Octopus GUI

[zeusmaster]

Arkadaşlar kullanmış olduğumuz bilimsel bir program için arayüz hazırlamak istiyorum.
Program şöyle çalışıyor.Bir .inp dosyası var bütün bilgiler bu notpad dosyasına yazılıyor.Program bunun içindeki verileri çekerek hesaplama yapıyor.Ben de tek tek elle veri girmektense bir arayüz hazırlayayım diyorum, bu arayüze girdiğim bilgilerle hem .inp dosyasını oluştursun hem programı çalıştırsın o arayüzde hem de çıkan sonuçları istediğim yere istediğim klasörde oluştursun.En kolay bu işin üstesinden nasıl gelirim

[travego0403]

Programınız hangi dille yazılmış, siz mi yazdınız veya kaynak kodları var mı?
Bunları şu yüzden soruyorum çünkü bazı dillerde grafik arayüz hazırlamak çok kolay, bazı dillerde ise yardımcı kütüphaneler ile yapılıyor. C++ bölümünde yeni bir konu açılmıştı şu başlığıda inceleyebilirsiniz.
http://forum.ubuntu-tr.net/index.php?topic=30270.0

[zeusmaster]

@Bir Garip Fizikçi arkadaşım,bir fizikçi olarak kullandığımız program şu
http://www.tddft.org/programs/octopus/wiki/index.php/Main_Page

Bu programa arayüz yaparak .inp dosyasını bu arayüzle oluşturup programıda burdan çalıştırmak amacım.
.inp dosyası bir metin dosyası olacak.

[travego0403]

Aslında şu şekilde bir şey istiyorsunuz sanırım. Yeni bir program yazacaksınız ve bu program ile .inp dosyanızı hazırlayacak ve kaydedecek aynı zamanda bu yeni program içerisinden asıl programınızı çalıştıracaksınız. Aslında teorik olarak yapılabilir gibi duruyor fakat pratikte neyle karşılaşılacağı belli olmaz.

Programı biraz inceleyeyim bakalım neymiş, nasılmış?

[zeusmaster]

Aynen öyle hocam İşte ben bunu neyle en kolay yaparım?

[rutku]

herhangi bir dilde bahsettiğiniz programı kullandığınız her parametresine özel method oluşturarak istediğiniz programı yapabilirsiniz. Arayüz olarak gtk, tk, qt fltk, wxwidgets size kalmış.

[zeusmaster]

inp dosyası

Kod Seç Genişlet

Dimensions = 2



FlushMessages = yes



CalculationMode = gs



Units = atomic



FromScratch = yes



ExtraStates = 0



N = 30



%Species

"qd" | 1.0 | species_from_file | N | "catal_1500nm_external_-0_3V_300nm_96x96.csv"

%



%Coordinates

"qd" | 0 | 0 | no

%



%Occupations

1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 

1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1

%



SpinComponents = polarized



# P_c is the speed of light in atomic units.



P_c = 137.036



%StaticMagneticField

0 | 0 | 0.1457106*P_c*0.5

%



BoxShape = parallelepiped



%LSize

56 | 56 | 0

%



Spacing = 0.9



DerivativesOrder = 4



GyroMagneticRatio = 0



LCAOStart = lcao_none



TheoryLevel = dft



EigenSolver = cg

MaximumIter = 5000

ConvAbsEv   = 1e-5

TypeOfMixing = linear

Mixing = 0.1       



ParallelizationStrategy = par_domains



Output = potential + density + matrix_elements

OutputMatrixElements = ang_momentum

OutputHow = plane_z + matlab



bu bir metin dosyası arkadaşlar.
Her eşitlikten sonraki yeri ben arayüzle koymak istiyorum ekstradan "catal_1500nm_external_-0_3V_300nm_96x96.csv" yazan yere csv uzantılı bir dosya gelecek ve ben onu BROWSE tarzı bir şeyle istediğim yerden çekip alayım.
Ve çalıştırılabilir bir dosya olan OCTOPUS bu arayüzün içine gömülü olsun çalıştır dediğimde .inp dosyasını alsın .csv dosyasını alıp çalışsın ve arayüzle göster dediğim yere çıkarsın
En kolay nasıl çıkarım bu işin içinden?

