr-x--- 1 driver driver 13742100 Ağu 30  2009 cubegen
-rw-r----- 1 driver driver     1825 Ağu 30  2009 cubegen.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver   413520 Ağu 30  2009 cubman
-rw-r----- 1 driver driver      852 Ağu 30  2009 cubman.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver   366800 Ağu 30  2009 demofc
-rw-r----- 1 driver driver   169617 Ağu 30  2009 dftba.prm
-rw-r----- 1 driver driver     5521 Ağu 30  2009 dreiding.prm
-rw-r----- 1 driver driver        0 Ağu 30  2009 em64t.flag
-rwxr-x--- 1 driver driver   661576 Ağu 30  2009 formchk
-rw-r----- 1 driver driver      530 Ağu 30  2009 formchk.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver  4632624 Ağu 30  2009 freqchk
-rwxr-x--- 1 driver driver   365232 Ağu 30  2009 freqmem
-rwxr-x--- 1 driver driver   359536 Ağu 30  2009 g09
-rwxr-x--- 1 driver driver    32024 Ağu 30  2009 gau-cpp
-rwxr-x--- 1 driver driver    15368 Ağu 30  2009 gau-fsplit
-rwxr-x--- 1 driver driver     4680 Ağu 30  2009 gau-machine
-rwxr-x--- 1 driver driver  2430408 Ağu 30  2009 gauopt
-rw-r----- 1 driver driver      545 Ağu 30  2009 gauopt.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver  2840724 Ağu 30  2009 gauoptl
-rw-r----- 1 driver driver      545 Ağu 30  2009 gauoptl.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver   707646 Ağu 30  2009 gautraj
-rwxr-x--- 1 driver driver   708560 Ağu 30  2009 ghelp
-rwxr-x--- 1 driver driver    22836 Ağu 30  2009 ghelp.hlp
-rw-r----- 1 driver driver     1326 Ağu 30  2009 ghmain.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver   357624 Ağu 30  2009 ham506
-rw-r----- 1 driver driver      174 Ağu 30  2009 ham506.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver 18526592 Ağu 30  2009 l1002.exe
-rw-r----- 1 driver driver    16519 Ağu 30  2009 l1002.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver 14801352 Ağu 30  2009 l1003.exe
-rw-r----- 1 driver driver    98272 Ağu 30  2009 l1003.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver 17486920 Ağu 30  2009 l1014.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver  4241744 Ağu 30  2009 l101.exe
-rw-r----- 1 driver driver    80080 Ağu 30  2009 l101.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver   410944 Ağu 30  2009 l102.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 19419944 Ağu 30  2009 l103.exe
-rw-r----- 1 driver driver    61728 Ağu 30  2009 l103.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver  2937696 Ağu 30  2009 l105.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver  2637824 Ağu 30  2009 l106.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver  2958240 Ağu 30  2009 l107.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver   389232 Ağu 30  2009 l108.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver  3184848 Ağu 30  2009 l109.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 16050232 Ağu 30  2009 l1101.exe
-rw-r----- 1 driver driver    13095 Ağu 30  2009 l1101.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver 15729488 Ağu 30  2009 l1102.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver   454504 Ağu 30  2009 l110.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 18425088 Ağu 30  2009 l1110.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 14802816 Ağu 30  2009 l1111.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 17805064 Ağu 30  2009 l1112.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver   404368 Ağu 30  2009 l111.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver  3220104 Ağu 30  2009 l113.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver  3229000 Ağu 30  2009 l114.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver  3322160 Ağu 30  2009 l115.exe
-rw-r----- 1 driver driver    22711 Ağu 30  2009 l115.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver   495464 Ağu 30  2009 l116.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 12693768 Ağu 30  2009 l117.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver  3785008 Ağu 30  2009 l118.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 19128496 Ağu 30  2009 l120.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 14358936 Ağu 30  2009 l121.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver  3102288 Ağu 30  2009 l122.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver  4101784 Ağu 30  2009 l123.exe
-rw-r----- 1 driver driver    67414 Ağu 30  2009 l123.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver 16654128 Ağu 30  2009 l124.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver  1394808 Ağu 30  2009 l1.exe
-rw-r----- 1 driver driver   253431 Ağu 30  2009 l1.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver  3363512 Ağu 30  2009 l202.exe
-rw-r----- 1 driver driver     6764 Ağu 30  2009 l202.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver 20498824 Ağu 30  2009 l301.exe
-rw-r----- 1 driver driver   132223 Ağu 30  2009 l301.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver 14809552 Ağu 30  2009 l302.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 15694392 Ağu 30  2009 l303.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 12302840 Ağu 30  2009 l308.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver   501848 Ağu 30  2009 l310.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver   580112 Ağu 30  2009 l311.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver   984456 Ağu 30  2009 l314.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver   371512 Ağu 30  2009 l316.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver  3101760 Ağu 30  2009 l318.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 12279208 Ağu 30  2009 l319.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 15625984 Ağu 30  2009 l401.exe
