[Çözüldü]libxc library sorunu

[zeusmaster]

Not: Doğrudan derleme ve kurmaya yönelik anlatım için aşağıdaki iletiye bakabilirsiniz:
http://forum.ubuntu-tr.net/index.php?topic=28039.msg353110#msg353110

arkadaşlar libgxc library sini kurmaya kaltığımda kuramıyorum dolayısıyla ona bağımlı olan bir kodu çalıştıramıyorum

make ve make install komutlarını verince ekran çıktısı şu oluyo

Kod Seç Genişlet

root@bahdem-EasyNote-TK85:/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0# make
make  all-recursive
make[1]:`/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0' dizinine giriliyor
Making all in build
make[2]:`/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/build' dizinine giriliyor
make[2]: `all' için hiçbir şey yapılmadı.
make[2]: `/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/build' dizininden çıkılıyor
Making all in src
make[2]:`/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/src' dizinine giriliyor
make  all-am
make[3]:`/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/src' dizinine giriliyor
make[3]: `all-am' için hiçbir şey yapılmadı.
make[3]: `/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/src' dizininden çıkılıyor
make[2]: `/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/src' dizininden çıkılıyor
Making all in testsuite
make[2]:`/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/testsuite' dizinine giriliyor
make[2]: `all' için hiçbir şey yapılmadı.
make[2]: `/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/testsuite' dizininden çıkılıyor
make[2]:`/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0' dizinine giriliyor
make[2]: `all-am' için hiçbir şey yapılmadı.
make[2]: `/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0' dizininden çıkılıyor
make[1]: `/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0' dizininden çıkılıyor
root@bahdem-EasyNote-TK85:/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0# make install
Making install in build
make[1]:`/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/build' dizinine giriliyor
make[2]:`/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/build' dizinine giriliyor
make[2]: `install-exec-am' için hiçbir şey yapılmadı.
test -z "/opt/etsf/lib/pkgconfig" || /bin/mkdir -p "/opt/etsf/lib/pkgconfig"
/usr/bin/install -c -m 644 libxc.pc '/opt/etsf/lib/pkgconfig'
make[2]: `/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/build' dizininden çıkılıyor
make[1]: `/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/build' dizininden çıkılıyor
Making install in src
make[1]:`/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/src' dizinine giriliyor
make  install-am
make[2]:`/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/src' dizinine giriliyor
make[3]:`/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/src' dizinine giriliyor
test -z "/opt/etsf/lib" || /bin/mkdir -p "/opt/etsf/lib"
/bin/bash ../libtool   --mode=install /usr/bin/install -c   libxc.la '/opt/etsf/lib'
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libxc.lai /opt/etsf/lib/libxc.la
libtool: install: /usr/bin/install -c .libs/libxc.a /opt/etsf/lib/libxc.a
libtool: install: chmod 644 /opt/etsf/lib/libxc.a
libtool: install: ranlib /opt/etsf/lib/libxc.a
libtool: finish: PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/sbin" ldconfig -n /opt/etsf/lib
----------------------------------------------------------------------
Libraries have been installed in:
   /opt/etsf/lib

If you ever happen to want to link against installed libraries
in a given directory, LIBDIR, you must either use libtool, and
specify the full pathname of the library, or use the `-LLIBDIR'
flag during linking and do at least one of the following:
   - add LIBDIR to the `LD_LIBRARY_PATH' environment variable
     during execution
   - add LIBDIR to the `LD_RUN_PATH' environment variable
     during linking
   - use the `-Wl,-rpath -Wl,LIBDIR' linker flag
   - have your system administrator add LIBDIR to `/etc/ld.so.conf'