He bir de Occupations diziliminde N sayısına ve state dediğimiz duruma göre farklı dizilim oluyor

[travego0403]

Yukarıda verdiğiniz programı derleyemedim, birkaç kütüphane eksik herhalde o yüzden fazla uğraşmadım. Sanırım bir simülasyon programı, Fizikçilerin en çok yazdığı programlardır. Ben de İstatistik dersi için birkaç zar, para atışını (Farklı dağılımlar için) simüle edip grafikler çizdirmiştim.

Verdiğiniz text dosyası hazırlanabilir fakat diğer programı  bir program içersinden nasıl çalıştırılacağı hakkında bir fikrim yok. Bu işlerin yöntemi algoritması nasıldır bilmiyorum. Text dosyasını hazırlamak için Dosyaya yazma okuma işlemlerini kullanmak gerekiyor sanırım. Eğer C biliyorsanız GTK ve C de dosya giriş çıkış işlemleri ile halledilebilir gibi duruyor. C++ biliyor iseniz ise size Qt öneririm. Hem arayüz hazırlamak daha kolay(Qt Designer ile sürükle bırak şeklinde) hem de size gerekli olan Dosya giriş çıkış işlemleri için içerisinde hazır Qt sınıfları bulunmaktadır. Bu aralar ben de Qt öğrenmeye çalışıyorum( @sem0900 e selamlar onun tavsiyesi ile başlamıştım. )

[zeusmaster]

@travego0403 hocam
http://forum.ubuntu-tr.net/index.php?topic=28039.25 heartsmagic arkadaşımız kurdurdu bana programı sağ olsun
Ben de qt ye başladım sanırım en kolayı bu olacak.Bu arayüz cidden işimizi kolaylaştıracak ondan bu işi başarmam gerek.

[travego0403]

@bahdem
Hocam kolay gelsin öleyse size. Qt iyi bir seçim. 
Eğer Qt de takıldığınız bir şey olursa C/C++ bölümünde başlık açabilirsiniz. Ben yardım edemesemde UGT den arkadaşlar gördüklerinde yardımcı olacaklardır.

[rutku]

Program burada grupları % simgesi ile açmış ve kapatmış. Dosya açma parametrelerine bakacak olursak;

Kod Seç Genişlet

%Species

"qd" | 1.0 | species_from_file | N | "catal_1500nm_external_-0_3V_300nm_96x96.csv"

%

Burayı yorumlayabilmek için %Species in class'ın da tanımlı olması gerek.

QString species = "%Species";

inp dosyasını QFile ile açıp satır satır okurken her satırı kontrol et. Eğer o satırda species varsa true döndürün ve bir sonraki satırı alırsın. Sonraki satırı getLine parametre olarak gönderir orada işlersin.

Kod Seç Genişlet


QString species = "%Species";
bool isGetNextLine;

QFile file("kayitDosyan.inp");
     if (!file.open(QIODevice::ReadOnly | QIODevice::Text))
         return;

     QTextStream in(&file);
     while (!in.atEnd()) {
         QString line = in.readLine();
         if(isGetNextLine)
            getLine(line);
         isGetNextLine = line.contains(species);
     }

Farkındaysan kodlara bakınca "|" simgesiyele alınmış. line stringini her "|" gördüğü yerden ayırarak string dizisi haline getireceğiz. Dizinin her index si if de karşılaştırılarak ayrı methodlara gönderilecek.

Kod Seç Genişlet


QString myApp::getLine(QString l){
     
      QStringList lArray = l.split("|");
      for(int i = 0; i < lArray.size; i++)
           switch(i)
            {
               case 0:
                 //Burada bişi yap
               case 1:
                 //Burada bişi yap

}


Genel olarak program bu şekilde ayıklama yapacak. Programı projende Qprocess ile çalıştırabilirsin. http://doc.qt.nokia.com/latest/qprocess.html#details

Gitouriusa projeni koyarsan arada ben de yardım edebilirim

[sem]

Selamlar =)=)

Kaçırmışım bu başlığı...

