Gönderen Konu: Talys Nükleer Hesaplama Programı  (Okunma sayısı 8514 defa)

0 Üye ve 1 Ziyaretçi konuyu incelemekte.

« : »
Merhaba arkadaşlar. Çalışmalarımda kullanmak zorunda olduğum Talys programı için ubuntu kurdum. Sitede yer alan program kurmak ile ilgili bölümleri ne kadar uygulamaya çalışsam da programı kurmayı beceremedim.  Set up dosyasını görüntüle dediğimde ise şu yazıyla karşılaşıyorum.
Kod: [Seç]
#!/bin/csh -f
unalias -a
#
# This script takes care of the TALYS installation.
# All you have to do is adapt the next 2 variables to your own situation,
# and run.....
#
set compiler='lf95'       # your own Fortran compiler
set bindir=${HOME}'/bin'  # destiny directory of the TALYS executable
#
# From here on, the rest should work automatically
#
# 1. Define the talys directory
#
set talysdir=`pwd`
#
# 2. Ensure that all directories have execute permission and that
#    all files have a read and write permission   
#
cd ..
chmod -R u+rwX talys
#
# 3. Ensure that TALYS can read the structure database by replacing
#    the path name in subroutine machine.f
#
set datapath=${talysdir}'/structure/'
set datapathnew=`echo $datapath | sed -e 's/\//\\\//g'`
cd ${talysdir}'/source/'
sed "s/path='.*'/path='${datapathnew}'/" machine.f  > machine_tmp.f
mv -f machine_tmp.f machine.f
#
# 4. Compile TALYS.
#    Please note that the compilation of ecis97t.f
#    may result in some trivial warning messages
#
${compiler} -c *.f
${compiler} *.o -o talys
#
# 5. Check whether the setup procedure has been successful
#
if ( -e talys ) then
 mv -f talys ${bindir}/talys
 echo ' '
 echo 'The TALYS setup has been completed.'
 echo ' '
 echo 'You will find a talys executable in your' $bindir 'directory.'
 echo ' '
 echo 'You are all set to run the sample problems in the samples directory'
 echo 'with the verify script.'
else
 echo 'TALYS setup failed'
endif

Yardımcı olursanız sevinirim.
« Son Düzenleme: 18 Kasım 2011 - 18:18:59 Gönderen: if »

« Yanıtla #1 : »
Setup dosyasını terminalde çalıştır derseniz kuruluma geçecektir diye düşünüyorum.


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 18 Kasım 2011 - 14:11:08
Ayrıca
Kod: [Seç]
apt-cache search talyskomutunun çıktısını aktarabilir misiniz?

« Yanıtla #2 : »
Terminalde çalıştır dediğim anda terminal açılıp kapanıyor.
Kod: [Seç]
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ apt-cache search talys
libatompub-perl - implementation of Atom Publishing Protocol
libcatalyst-action-rest-perl - module for automatic REST method dispatching
libcatalyst-controller-actionrole-perl - module for applying roles to action instances
libcatalyst-devel-perl - collection of development tools for Catalyst
libcatalyst-engine-apache-perl - Catalyst engine for Apache 1.x and 2.x
libcatalyst-engine-psgi-perl - Catalyst engine for the PSGI protocol
libcatalyst-manual-perl - developer's manual for Catalyst
libcatalyst-model-cdbi-perl - CDBI Model Class for Catalyst
libcatalyst-modules-extra-perl - collection of extra modules for Catalyst
libcatalyst-modules-perl - modules for Catalyst MVC Web Application Framework
libcatalyst-perl - elegant Model-View-Controller Web Application Framework
libcatalyst-view-tt-perl - Template View Class for Catalyst
libcatalystx-leakchecker-perl - module for detecting memory leaks in Catalyst applications
libconfig-jfdi-perl - Perl module to load any configuration files
libdancer-perl - effortless web application framework
libfcgi-perl - helper module for FastCGI
libhash-merge-simple-perl - Perl module to easily merge two or more hashes
libhtml-prototype-perl - module to generate HTML and Javascript for the Prototype library
libtest-www-mechanize-catalyst-perl - module for automated testing for Catalyst applications
libweb-simple-perl - simple web framework
rancid-cgi - looking glass CGI for rancid
ttf-aenigma - 465 free TrueType fonts by Brian Kent
fglrx-amdcccle - Catalyst Control Center for the AMD graphics accelerators
fglrx-amdcccle-updates - Catalyst Control Center for the AMD graphics accelerators
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ ^C
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ ^C
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ ^C
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ ^C
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ ^C
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ ^C
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ clear

hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ apt-cache search talys

libatompub-perl - implementation of Atom Publishing Protocol
libcatalyst-action-rest-perl - module for automatic REST method dispatching
libcatalyst-controller-actionrole-perl - module for applying roles to action instances
libcatalyst-devel-perl - collection of development tools for Catalyst
libcatalyst-engine-apache-perl - Catalyst engine for Apache 1.x and 2.x
libcatalyst-engine-psgi-perl - Catalyst engine for the PSGI protocol
libcatalyst-manual-perl - developer's manual for Catalyst
libcatalyst-model-cdbi-perl - CDBI Model Class for Catalyst
libcatalyst-modules-extra-perl - collection of extra modules for Catalyst
libcatalyst-modules-perl - modules for Catalyst MVC Web Application Framework
libcatalyst-perl - elegant Model-View-Controller Web Application Framework
libcatalyst-view-tt-perl - Template View Class for Catalyst
libcatalystx-leakchecker-perl - module for detecting memory leaks in Catalyst applications
libconfig-jfdi-perl - Perl module to load any configuration files
libdancer-perl - effortless web application framework
libfcgi-perl - helper module for FastCGI
libhash-merge-simple-perl - Perl module to easily merge two or more hashes
libhtml-prototype-perl - module to generate HTML and Javascript for the Prototype library
libtest-www-mechanize-catalyst-perl - module for automated testing for Catalyst applications
libweb-simple-perl - simple web framework
rancid-cgi - looking glass CGI for rancid
ttf-aenigma - 465 free TrueType fonts by Brian Kent
fglrx-amdcccle - Catalyst Control Center for the AMD graphics accelerators
fglrx-amdcccle-updates - Catalyst Control Center for the AMD graphics accelerators


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 18 Kasım 2011 - 19:03:18
Sadece 2. kısım olacak kusura bakmayın.
« Son Düzenleme: 18 Kasım 2011 - 19:03:18 Gönderen: hasanozdogan »

« Yanıtla #3 : »
Kurulum için takip ettiğin anlatım hangisi? Doğrudan uçbirimden çalıştırarak kurmaya çalıştığında ne sonuç alıyorsun?
Umut en büyük kötülüktür; işkenceyi uzatır. - F.N.

Bir şey ne ise odur, bu kadar. Öyleyse, iki şey arasında bağdaşıklık varsa, bu aralarında iletişim kuruyorlar demek değildir.
"... kavrayışını bilgi ile derinleştir ..."
PF @ ST

« Yanıtla #4 : »
http://www.talys.eu/fileadmin/talys/user/docs/talys1.2.pdf
dosya'da 2 yöntemden bahsetmişler
1 yol kolay olan talys.setup isimli dosyayı birkaç yeri değistirip dosyayı çalıştırman.
Kod: [Seç]
set compiler='lf95'       # bilgisayardaki Fortran derleyicisini soruyor ki bu konularda pek bilgim yok
set bindir=${HOME}'/bin'  # TALYS çalıştırılabilir dosyalarının kaydedileceyi yeri soruyor değiştirmesene Home dizini altında bin adinda bir dizine kaydedicek
Bu 2 yeri değistirdikten sonra terminalden dosyayı çalıştırdıktan sonra derlemeye başlaması lazım.
Kod: [Seç]
sh ./talys.setup

« Yanıtla #5 : »
Kod: [Seç]
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ sh ./talys.setup
sh: Can't open ./talys.setup
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$


Cevabını veriyor bu seferde. 2. Yolu pek anlamadım açıkcası manueldeki

« Yanıtla #6 : »
@hasanozdogan, indirdiğiniz Talys dosyasının içerisinde 'talys' diye bir dosya olacak ve onun içinde 'talys.setup' isimli bir dosya var mı?

« Yanıtla #7 : »
talys.tar olarak indirdi. .tar dosyasını açınca ise talys klasörü altında doc, structure,  samples, source , README ve talys.setup dosyaları mevcut.

« Yanıtla #8 : »
@hasanozdogan, kurulumu yapacak olan talys.setup dosyası. README'nin içinde muhakkak kurulumun nasıl yapılacağı anlatılıyordur. Tahminen
Kod: [Seç]
sudo sh talys.setup komutunu yürütmeniz gerek.

« Yanıtla #9 : »
sh can't open çıktısı veriyor.