-rw-r----- 1 driver driver    26774 Ağu 30  2009 l401.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver 19950496 Ağu 30  2009 l402.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver   528296 Ağu 30  2009 l405.exe
-rw-r----- 1 driver driver    16025 Ağu 30  2009 l405.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver 19275864 Ağu 30  2009 l502.exe
-rw-r----- 1 driver driver    37369 Ağu 30  2009 l502.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver  3337096 Ağu 30  2009 l503.exe
-rw-r----- 1 driver driver    13682 Ağu 30  2009 l503.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver 13505328 Ağu 30  2009 l506.exe
-rw-r----- 1 driver driver     1572 Ağu 30  2009 l506.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver 17804520 Ağu 30  2009 l508.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 21140800 Ağu 30  2009 l510.exe
-rw-r----- 1 driver driver   282646 Ağu 30  2009 l510.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver 17324576 Ağu 30  2009 l601.exe
-rw-r----- 1 driver driver    25814 Ağu 30  2009 l601.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver 16054696 Ağu 30  2009 l602.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver  2954232 Ağu 30  2009 l604.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 13773880 Ağu 30  2009 l607.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 13025568 Ağu 30  2009 l608.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver  5510320 Ağu 30  2009 l609.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 12346616 Ağu 30  2009 l610.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 17661144 Ağu 30  2009 l701.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver  2993416 Ağu 30  2009 l702.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 15046920 Ağu 30  2009 l703.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 17983584 Ağu 30  2009 l716.exe
-rw-r----- 1 driver driver    13487 Ağu 30  2009 l716.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver 17140904 Ağu 30  2009 l801.exe
-rw-r----- 1 driver driver    14745 Ağu 30  2009 l801.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver   426032 Ağu 30  2009 l802.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 14136944 Ağu 30  2009 l804.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver  4008480 Ağu 30  2009 l811.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver  2501576 Ağu 30  2009 l901.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver  2915024 Ağu 30  2009 l902.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver   379768 Ağu 30  2009 l903.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 16214104 Ağu 30  2009 l904.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver   373424 Ağu 30  2009 l905.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 14311424 Ağu 30  2009 l906.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 13503096 Ağu 30  2009 l908.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 17563200 Ağu 30  2009 l913.exe
-rw-r----- 1 driver driver   156086 Ağu 30  2009 l913.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver 17607880 Ağu 30  2009 l914.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver  2842008 Ağu 30  2009 l915.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 16641600 Ağu 30  2009 l916.exe
-rw-r----- 1 driver driver     3641 Ağu 30  2009 l916.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver  2977208 Ağu 30  2009 l918.exe
-rwxr-x--- 1 driver driver 20840640 Ağu 30  2009 l923.exe
-rw-r----- 1 driver driver   250689 Ağu 30  2009 l923.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver  5179432 Ağu 30  2009 l9999.exe
-rw-r----- 1 driver driver    19564 Ağu 30  2009 l9999.hlp
-rw-r----- 1 driver driver 19698677 Ağu 30  2009 log.bldg09
-rw-r----- 1 driver driver      800 Ağu 30  2009 mdutil.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver 21246381 Ağu 30  2009 mm
-rw-r----- 1 driver driver   255220 Ağu 30  2009 mm2.prm
-rw-r----- 1 driver driver     1281 Ağu 30  2009 mm.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver 17118792 Ağu 30  2009 newzmat
-rw-r----- 1 driver driver    10411 Ağu 30  2009 newzmat.hlp
-rw-r----- 1 driver driver    24716 Ağu 30  2009 oplsaa.prm
-rw-r----- 1 driver driver   283512 Ağu 30  2009 osutil.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver     2742 Ağu 30  2009 putil.hlp
-rw-r----- 1 driver driver      201 Ağu 30  2009 putils.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver   359960 Ağu 30  2009 rwfdump
-rw-r----- 1 driver driver      506 Ağu 30  2009 rwfdump.hlp
-rw-r----- 1 driver driver       50 Ağu 30  2009 test.inp
-rw-r----- 1 driver driver     6576 Ağu 30  2009 test.out
-rwxr-x--- 1 driver driver  5207024 Ağu 30  2009 testrt
-rw-r----- 1 driver driver      388 Ağu 30  2009 testrt.hlp
drwxr-x--- 5 driver driver     4096 Ağu 30  2009 tests
-rw-r----- 1 driver driver    20949 Ağu 30  2009 uff.prm
-rwxr-x--- 1 driver driver   577240 Ağu 30  2009 unfchk
-rw-r----- 1 driver driver      672 Ağu 30  2009 unfchk.hlp
-rw-r----- 1 driver driver    90629 Ağu 30  2009 utilam.hlp
-rwxr-x--- 1 driver driver      513 Ağu 30  2009 util.hlp
-rw-r----- 1 driver driver   139792 Ağu 30  2009 utilnz.hlp
driver@ubuntu:~/Masaüstü/g09$