Yanlış anlamadıysam durum şu;


http://www.tddft.org/programs/octopus/wiki/index.php/Main_Page


İsminde bir program kullanıyorsunuz. Bu program ise gerekli parametreleri .inp uzantılı bir metin dosyasından okuyor. İstenen; .inp uzantılı dosyayı bir arayüz ile oluşturup, aynı arayüzden yukarıda bağlantısı verilen programı çalıştırmak mı?

Eğer doğru anlamışsam şu bilgilere ihtiyaç duyulacak gibi; .inp dosyasına girebilecek olan parametre sayısı nedir? Belirli sayıda mı giriliyor? Yoksa N tane girebiliyoruz ve program bunu algılıyor mu? Girelebilecek her parametrenin (yukarıda formatlarda farklılık gördüğüm için soruyorum) söz dizimi farklı sanırım? Eğer böyle ise parametrelerin söz dizimine de ihtiyaç duyulabilir. Yani;

parametre ismi = XXX

şeklinde mi yoksa yukarıda 1|1|... vs gibi şeyler gördüm =)

Yani parametrelerin bu bilgilerini bilsek bir arayüz ile bunları inp uzantılı bir dosyaya kaydetmek sıkıntılı bir durum değil zaten. Önemli olan parametreleri kayıt edeceğimiz parametreleri bilmek =)   (önce isim, alt satıra mı eşittir koyup ondan sonra mı vs değer ya da birden fazla değer alabilenler | atomu ile mi ; atomu ile ayrılacak vs).

Yanlış anlamışsam kusura bakmayın =) Takipteyim bu başlığı.  =)

[zeusmaster]

inp dosyası

Kod Seç Genişlet

Dimensions = 2



FlushMessages = yes



CalculationMode = gs



Units = atomic



FromScratch = yes



ExtraStates = 0



N = 30



%Species

"qd" | 1.0 | species_from_file | N | "catal_1500nm_external_-0_3V_300nm_96x96.csv"

%



%Coordinates

"qd" | 0 | 0 | no

%



%Occupations

1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 

1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1

%



SpinComponents = polarized



# P_c is the speed of light in atomic units.



P_c = 137.036



%StaticMagneticField

0 | 0 | 0.1457106*P_c*0.5

%



BoxShape = parallelepiped



%LSize

56 | 56 | 0

%



Spacing = 0.9



DerivativesOrder = 4



GyroMagneticRatio = 0



LCAOStart = lcao_none



TheoryLevel = dft



EigenSolver = cg

MaximumIter = 5000

ConvAbsEv   = 1e-5

TypeOfMixing = linear

Mixing = 0.1       



ParallelizationStrategy = par_domains



Output = potential + density + matrix_elements

OutputMatrixElements = ang_momentum

OutputHow = plane_z + matlab



bu bir metin dosyası arkadaşlar.
Her eşitlikten sonraki yeri ben arayüzle koymak istiyorum ekstradan "catal_1500nm_external_-0_3V_300nm_96x96.csv" yazan yere csv uzantılı bir dosya gelecek ve ben onu BROWSE tarzı birşeyle istediğim yerden çekip alayım.
Ve çalıştırılabilir bir dosya olan OCTOPUS bu arayüzün içine gömülü olsun çalıştır dediğimde .inp dosyasını alsın .csv dosyasını alıp çalışsın ve arayüzle göster dediğim yere çıkarsın
En kolay nasıl çıkarım bu işin içinden?