See any operating system documentation about shared libraries for
more information, such as the ld(1) and ld.so(8) manual pages.
----------------------------------------------------------------------
test -z "/opt/etsf/include" || /bin/mkdir -p "/opt/etsf/include"
/usr/bin/install -c -m 644 xc.h xc_config.h '/opt/etsf/include'
test -z "/opt/etsf/include" || /bin/mkdir -p "/opt/etsf/include"
/usr/bin/install -c -m 644 xc_funcs.h libxc_funcs_m.mod xc_f90_lib_m.mod xc_f90_types_m.mod '/opt/etsf/include'
make[3]: `/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/src' dizininden çıkılıyor
make[2]: `/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/src' dizininden çıkılıyor
make[1]: `/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/src' dizininden çıkılıyor
Making install in testsuite
make[1]:`/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/testsuite' dizinine giriliyor
make[2]:`/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/testsuite' dizinine giriliyor
make[2]: `install-exec-am' için hiçbir şey yapılmadı.
make[2]: `install-data-am' için hiçbir şey yapılmadı.
make[2]: `/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/testsuite' dizininden çıkılıyor
make[1]: `/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/testsuite' dizininden çıkılıyor
make[1]:`/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0' dizinine giriliyor
make[2]:`/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0' dizinine giriliyor
make[2]: `install-exec-am' için hiçbir şey yapılmadı.
make[2]: `install-data-am' için hiçbir şey yapılmadı.
make[2]: `/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0' dizininden çıkılıyor
make[1]: `/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0' dizininden çıkılıyor


[6ng4n]

ben bir hata göremedim

Kod Seç Genişlet


Libraries have been installed in:
   /opt/etsf/lib

If you ever happen to want to link against installed libraries
in a given directory, LIBDIR, you must either use libtool, and
specify the full pathname of the library, or use the `-LLIBDIR'
flag during linking and do at least one of the following:
   - add LIBDIR to the `LD_LIBRARY_PATH' environment variable
     during execution
   - add LIBDIR to the `LD_RUN_PATH' environment variable
     during linking
   - use the `-Wl,-rpath -Wl,LIBDIR' linker flag
   - have your system administrator add LIBDIR to `/etc/ld.so.conf'

See any operating system documentation about shared libraries for
more information, such as the ld(1) and ld.so(8) manual pages.

buradaklileri uyguladınız mı çünkü /opt/ altına kopyalamış dosyaları /usr/libde değil

[zeusmaster]

kısaca sorunumu ben anlatayım hocam
octopus denen bir kod var ve ben ona ./configure  komutu verince

Kod Seç Genişlet

root@bahdem-EasyNote-TK85:/home/bahdem/Masaüstü/BiLiMSeL/octopus-4.0.0# ./configure
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p
checking for gawk... no
checking for mawk... mawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking build system type... i686-pc-linux-gnu
checking host system type... i686-pc-linux-gnu
checking whether ln -s works... yes
checking whether make sets $(MAKE)... (cached) yes
checking for ranlib... ranlib
checking for bison... no
checking for byacc... no
checking for gcc... gcc
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables...
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking for style of include used by make... GNU
checking dependency style of gcc... gcc3
checking dependency style of gcc... gcc3
checking for inline... inline
checking for C/C++ restrict keyword... __restrict
checking for __builtin_prefetch... yes
checking for dirent.h that defines DIR... yes
checking for library containing opendir... none required
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep
checking for egrep... /bin/grep -E
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking signal.h usability... yes
checking signal.h presence... yes
checking for signal.h... yes
checking errno.h usability... yes
checking errno.h presence... yes
checking for errno.h... yes
checking for size_t... yes
checking for working alloca.h... yes
checking for alloca... yes
checking for an ANSI C-conforming const... yes
checking for pid_t... yes
checking for size_t... (cached) yes
checking whether time.h and sys/time.h may both be included... yes
checking size of void*... 4
checking size of size_t... 4
checking for uint32_t... yes
checking for uint64_t... yes
checking size of unsigned int... 4
checking size of unsigned long... 4
checking size of unsigned long long... 8
checking whether gcc needs -traditional... no
checking whether lstat correctly handles trailing slash... yes
checking whether stat accepts an empty string... no
checking for gettimeofday... yes
checking for strndup... yes
checking for tcgetpgrp... yes
checking for scandir... yes
checking for alphasort... yes
checking for sigaction... yes
checking for readdir... yes
checking for closedir... yes
checking for strchr... yes
checking for strtod... yes
checking for perror... yes
checking for strcasestr... yes
checking for sbrk... yes
checking for getopt_long... yes
checking papi.h usability... no
checking papi.h presence... no
checking for papi.h... no
checking for PAPI_library_init... no
checking whether the compiler accepts the __m128d type... no
configure:  Architecture-specific code:
***************************
This is a x86 processor:
vectorial code: no (sse2)
***************************
checking whether NEWUOA is enabled... no
checking for perl... /usr/bin/perl
checking for xlf90... no
checking for f90... no
checking for pgf90... no
checking for pghpf... no
checking for epcf90... no
checking for gfortran... gfortran
checking whether we are using the GNU Fortran compiler... yes
checking whether gfortran accepts -g... yes
checking for Fortran flag to compile .f90 files... none
configure: Using FCFLAGS="-pipe -O3 -funroll-loops -ffast-math -ffree-line-length-none"
checking how to get verbose linking output from gfortran... -v
checking for Fortran libraries of gfortran...  -L/usr/lib/i386-linux-gnu/gcc/i686-linux-gnu/4.5.2 -L/usr/lib/i386-linux-gnu/gcc/i686-linux-gnu/4.5.2/../../.. -L/usr/lib/i386-linux-gnu -lgfortran -lm
checking for dummy main to link with Fortran libraries... none
checking for Fortran name-mangling scheme... lower case, underscore, no extra underscore
checking for the size of a Fortran integer... 4 bytes
checking for which C type corresponds to Fortran integer... int
checking for flush... yes
checking for Fortran sizeof intrinsic... yes
checking for loc... yes
checking whether the compiler accepts very long lines... yes
checking whether the compiler accepts "line-number" lines cast by the preprocessor... yes
checking how to access command line arguments... Fortran 2003
checking for Fortran 2003 c_ptr type... yes
checking fortran 90 modules inclusion flag... -I
**********************************************
***   octopus + utilities will be generated
**********************************************
checking for libxc... no (-I/usr/include -lxc)
configure: error: Could not find required libxc library.
hatası alıyorum. benim anladığım libxc library sini bulamamsı...
libxc librarysini kurmaya kalkıncada az önceki kodu alıyorum..
dediğin gibi dosyaları usr/lib içine attım ama olmadı