yukarıdaki sizin verdiğiniz kodu girince çıkıyor .

Kod Seç Genişlet

#!/bin/csh
chmod -R o-rwx .
rm -f clc flc ntsnet
foreach x (linda8.2)
  if (-d $x) then
    cd $x
    common/bin/install_pkg
    cd ..
    ln -s $x/*/bin/{clc,flc,ntsnet,f2c_gcc} .
    if(-d $x/mac-osX/lib) then
      echo "install: executing ranlib on libraries in $x/mac-osX/lib ..."
      ranlib $x/mac-osX/lib/nw_linda.a
      ranlib $x/mac-osX/lib/stubs.a
      ranlib $x/mac-osX/lib/ltcp_linda.a
      endif
    endif
  end
buda install dosyasının içeriği

kusura bakmayın @heartsmagic kaç haftadır uğraşıyorum bir türlü halledemedim sizden cevap beklemekteyim



Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 29 Ocak 2013 - 22:20:03
ayrıca Programı torrentten indirdim

[ct]

install dosyası bsd dizininde bulunuyor.

[eeddii]

evet bsdnin içinde şimdi ne yapmam gerekiyor

[ct]

Programı ben de indirdim beraber kurmak için ancak diğer konuda anlatılan nedenini ve yapılma şeklini de anlamadığım grup işlemini çözemedim. Uykusuzluktan anlamıyor da olabilirim.

[eeddii]

diğer konudakine bende baktım ama anlamadım o yüzden bende yeni konu açtım

[heartsmagic]

Uygulama için normal şartlar altında lisans gerekmekte, diğer başlıkta da arkadaşların söylediği üzere. Elinde lisans var mı?
Öteki türlü ben indirip deneyemem uygulamayı ne yazık ki. 09 sürümü diğer sürümden farklı gibi. Diğer başlıkta linux dizini görünüyor, eğer burada kurulum betiği bsd altındaysa o dizindeki betiği yürütmeyi deneyebiliriz belki. Grup ayarları illa şart mıdır bilemiyorum. Orada bir grup açılıp kullanıcılar dahil edilmiş.