He bide Occupations diziliminde N sayısına ve state dediğimiz duruma göre farklı dizilim oluyor

@sem0900 aynen doğru anlamışssın hocam ama bir şey ekleyeyim.uzantı inp değil dosyanın kendinin adı inp olacak yani inp.txt:)

yani her eşitlikten sonraki değer bir değişken ve ek olarak 1 lerin dağılım(aşağıda ya da yukarıda olması ya da 1 yerine 0 konması) bir sisteme dayalı o da

Ns:(1yukarı-1aşağı)/2

burada Ns değerini biz veriyoruz
Parçacık sayısı kadar yani N kadar 1 ya da 0 olacak :)En karışık yeri bence bu size göre

[travego0403]

Buradaki bazı değişkenler direkt satır editörüne yazılarak alınabilir. Bazı değişkenler ise
FlushMessages = yes
varsa diğer bir durumda da no seçeneği de vardır. Bunun gibi değişkenlerde bir SpinBox ile alınabilir. Olası cevaplar için bir liste yardımcı olabilir.

Bir başka  şey de aralardaki boş satırların bir önemi var mı? Kimi yerde 3 satır boşluk varken kimi yerde birer satır boşluk var.


Bu yukarı aşağı dediğiniz şey parçacıkların spinleri mi oluyor?

[zeusmaster]

aynen öle travego0403
boşlukların herhangi bir önemi yok

[travego0403]

Fiziği ucundan kıyısından hiç bilmeyen birisine Fizik anlatmanın zorluğu belli oluyor.   İlk 2-3 okumamda bir şey anlamadım daha sonra anladım spinlerin yönelimlerinin kastedildiğini. 

Bu arada programı kurup incelemeler yapacağım. Şu an kuruluyor.

[zeusmaster]

Fiziği ucundan kıyısından hiç bilmeyen birisine Fizik anlatmanın zorluğu belli oluyor.   İlk 2-3 okumamda bi şey anlamadım daha sonra anladım spinlerin yönelimlerinin kastedildiğini. 

Bu arada programı kurup incelemeler yapıcam. Şu an kuruluyor.

şunu unutma o programın çalışması için inp lazım.Benim verdiğim veriyi direkt alıp bir klasöre at, içinde octopus dosyası da olsun
Ek olarak "catal_1500nm_external_-0_3V_300nm_96x96.csv" yi silmeyi unutma.

[travego0403]

Octopus programını indirdim. Dediğiniz dosya olmadığı için çalışmıyor o satırı silince de "Value not defined in block" hatası veriyor.

Hocam şöyle bir şey yazdım, arayüz programlamada daha yeniyim ve Qt yeni yeni öğreniyorum. Şimdilik sadece ilk üç  veriyi satır editörüne direkt yazdığınız gibi alıyor ve dosyaya yazıyor. Olası cevapları bilirsek bazı yerlere SpinBox lar, Yes/No gibi seçenekler de koyabiliriz. Pencere başlıklarına ve boyutlarına, yazıların ve satır Editörlerinin hizasına fazla takılmayın, onları şimdilik geliş güzel yerleştirdim. Çünkü onları hizalamak en kolayı.

Eğer doğru yoldaysak devam edebiliriz. Kodları da LaunchPad ya da GitHub üzerine taşıyarak diğer arkadaşlar da yardımcı olabilir.

Kodları indirmek için: Ubuntu-One Hesabımdan

[sem]

hmmm... travego0403 QT sürümün nedir? Bende uyumusuzluk verdi çünkü pro dosyası.