« Yanıtla #10 : »
terminalle dosyanın olduğu dizine gidiyorsunu önce demi?
örnek olarak eğer dosya masaüstünde ise
Kod: [Seç]
cd ~/Masaüstü/talys/gibi sonra o komutu verin.

« Yanıtla #11 : »
Kod: [Seç]
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ cd
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ cd Masaüstü
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~/Masaüstü$ ls
talys  talys.setup~
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~/Masaüstü$ cd talys
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~/Masaüstü/talys$ ls
doc  README  samples  source  structure  talys.setup  talys.setup~
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~/Masaüstü/talys$ sudo sh talys.setup
[sudo] password for hasan:
sed: -e ifade #1, harf 9: `s' komutuna bilinmeyen seçenek verilmiş
cd: 28: can't cd to /source/
sed: machine.f okunamıyor: Böyle bir dosya ya da dizin yok
talys.setup: 36: -c: not found
talys.setup: 37: *.o: not found
talys.setup: 53: Syntax error: end of file unexpected (expecting "fi")
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~/Masaüstü/talys$

« Yanıtla #12 : »
@hasanozdogan, gerekli paketleri kuralım:
Kod: [Seç]
sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade
sudo apt-get install gfortran cfortran csh

Sonra talys.setup dosyasındaki
Kod: [Seç]
set compiler='lf95' kısmını
Kod: [Seç]
set compiler='gfortran' olarak değiştirip tekrar dener misiniz?

« Yanıtla #13 : »
Kod: [Seç]
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ cd Masaüstü
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~/Masaüstü$ ls
machine.f  talys  talys.setup~
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~/Masaüstü$ cd talys
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~/Masaüstü/talys$ ls
doc  README  samples  source  structure  talys.setup  talys.setup~
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~/Masaüstü/talys$ sudo sh talys.setup
[sudo] password for hasan:
sed: -e ifade #1, harf 9: `s' komutuna bilinmeyen seçenek verilmiş
cd: 28: can't cd to /source/
talys.setup: 36: -c: not found
talys.setup: 37: *.o: not found
talys.setup: 53: Syntax error: end of file unexpected (expecting "fi")
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~/Masaüstü/talys$

« Yanıtla #14 : »
@hasanozdogan, bash'den anlamadığım için
Kod: [Seç]
sed: -e ifade #1, harf 9: `s' komutuna bilinmeyen seçenek verilmiş hatasının nasıl düzeltileceğini de bilmiyorum. En kısa zamanda ilk elden kurmaya çalışayım bu talys'i.

« Yanıtla #15 : »
Galiba birde aşağıdaki satırını talys bulunduğu dizin ile değiştirmemiz gerekiyor yani
Kod: [Seç]
set talysdir=`pwd`yerine
Kod: [Seç]
set talysdir=`~/Masaüstü/talys`
gibi. 2 .yöntem ise elle derleyip kurulumdan bahsediyor.
Kod: [Seç]
chmod -R u+rwX talys
klasör ve içindeki dosyaların izinlerini değistiriyor biraz uzun sürebilirmiş.
Kod: [Seç]
cd talys/source
Kod: [Seç]
f95 -c *.f
Kod: [Seç]
f95 *.o -o talys
Kod: [Seç]
mv talys ∼/bin
Son komuttun ile talys klasörünü veya olusan dosyayı Home dizini altında bin diye bir klasöre taşıyor ama ben burdan biraz süpeliyim.

« Yanıtla #16 : »
Az önce uygulamayı derledim. Sırayla anlatayım.

İndirilen .rar dosyasının kullanıcı ev dizini altına çıkarıldığını ve .rar'dan çıkan dosyanın ki bu talys oluyor, kullanıcı ev dizinine kopyalandığını varsayıyorum. Şu durumda ana dosyanın yolu /home/kullanıcı_adı/talys olacaktır. Komutları aynı uçbirimde vermeniz gerek.

Uçbirim açılır ve

1-
Kod: [Seç]
cd
sudo chmod -R u+rwX talys
komutuyla dosyaların gerekli izinleri alması sağlanır.

2-
Kod: [Seç]
cd talys
gedit talys.setup
komutu ile çalıştırılabilir dosya açılır ve
Kod: [Seç]
set compiler='gfortran'
set bindir='/home/kullanıcı_adı/talys/
ifadeleri yazılır, kaydedip çıkılır.

3-
Kod: [Seç]
cd source ile source alt dizinine girilir ve
Kod: [Seç]
gedit machine.f ile açılacak dosyanın içerisine
Kod: [Seç]
      path='/home/kullanıcı_adı/talys/structure/'
yazılır, kaydedip çıkılır.