[heartsmagic]

/opt/etsf/lib altında neler var?

[zeusmaster]

/opt/etsf/lib altında neler var?

pkgconfig ,libxc.a ,libxc.la adlı dosyalar var hocam

[heartsmagic]

octopus'un dizininde:

Kod Seç Genişlet


./configure --help


[zeusmaster]

Kod Seç Genişlet

Usage: ./configure [OPTION]... [VAR=VALUE]...

To assign environment variables (e.g., CC, CFLAGS...), specify them as
VAR=VALUE.  See below for descriptions of some of the useful variables.

Defaults for the options are specified in brackets.

Configuration:
  -h, --help              display this help and exit
      --help=short        display options specific to this package
      --help=recursive    display the short help of all the included packages
  -V, --version           display version information and exit
  -q, --quiet, --silent   do not print `checking ...' messages
      --cache-file=FILE   cache test results in FILE [disabled]
  -C, --config-cache      alias for `--cache-file=config.cache'
  -n, --no-create         do not create output files
      --srcdir=DIR        find the sources in DIR [configure dir or `..']

Installation directories:
  --prefix=PREFIX         install architecture-independent files in PREFIX
                          [/opt/etsf]
  --exec-prefix=EPREFIX   install architecture-dependent files in EPREFIX
                          [PREFIX]

By default, `make install' will install all the files in
`/opt/etsf/bin', `/opt/etsf/lib' etc.  You can specify
an installation prefix other than `/opt/etsf' using `--prefix',
for instance `--prefix=$HOME'.

For better control, use the options below.

Fine tuning of the installation directories:
  --bindir=DIR            user executables [EPREFIX/bin]
  --sbindir=DIR           system admin executables [EPREFIX/sbin]
  --libexecdir=DIR        program executables [EPREFIX/libexec]
  --sysconfdir=DIR        read-only single-machine data [PREFIX/etc]
  --sharedstatedir=DIR    modifiable architecture-independent data [PREFIX/com]
  --localstatedir=DIR     modifiable single-machine data [PREFIX/var]
  --libdir=DIR            object code libraries [EPREFIX/lib]
  --includedir=DIR        C header files [PREFIX/include]
  --oldincludedir=DIR     C header files for non-gcc [/usr/include]
  --datarootdir=DIR       read-only arch.-independent data root [PREFIX/share]
  --datadir=DIR           read-only architecture-independent data [DATAROOTDIR]
  --infodir=DIR           info documentation [DATAROOTDIR/info]
  --localedir=DIR         locale-dependent data [DATAROOTDIR/locale]
  --mandir=DIR            man documentation [DATAROOTDIR/man]
  --docdir=DIR            documentation root [DATAROOTDIR/doc/octopus]
  --htmldir=DIR           html documentation [DOCDIR]
  --dvidir=DIR            dvi documentation [DOCDIR]
  --pdfdir=DIR            pdf documentation [DOCDIR]
  --psdir=DIR             ps documentation [DOCDIR]