Kod Seç Genişlet


semetey@oneiric:~$ qtcreator -version

Qt Creator 2.2.1 based on Qt 4.7.4

  AnalyzerBase 2.2.1 Code Analyzer Base Plugin
  Bazaar 2.2.1 Bazaar integration.
  BinEditor 2.2.1 Binary editor component.
  Bookmarks 2.2.1 Bookmarks in text editors.
  CMakeProjectManager 2.2.1 CMake support
  CVS 2.2.1 CVS integration.
  ClassView 2.2.1 Class View component.
  CodePaster 2.2.1 Codepaster plugin for pushing/fetching diff from server
  Core 2.2.1 The core plugin for the Qt IDE.
  CppEditor 2.2.1 C/C++ editor component.
  CppTools 2.2.1 Tools for analyzing C/C++ code.
  Debugger 2.2.1 Debugger integration.
  Designer 2.2.1 Qt Designer integration.
  FakeVim 2.2.1 VI-style keyboard navigation.
  Find 2.2.1 Provides the find widget and the hooks for find implementations.
  GLSLEditor 2.2.1 Editor for GLSL.
  GenericProjectManager 2.2.1 Generic support
  HelloWorld 2.2.1 Hello World sample plugin.
  Help 2.2.1 Help system.
  ImageViewer 2.2.1 Image Viewer component.
  Locator 2.2.1 Provides the Locator widget and the hooks for Locator filter implementations.
  Macros 2.2.1 Macros in text editors.
  Memcheck 2.2.1 Valgrind Memcheck Tool Plugin
  Mercurial 2.2.1 Mercurial integration.
  Perforce 2.2.1 Perforce integration.
  ProjectExplorer 2.2.1 ProjectExplorer framework that can be extended with different kind of project types.
  QmlDesigner 2.2.1 Visual Designer for QML files.
  QmlJSEditor 2.2.1 Editor for QML and JavaScript.
  QmlJSInspector 2.2.1 Debugger for QML files
  QmlJSTools 2.2.1 Tools for analyzing Qml/JS code.
  QmlProjectManager 2.2.1 Qt Quick support
  Qt4ProjectManager 2.2.1 Provides project type for Qt 4 pro files and tools.
  ResourceEditor 2.2.1 Editor for qrc files.
  ScmGit 2.2.1 Git integration.
  Subversion 2.2.1 Subversion integration.
  TaskList 2.2.1 Use .tasks-files to populate the build issues view.
  TextEditor 2.2.1 Text editor framework and the implementation of the basic text editor.
  VCSBase 2.2.1 Version Control System Base Plugin
  ValgrindToolBase 2.2.1 Valgrind Tool Base Plugin
  Welcome 2.2.1 Default Welcome Screen Plugin

(C) 2011 Nokia Corporation



[travego0403]

Aynı gözüküyor ama..

Kod Seç Genişlet

sinan@sinan-Satellite-A200:~$ qtcreator -version

Qt Creator 2.2.1 based on Qt 4.7.4

  AnalyzerBase 2.2.1 Code Analyzer Base Plugin
  Bazaar 2.2.1 Bazaar integration.
  BinEditor 2.2.1 Binary editor component.
  Bookmarks 2.2.1 Bookmarks in text editors.
  CMakeProjectManager 2.2.1 CMake support
  CVS 2.2.1 CVS integration.
  ClassView 2.2.1 Class View component.
  CodePaster 2.2.1 Codepaster plugin for pushing/fetching diff from server
  Core 2.2.1 The core plugin for the Qt IDE.
  CppEditor 2.2.1 C/C++ editor component.
  CppTools 2.2.1 Tools for analyzing C/C++ code.
  Debugger 2.2.1 Debugger integration.
  Designer 2.2.1 Qt Designer integration.
  FakeVim 2.2.1 VI-style keyboard navigation.
  Find 2.2.1 Provides the find widget and the hooks for find implementations.
  GLSLEditor 2.2.1 Editor for GLSL.
  GenericProjectManager 2.2.1 Generic support
  HelloWorld 2.2.1 Hello World sample plugin.
  Help 2.2.1 Help system.
  ImageViewer 2.2.1 Image Viewer component.
  Locator 2.2.1 Provides the Locator widget and the hooks for Locator filter implementations.
  Macros 2.2.1 Macros in text editors.
  Memcheck 2.2.1 Valgrind Memcheck Tool Plugin
  Mercurial 2.2.1 Mercurial integration.
  Perforce 2.2.1 Perforce integration.
  ProjectExplorer 2.2.1 ProjectExplorer framework that can be extended with different kind of project types.
  QmlDesigner 2.2.1 Visual Designer for QML files.
  QmlJSEditor 2.2.1 Editor for QML and JavaScript.
  QmlJSInspector 2.2.1 Debugger for QML files
  QmlJSTools 2.2.1 Tools for analyzing Qml/JS code.
  QmlProjectManager 2.2.1 Qt Quick support
  Qt4ProjectManager 2.2.1 Provides project type for Qt 4 pro files and tools.
  ResourceEditor 2.2.1 Editor for qrc files.
  ScmGit 2.2.1 Git integration.
  Subversion 2.2.1 Subversion integration.
  TaskList 2.2.1 Use .tasks-files to populate the build issues view.
  TextEditor 2.2.1 Text editor framework and the implementation of the basic text editor.
  VCSBase 2.2.1 Version Control System Base Plugin
  ValgrindToolBase 2.2.1 Valgrind Tool Base Plugin
  Welcome 2.2.1 Default Welcome Screen Plugin