4- Sıra derlemeye geldi. Sırasıyla

Kod: [Seç]
gfortran -c *.f
gfortran *.o -o talys

5-
Kod: [Seç]
sudo mv talys /usr/bin komutu ile çalıştırılabilir dosya gerekli yere taşınır.

6-
Kod: [Seç]
hash -r komutu ile hash tablosu güncellenir.

7-
Kod: [Seç]
cd ..
cd samples
sh verify
komutu ile örnek olaylar çalıştırılır.

« Yanıtla #17 : »
Hocam ilginiz için sağolun. Ben ubuntuya yeni geçen birisiyim. Doğal olarak epey sıkıntı yaşıyorum.
Kod: [Seç]
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ cd
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ sudo chmod -R u+rwX talys
[sudo] password for hasan:
chmod: `talys''e erişilemedi: Böyle bir dosya ya da dizin yok
Hatası veriyor..


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 23 Kasım 2011 - 21:39:48
Benim talys programı Masaüstünde ayrıca. O zaman o komutların farklı olması gerekir sanırım.
« Son Düzenleme: 23 Kasım 2011 - 21:39:48 Gönderen: hasanozdogan »

« Yanıtla #18 : »
talysı home dizinie taşırsanır sorun olmaz birebir gitmesi lazım o zaman

« Yanıtla #19 : »
Kod: [Seç]
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ sudo mv talys /usr/bin
[sudo] password for hasan:
mv: Dizin olmayan `/usr/bin/talys''un üzerine dizin `talys' yazılamaz
Bu seferde bu ortaya çıktı. Çok uğraştırıyorum sizleri.

« Yanıtla #20 : »
Kod: [Seç]
hash -r komutundan sonra talys çalıştırmayı bir denermisiniz.
Terminalden talys yazın kısaca

« Yanıtla #21 : »
Kod: [Seç]
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ sudo mv talys /usr/bin
[sudo] password for hasan:
mv: Dizin olmayan `/usr/bin/talys''un üzerine dizin `talys' yazılamaz
Bu seferde bu ortaya çıktı. Çok uğraştırıyorum sizleri.

@hasanozdogan, /usr/bin altında talys olduğu için üzerine yazamamış. Bu durumda @gecegezen'in de dediği gibi 6. adımdan devam edebilirsiniz.

« Yanıtla #22 : »
Kod: [Seç]
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ hash -r
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ talys
 TALYS-error: Structure database not installed: change path in machine.f
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$

path'i değiştirmiştim ama bu uyarıyı verdi gene


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 23 Kasım 2011 - 23:37:02
Kod: [Seç]
      subroutine machine
c
c +---------------------------------------------------------------------
c | Author: Arjan Koning
c | Date  : October 5, 2006
c | Task  : Machine dependent statements
c +---------------------------------------------------------------------
c
c ****************** Declarations and common blocks ********************
c
      include "talys.cmb"
      logical lexist
      integer i
c
c ********************* Set null device ********************************
c
c The null device is a "black hole" for output that is produced, but not
c of interest to the user. Some ECIS output files fall in this category.
c To ensure compatibility with Unix, Linux, Windows and other systems
c a null device string is used, of which the default setting is given 
c here. The input file may also be used to alter this setting, through
c the nulldev keyword (suggestion of Michael Borchard).
c
c nulldev: null device
c
      nulldev='/dev/null    '
cWindows
c     nulldev='NUL          '
c
c ********************* Set directory for structure data ***************
c
c path   : directory containing structure files to be read
c lenpath: length of pathname
c
c The maximum length of the path is 60 characters
c
      [b]path='/Ev Klasörü/hasan/talys/structure/'[/b]
      lenpath=0
      do 10 i=1,60
        if (path(i:i).eq.' ') goto 110
        lenpath=lenpath+1
   10 continue                       
c
c Test to check accessibility of structure files
c
  110 inquire (file=path(1:lenpath)//'abundance/z001',exist=lexist)
      if (lexist) return
      write(*,'(" TALYS-error: Structure database not installed:",
     +  " change path in machine.f")')
      stop
      end
Copyright (C) 2004  A.J. Koning, S. Hilaire and M.C. Duijvestijn
oradaki path değil mi değiştirelecek olan

« Yanıtla #23 : »
@hasanozdogan,
Kod: [Seç]
find ~/ -name talys ne döndürüyor?

« Yanıtla #24 : »
Kod: [Seç]
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ find ~/ -name talys
/home/hasan/talys
/home/hasan/talys/source/talys