Talys Nükleer Hesaplama Programı

[hasanozdogan]

Merhaba arkadaşlar. Çalışmalarımda kullanmak zorunda olduğum Talys programı için ubuntu kurdum. Sitede yer alan program kurmak ile ilgili bölümleri ne kadar uygulamaya çalışsam da programı kurmayı beceremedim.  Set up dosyasını görüntüle dediğimde ise şu yazıyla karşılaşıyorum.

Kod Seç Genişlet

#!/bin/csh -f
unalias -a
#
# This script takes care of the TALYS installation.
# All you have to do is adapt the next 2 variables to your own situation,
# and run.....
#
set compiler='lf95'       # your own Fortran compiler
set bindir=${HOME}'/bin'  # destiny directory of the TALYS executable
#
# From here on, the rest should work automatically
#
# 1. Define the talys directory
#
set talysdir=`pwd`
#
# 2. Ensure that all directories have execute permission and that
#    all files have a read and write permission   
#
cd ..
chmod -R u+rwX talys
#
# 3. Ensure that TALYS can read the structure database by replacing
#    the path name in subroutine machine.f
#
set datapath=${talysdir}'/structure/'
set datapathnew=`echo $datapath | sed -e 's/\//\\\//g'`
cd ${talysdir}'/source/'
sed "s/path='.*'/path='${datapathnew}'/" machine.f  > machine_tmp.f
mv -f machine_tmp.f machine.f
#
# 4. Compile TALYS.
#    Please note that the compilation of ecis97t.f
#    may result in some trivial warning messages
#
${compiler} -c *.f
${compiler} *.o -o talys
#
# 5. Check whether the setup procedure has been successful
#
if ( -e talys ) then
mv -f talys ${bindir}/talys
echo ' '
echo 'The TALYS setup has been completed.'
echo ' '
echo 'You will find a talys executable in your' $bindir 'directory.'
echo ' '
echo 'You are all set to run the sample problems in the samples directory'
echo 'with the verify script.'
else
echo 'TALYS setup failed'
endif

Yardımcı olursanız sevinirim.

[eribol]

Setup dosyasını terminalde çalıştır derseniz kuruluma geçecektir diye düşünüyorum.


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 18 Kasım 2011 - 14:11:08
Ayrıca

Kod Seç Genişlet

apt-cache search talyskomutunun çıktısını aktarabilir misiniz?

[hasanozdogan]

Terminalde çalıştır dediğim anda terminal açılıp kapanıyor.

Kod Seç Genişlet

hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ apt-cache search talys
libatompub-perl - implementation of Atom Publishing Protocol
libcatalyst-action-rest-perl - module for automatic REST method dispatching
libcatalyst-controller-actionrole-perl - module for applying roles to action instances
libcatalyst-devel-perl - collection of development tools for Catalyst
libcatalyst-engine-apache-perl - Catalyst engine for Apache 1.x and 2.x
libcatalyst-engine-psgi-perl - Catalyst engine for the PSGI protocol
libcatalyst-manual-perl - developer's manual for Catalyst
libcatalyst-model-cdbi-perl - CDBI Model Class for Catalyst
libcatalyst-modules-extra-perl - collection of extra modules for Catalyst
libcatalyst-modules-perl - modules for Catalyst MVC Web Application Framework
libcatalyst-perl - elegant Model-View-Controller Web Application Framework
libcatalyst-view-tt-perl - Template View Class for Catalyst
libcatalystx-leakchecker-perl - module for detecting memory leaks in Catalyst applications
libconfig-jfdi-perl - Perl module to load any configuration files
libdancer-perl - effortless web application framework
libfcgi-perl - helper module for FastCGI
libhash-merge-simple-perl - Perl module to easily merge two or more hashes
libhtml-prototype-perl - module to generate HTML and Javascript for the Prototype library
libtest-www-mechanize-catalyst-perl - module for automated testing for Catalyst applications
libweb-simple-perl - simple web framework
rancid-cgi - looking glass CGI for rancid
ttf-aenigma - 465 free TrueType fonts by Brian Kent
fglrx-amdcccle - Catalyst Control Center for the AMD graphics accelerators
fglrx-amdcccle-updates - Catalyst Control Center for the AMD graphics accelerators
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ ^C
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ ^C
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ ^C
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ ^C
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ ^C
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ ^C
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ clear

hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ apt-cache search talys

libatompub-perl - implementation of Atom Publishing Protocol
libcatalyst-action-rest-perl - module for automatic REST method dispatching
libcatalyst-controller-actionrole-perl - module for applying roles to action instances
libcatalyst-devel-perl - collection of development tools for Catalyst
libcatalyst-engine-apache-perl - Catalyst engine for Apache 1.x and 2.x
libcatalyst-engine-psgi-perl - Catalyst engine for the PSGI protocol
libcatalyst-manual-perl - developer's manual for Catalyst
libcatalyst-model-cdbi-perl - CDBI Model Class for Catalyst
libcatalyst-modules-extra-perl - collection of extra modules for Catalyst
libcatalyst-modules-perl - modules for Catalyst MVC Web Application Framework
libcatalyst-perl - elegant Model-View-Controller Web Application Framework
libcatalyst-view-tt-perl - Template View Class for Catalyst
libcatalystx-leakchecker-perl - module for detecting memory leaks in Catalyst applications
libconfig-jfdi-perl - Perl module to load any configuration files
libdancer-perl - effortless web application framework
libfcgi-perl - helper module for FastCGI
libhash-merge-simple-perl - Perl module to easily merge two or more hashes
libhtml-prototype-perl - module to generate HTML and Javascript for the Prototype library
libtest-www-mechanize-catalyst-perl - module for automated testing for Catalyst applications
libweb-simple-perl - simple web framework
rancid-cgi - looking glass CGI for rancid
ttf-aenigma - 465 free TrueType fonts by Brian Kent
fglrx-amdcccle - Catalyst Control Center for the AMD graphics accelerators
fglrx-amdcccle-updates - Catalyst Control Center for the AMD graphics accelerators



Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 18 Kasım 2011 - 19:03:18
Sadece 2. kısım olacak kusura bakmayın.

[bytan]

Kurulum için takip ettiğin anlatım hangisi? Doğrudan uçbirimden çalıştırarak kurmaya çalıştığında ne sonuç alıyorsun?

[gecegezen]

http://www.talys.eu/fileadmin/talys/user/docs/talys1.2.pdf
dosya'da 2 yöntemden bahsetmişler
1 yol kolay olan talys.setup isimli dosyayı birkaç yeri değistirip dosyayı çalıştırman.

Kod Seç Genişlet


set compiler='lf95'       # bilgisayardaki Fortran derleyicisini soruyor ki bu konularda pek bilgim yok
set bindir=${HOME}'/bin'  # TALYS çalıştırılabilir dosyalarının kaydedileceyi yeri soruyor değiştirmesene Home dizini altında bin adinda bir dizine kaydedicek

Bu 2 yeri değistirdikten sonra terminalden dosyayı çalıştırdıktan sonra derlemeye başlaması lazım.

Kod Seç Genişlet

sh ./talys.setup

[hasanozdogan]

Kod Seç Genişlet

hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ sh ./talys.setup
sh: Can't open ./talys.setup
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$



Cevabını veriyor bu seferde. 2. Yolu pek anlamadım açıkcası manueldeki

[if]

@hasanozdogan, indirdiğiniz Talys dosyasının içerisinde 'talys' diye bir dosya olacak ve onun içinde 'talys.setup' isimli bir dosya var mı?

[hasanozdogan]

talys.tar olarak indirdi. .tar dosyasını açınca ise talys klasörü altında doc, structure,  samples, source , README ve talys.setup dosyaları mevcut.

[if]

@hasanozdogan, kurulumu yapacak olan talys.setup dosyası. README'nin içinde muhakkak kurulumun nasıl yapılacağı anlatılıyordur. Tahminen

Kod Seç Genişlet

sudo sh talys.setup komutunu yürütmeniz gerek.

[hasanozdogan]

sh can't open çıktısı veriyor.

[gecegezen]

terminalle dosyanın olduğu dizine gidiyorsunu önce demi?
örnek olarak eğer dosya masaüstünde ise

Kod Seç Genişlet

cd ~/Masaüstü/talys/
gibi sonra o komutu verin.