[eeddii]

deneme için kuruyorum eğer sağlıklı sonuç alırsam lisans hemen alınacak şuan elimde lisansı yok linux sistemde çok yeniyim kullanabilirsem tez parası ile lisans alınacak normalde windows için lisansım var zaten. Eğer zahmet olmazsa ben sizin dediklerinizi yapmaya hazırım kurma işlemi için

[heartsmagic]

bsd dizini altında neler var?

[eeddii]

Kod Seç Genişlet

at, bldg09, cachesize, change_size, checkf, ckall, ckfail, ckwork, cleanscr, clearipc, cloneg09, clone-working, co1, comp, compall, convert-mm2, convert_tinker, cpp.h, diff-src, dom, do-util, examine_size, extract-ghelp, extuffex, fetch-ref, fixlib, fixlog.pl, g09.login, g09.profile, gau-arflags, Gau_External, gau-get, gau-hname, gau-ranlib, gau-unlimit, get-ref, getx, ghelp.awk, gzt, install, linda-ln, linda-lnx, lxi-working, lx-working, make-edir, make-ldir, make-nutill, makeutilcd, mkunixcd, movemerged, mygau, platform_a01.pdf, release_a01.txt, ren, rennew, save-working, set-mflags, setup-linda, setup-make, subg09, target, testl1, test-times, tgzip, upd, updatelink, updatelink1, x86type
içinde bulunan dosya isimleri bunlar

[heartsmagic]

Kurulum betiği göremiyorum ben orada, fakat ilk verdiğin dizinde g09 isminde bir dosya var ki bu muhtemelen ikilik dosyadır. Kısacası Gaussian dediğin uygulamayı onu kullanarak çalıştırabilirsin.

http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_running.htm

Running Gaussian on UNIX Systems

Kod Seç Genişlet

g09 job-name
g09 <input-file >output-file

Kısacası girdi dosyası nasıl bir şeyse artık onu kullanacak ve:

Kod Seç Genişlet

./g09 girdi_dosyası çıktı_dosyası

olarak çalıştıracaksın. Bu aşamadan sonrası sana kalıyor biraz. Bizler sadece ikilik dosya çalışmazsa ne yapabiliriz diye fikir yürütebiliriz.

[eeddii]

Kod Seç Genişlet

driver@ubuntu:~/Masaüstü/g09$ g09 job-name
g09: command not found
driver@ubuntu:~/Masaüstü/g09$ g09 <input-file >output-file
bash: input-file: Böyle bir dosya ya da dizin yok
driver@ubuntu:~/Masaüstü/g09$ ./g09 girdi_dosyası çıktı_dosyası
bash: ./g09: ikili dosya çalıştırılamıyor
driver@ubuntu:~/Masaüstü/g09$ 

bunlar çıktı @heartsmagic  şimdi ne yapabiliriz

[heartsmagic]

@eeddii, benim verdiğim o komut sadece bir örnek. Yani:

Kod Seç Genişlet

./g09 girdi_dosyası çıktı_dosyası

Yukarıdaki girdi_dosyası denilen şeyi sen hazırlayacaksın, Gaussian ne uygulamasıdır sen biliyorsundur diye düşünüyorum? Ben sadece kabaca yardım edebilirim bu konuda zira uygulamanın ne işe yaradığını bilmiyorum.

İkilik dosyayı çalıştırmak için benim verdiğim gibi kullanmalısın, yani başına bir /. koyarak.

Aslında bsd dizini altında bir install dosyası varmış, fakat ne yapar ne eder bir fikrim yok.

Şurada Unix için bir anlatım var:
http://www.gaussian.com/g_tech/install/g09bin.pdf

Şu da Ubuntu forumlarından:
http://ubuntuforums.org/showpost.php?p=12171054&postcount=4

Buradan da görüyorum ki doğrudan ikilik dosya üzerinden gidemiyoruz gibi. Bir ara üzerine düşüp buraya aktarmaya çalışalım. Derleme işlemi ve oluşan ikilikler var gibi.

Not: Bir iki saat içinde anlatımı geçmiş olabilirim, eğer yapmamışsam ne yazık ki ancak bir iki gün sonraya kalır.