(C) 2011 Nokia Corporation



[sem]

Evet, bir gariplik var, biraz bakınayım duruma =) Projey için içeriye başlık açıyorum... Bu gibi detayları o taraftan hallederiz.


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 22 Kasım 2011 - 21:02:09
Tamamdır, sıkıntı kalmadı, sorun bendeymiş ama ne olduğumu söyleyemem =) Utanırım =).... İnceliyorum hemen kodları=)

[travego0403]

@bahdem

Verilerin yazıldığı dosyadaki verilerin türünü bildirebilir misin? Arayüzü programlarken ona göre araçlar kullanılacak. Verdiğin örnek dosyayı şu şekilde güncelleyerek tekrar verirsen daha iyi olacaktır.
Tamsayı olanları olduğu gibi bırakıp, gerçek sayı olanları noktalı olarak yazması... Yani gerçek olacak kısım örnekte tamsayı olsa bile
9.00 gibi.

Tam sayı = 9
Gerçek sayı = 9.00

gibi

[zeusmaster]

@bahdem

Verilerin yazıldığı dosyadaki verilerin türünü bildirebilir misin? Arayüzü programlarken ona göre araçlar kullanılacak. Verdiğin örnek dosyayı şu şekilde güncelleyerek tekrar verirsen daha iyi olacaktır.
Tamsayı olanları olduğu gibi bırakıp, gerçek sayı olanları noktalı olarak yazması... Yani gerçek olacak kısım örnekte tamsayı olsa bile
9.00 gibi.

Tam sayı = 9
Gerçek sayı = 9.00

gibi

Hocam tamsayı gördüklerin tam sayı  herhangi bir değişiklik olmayacak.Ondalıklı sayılarda ondalıklı olabilir tam da olabilir; ama tam gördükleriniz hep tam olacak

[sem]

Peki bunlardan girilmesi zorunlu olanlar nelerdir?

Yani kullanıcı hangilerini eksik bırakabilir ya da hangilerini eksik bıraktığı zaman kullanıcıyı uyarmamız gerekir?

Ayrıca;

FlushMessages = yes




Demişsiniz, buradan bu değerin yes/no değerlerinden birisini alabileceğini,


CalculationMode = gs

Units = atomic

ParallelizationStrategy = par_domains

Output = potential + density + matrix_elements

OutputMatrixElements = ang_momentum

OutputHow = plane_z + matlab


gibi girdilerden isi bu değerlerin birden fazla değeri olabileceğini anlıyoruz.  Ve bu değerler octopus programı tarafından belirlenen değerler ve siz belirlenen değerlerden birisni giriyorsunuz. Hali ile bu değerlere ekleme yapılabilir.


Diye anlıyorum... Yanlışım varsa düzeltirseniz sevinirim, çünkü bu doğrultularda geliştireceğiz arayüzü...


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 22 Kasım 2011 - 22:16:52
Kişinin boş bırakabileceği birimleri bildirirseniz sevinirim, tekrar hatırlatmış olayım =)

[zeusmaster]

Hocam
http://www.tddft.org/programs/octopus/doc/generated/html/vars.php

burada değişkenler çok detaylı anlatılıyor.ben anlatmaya kalkarsam karışabilir.Bakarsanız sevinirim anlaşılmazsa ben anlatayım