Program names:
  --program-prefix=PREFIX            prepend PREFIX to installed program names
  --program-suffix=SUFFIX            append SUFFIX to installed program names
  --program-transform-name=PROGRAM   run sed PROGRAM on installed program names

System types:
  --build=BUILD     configure for building on BUILD [guessed]
  --host=HOST       cross-compile to build programs to run on HOST [BUILD]

Optional Features:
  --disable-option-checking  ignore unrecognized --enable/--with options
  --disable-FEATURE       do not include FEATURE (same as --enable-FEATURE=no)
  --enable-FEATURE[=ARG]  include FEATURE [ARG=yes]
  --enable-mpi(=PATH)     Parallel version
  --disable-dependency-tracking  speeds up one-time build
  --enable-dependency-tracking   do not reject slow dependency extractors
  --disable-avx           Disable the use of AVX vectorial instructions
                          (x86_64)
  --enable-vectors        Enable the use of vectorial instructions (x86)
  --disable-vectors       Disable the use of vectorial instructions (x86_64
                          and Blue Gene)
  --enable-single         octopus in single-precision
  --disable-debug         debug mode
  --enable-openmp         Multi-threaded parallel version using OpenMP
  --enable-opencl         OpenCL support (experimental)
  --with-blacs            Blacs support (experimental)
  --with-scalapack        ScaLAPACK support (experimental), add before
                          --with-blacs
  --with-libfm            Libfm support (experimental)
  --with-pfft             PFFT support (experimental)
  --disable-f90-forall    Workaround for buggy xlf compilers
  --disable-metis         Do not compile with internal METIS
                          domain-partitioning library.
  --enable-newuoa         Compile with internal NEWUOA optimization library.
  --disable-perl          don't build/install Perl components
  --disable-gsltest       Do not try to compile and run a test GSL program
  --disable-gdlib         Do not compile with GD image-processing library.
  --disable-mpi2          Disable the usage of MPI 2 routines.

Optional Packages:
  --with-PACKAGE[=ARG]    use PACKAGE [ARG=yes]
  --without-PACKAGE       do not use PACKAGE (same as --with-PACKAGE=no)
  --with-external_zoltan=LIB
                          external installation of Zoltan mesh-partitioner
  --with-max-dim=NDIM     maximum number of dimensions Octopus can use;
                          the default is 3 (other values are experimental), must be >= 3
  --with-libxc-prefix=DIR Directory where libxc was installed.
  --with-libxc-include=DIR
                          Directory where libxc Fortran headers were
                          installed.
  --with-blas=<lib>       use BLAS library <lib>
  --with-lapack=<lib>     use LAPACK library <lib>
  --with-gsl-prefix=PFX   Prefix where GSL is installed (optional)
  --with-gsl-exec-prefix=PFX Exec prefix where GSL is installed (optional)
  --with-fft=ARG    FFT support
      ARG=fftw3       FFTW3 support through libfftw3 (default))
  --with-fft-lib=<lib>    use FFT library <lib>
  --with-netcdf-prefix=DIR
                          Directory where netcdf was installed.
  --with-netcdf-include=DIR
                          Directory where netcdf Fortran headers were
                          installed.
  --with-etsf-io-prefix=DIR
                          Directory where etsf_io was installed.
  --with-etsf-io-include=DIR
                          Directory where etsf_io Fortran headers were
                          installed.
  --with-sparskit=DIR     http://www-users.cs.umn.edu/~saad/software/
  --with-blacs=<lib>      use BLACS library <lib>
  --with-scalapack=<lib>  use SCALAPACK library <lib>
  --with-libfm=<lib>      use LIBFM library <lib>
  --with-pfft=<lib>       use PFFT library <lib>