[hasanozdogan]

Kod Seç Genişlet

hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ cd
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ cd Masaüstü
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~/Masaüstü$ ls
talys  talys.setup~
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~/Masaüstü$ cd talys
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~/Masaüstü/talys$ ls
doc  README  samples  source  structure  talys.setup  talys.setup~
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~/Masaüstü/talys$ sudo sh talys.setup
[sudo] password for hasan:
sed: -e ifade #1, harf 9: `s' komutuna bilinmeyen seçenek verilmiş
cd: 28: can't cd to /source/
sed: machine.f okunamıyor: Böyle bir dosya ya da dizin yok
talys.setup: 36: -c: not found
talys.setup: 37: *.o: not found
talys.setup: 53: Syntax error: end of file unexpected (expecting "fi")
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~/Masaüstü/talys$


[if]

@hasanozdogan, gerekli paketleri kuralım:

Kod Seç Genişlet

sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade
sudo apt-get install gfortran cfortran csh

Sonra talys.setup dosyasındaki

Kod Seç Genişlet

set compiler='lf95' kısmını

Kod Seç Genişlet

set compiler='gfortran' olarak değiştirip tekrar dener misiniz?

[hasanozdogan]

Kod Seç Genişlet

hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ cd Masaüstü
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~/Masaüstü$ ls
machine.f  talys  talys.setup~
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~/Masaüstü$ cd talys
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~/Masaüstü/talys$ ls
doc  README  samples  source  structure  talys.setup  talys.setup~
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~/Masaüstü/talys$ sudo sh talys.setup
[sudo] password for hasan:
sed: -e ifade #1, harf 9: `s' komutuna bilinmeyen seçenek verilmiş
cd: 28: can't cd to /source/
talys.setup: 36: -c: not found
talys.setup: 37: *.o: not found
talys.setup: 53: Syntax error: end of file unexpected (expecting "fi")
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~/Masaüstü/talys$


[if]

@hasanozdogan, bash'den anlamadığım için

Kod Seç Genişlet

sed: -e ifade #1, harf 9: `s' komutuna bilinmeyen seçenek verilmiş hatasının nasıl düzeltileceğini de bilmiyorum. En kısa zamanda ilk elden kurmaya çalışayım bu talys'i.

[gecegezen]

Galiba birde aşağıdaki satırını talys bulunduğu dizin ile değiştirmemiz gerekiyor yani

Kod Seç Genişlet

set talysdir=`pwd`
yerine

Kod Seç Genişlet

set talysdir=`~/Masaüstü/talys`
gibi. 2 .yöntem ise elle derleyip kurulumdan bahsediyor.

Kod Seç Genişlet

chmod -R u+rwX talys
klasör ve içindeki dosyaların izinlerini değistiriyor biraz uzun sürebilirmiş.

Kod Seç Genişlet

cd talys/source


Kod Seç Genişlet

f95 -c *.f


Kod Seç Genişlet

f95 *.o -o talys


Kod Seç Genişlet

mv talys ∼/bin

Son komuttun ile talys klasörünü veya olusan dosyayı Home dizini altında bin diye bir klasöre taşıyor ama ben burdan biraz süpeliyim.

[if]

Az önce uygulamayı derledim. Sırayla anlatayım.

İndirilen .rar dosyasının kullanıcı ev dizini altına çıkarıldığını ve .rar'dan çıkan dosyanın ki bu talys oluyor, kullanıcı ev dizinine kopyalandığını varsayıyorum. Şu durumda ana dosyanın yolu /home/kullanıcı_adı/talys olacaktır. Komutları aynı uçbirimde vermeniz gerek.

Uçbirim açılır ve

1-

Kod Seç Genişlet

cd
sudo chmod -R u+rwX talys komutuyla dosyaların gerekli izinleri alması sağlanır.

2-

Kod Seç Genişlet

cd talys
gedit talys.setup komutu ile çalıştırılabilir dosya açılır ve

Kod Seç Genişlet

set compiler='gfortran'
set bindir='/home/kullanıcı_adı/talys/ ifadeleri yazılır, kaydedip çıkılır.

3-

Kod Seç Genişlet

cd source ile source alt dizinine girilir ve

Kod Seç Genişlet

gedit machine.f ile açılacak dosyanın içerisine

Kod Seç Genişlet

      path='/home/kullanıcı_adı/talys/structure/'
yazılır, kaydedip çıkılır.

4- Sıra derlemeye geldi. Sırasıyla

Kod Seç Genişlet

gfortran -c *.f
gfortran *.o -o talys

5-

Kod Seç Genişlet

sudo mv talys /usr/bin komutu ile çalıştırılabilir dosya gerekli yere taşınır.

6-

Kod Seç Genişlet

hash -r komutu ile hash tablosu güncellenir.

7-

Kod Seç Genişlet

cd ..
cd samples
sh verify komutu ile örnek olaylar çalıştırılır.

[hasanozdogan]

Hocam ilginiz için sağolun. Ben ubuntuya yeni geçen birisiyim. Doğal olarak epey sıkıntı yaşıyorum.

Kod Seç Genişlet

hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ cd
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ sudo chmod -R u+rwX talys
[sudo] password for hasan:
chmod: `talys''e erişilemedi: Böyle bir dosya ya da dizin yok

Hatası veriyor..


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 23 Kasım 2011 - 21:39:48
Benim talys programı Masaüstünde ayrıca. O zaman o komutların farklı olması gerekir sanırım.

[gecegezen]

talysı home dizinie taşırsanır sorun olmaz birebir gitmesi lazım o zaman

[hasanozdogan]

Kod Seç Genişlet

hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ sudo mv talys /usr/bin
[sudo] password for hasan:
mv: Dizin olmayan `/usr/bin/talys''un üzerine dizin `talys' yazılamaz

Bu seferde bu ortaya çıktı. Çok uğraştırıyorum sizleri.

[gecegezen]

Kod Seç Genişlet

hash -r
komutundan sonra talys çalıştırmayı bir denermisiniz.
Terminalden talys yazın kısaca

[if]

Kod Seç Genişlet

hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ sudo mv talys /usr/bin
[sudo] password for hasan:
mv: Dizin olmayan `/usr/bin/talys''un üzerine dizin `talys' yazılamaz

Bu seferde bu ortaya çıktı. Çok uğraştırıyorum sizleri.

@hasanozdogan, /usr/bin altında talys olduğu için üzerine yazamamış. Bu durumda @gecegezen'in de dediği gibi 6. adımdan devam edebilirsiniz.

[hasanozdogan]

Kod Seç Genişlet

hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ hash -r
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ talys
TALYS-error: Structure database not installed: change path in machine.f
hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$


path'i değiştirmiştim ama bu uyarıyı verdi gene


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 23 Kasım 2011 - 23:37:02

Kod Seç Genişlet

      subroutine machine
c
c +---------------------------------------------------------------------
c | Author: Arjan Koning
c | Date  : October 5, 2006
c | Task  : Machine dependent statements
c +---------------------------------------------------------------------
c
c ****************** Declarations and common blocks ********************
c
      include "talys.cmb"
      logical lexist
      integer i
c
c ********************* Set null device ********************************
c
c The null device is a "black hole" for output that is produced, but not
c of interest to the user. Some ECIS output files fall in this category.
c To ensure compatibility with Unix, Linux, Windows and other systems
c a null device string is used, of which the default setting is given 
c here. The input file may also be used to alter this setting, through
c the nulldev keyword (suggestion of Michael Borchard).
c
c nulldev: null device
c
      nulldev='/dev/null    '
cWindows
c     nulldev='NUL          '
c
c ********************* Set directory for structure data ***************
c
c path   : directory containing structure files to be read
c lenpath: length of pathname
c
c The maximum length of the path is 60 characters
c
      [b]path='/Ev Klasörü/hasan/talys/structure/'[/b]
      lenpath=0
      do 10 i=1,60
        if (path(i:i).eq.' ') goto 110
        lenpath=lenpath+1
   10 continue                       
c
c Test to check accessibility of structure files
c
  110 inquire (file=path(1:lenpath)//'abundance/z001',exist=lexist)
      if (lexist) return
      write(*,'(" TALYS-error: Structure database not installed:",
     +  " change path in machine.f")')
      stop
      end
Copyright (C) 2004  A.J. Koning, S. Hilaire and M.C. Duijvestijn
oradaki path değil mi değiştirelecek olan

[if]

@hasanozdogan,

Kod Seç Genişlet

find ~/ -name talys ne döndürüyor?

[hasanozdogan]

Kod Seç Genişlet

hasan@hasan-HP-Pavilion-dv6-Notebook-PC:~$ find ~/ -name talys
/home/hasan/talys
/home/hasan/talys/source/talys