Some influential environment variables:
  YACC        The `Yet Another Compiler Compiler' implementation to use.
              Defaults to the first program found out of: `bison -y', `byacc',
              `yacc'.
  YFLAGS      The list of arguments that will be passed by default to $YACC.
              This script will default YFLAGS to the empty string to avoid a
              default value of `-d' given by some make applications.
  CC          C compiler command
  CFLAGS      C compiler flags
  LDFLAGS     linker flags, e.g. -L<lib dir> if you have libraries in a
              nonstandard directory <lib dir>
  LIBS        libraries to pass to the linker, e.g. -l<library>
  CPPFLAGS    (Objective) C/C++ preprocessor flags, e.g. -I<include dir> if
              you have headers in a nonstandard directory <include dir>
  CCAS        assembler compiler command (defaults to CC)
  CCASFLAGS   assembler compiler flags (defaults to CFLAGS)
  CPP         C preprocessor
  FC          Fortran compiler command
  FCFLAGS     Fortran compiler flags

Use these variables to override the choices made by `configure' or to help
it to find libraries and programs with nonstandard names/locations.

Report bugs to <octopus-devel@tddft.org>.


[heartsmagic]

Bir ara ilk eldene bakmak gerekecek. Eskiden octopus'a ait derlenmiş paketler dağıtılıyormuş fakat şu an henüz paketlenmemiş.

[zeusmaster]

Bir ara ilk eldene bakmak gerekecek. Eskiden octopus'a ait derlenmiş paketler dağıtılıyormuş fakat şu an henüz paketlenmemiş.

teşekkür ederim ilginiz için:)

şu adresteki libxc yi kurabilen varmı acaba daha önceden?

[heartsmagic]

Not düşeyim, ilk elden bakmak mümkün olmadı Favorilerim şişip duruyor ne yazık ki şu sıralar.

[zeusmaster]

bakalim 10.04 e gectim orda duzeltebilecem mi sorunumu

[zeusmaster]

sanırım sorun fortran 90 ı kuramamam..fortran 90 kurulu bende ve f90 ı depolarda bulamadım olan bir depoda bulamadım sanırım f90 ı yüklesem sorunum kalmayacak

[heartsmagic]

Fortran'a nereden geldi konu? İlgisini kuramadım, bu yüzden soruyorum.

[6ng4n]

f90 herhalde fortran derleyici ama gfortran varken f90a gerek yok ki. problem burda librarylere erişemiyor derleyici o yüzden problem oluyor.

libxcyi normal derleyip octopus'a ./configure demeden önce

Kod Seç Genişlet


export LD_LIBRARY_PATH=LD_LIBRARY_PATH:/opt/etsf/lib
export LD_RUN_PATH=LD_RUN_PATH:/opt/etsf/lib


komutlarını dener misiniz?

[zeusmaster]

f90 herhalde fortran derleyici ama gfortran varken f90a gerek yok ki. problem burda librarylere erişemiyor derleyici o yüzden problem oluyor.

libxcyi normal derleyip octopus'a ./configure demeden önce

Kod Seç Genişlet


export LD_LIBRARY_PATH=LD_LIBRARY_PATH:/opt/etsf/lib
export LD_RUN_PATH=LD_RUN_PATH:/opt/etsf/lib


komutlarını dener misiniz?

hocam gene

Kod Seç Genişlet

root@ZeuSMasteR:/home/bahdem/Masaüstü/octopus-4.0.0# ./configurechecking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p
checking for gawk... no
checking for mawk... mawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking build system type... i686-pc-linux-gnu
checking host system type... i686-pc-linux-gnu
checking whether ln -s works... yes
checking whether make sets $(MAKE)... (cached) yes
checking for ranlib... ranlib
checking for bison... no
checking for byacc... no
checking for gcc... gcc
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables...
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking for style of include used by make... GNU
checking dependency style of gcc... gcc3
checking dependency style of gcc... gcc3
checking for inline... inline
checking for C/C++ restrict keyword... __restrict
checking for __builtin_prefetch... yes
checking for dirent.h that defines DIR... yes
checking for library containing opendir... none required
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep
checking for egrep... /bin/grep -E
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking signal.h usability... yes
checking signal.h presence... yes
checking for signal.h... yes
checking errno.h usability... yes
checking errno.h presence... yes
checking for errno.h... yes
checking for size_t... yes
checking for working alloca.h... yes
checking for alloca... yes
checking for an ANSI C-conforming const... yes
checking for pid_t... yes
checking for size_t... (cached) yes
checking whether time.h and sys/time.h may both be included... yes
checking size of void*... 4
checking size of size_t... 4
checking for uint32_t... yes
checking for uint64_t... yes
checking size of unsigned int... 4
checking size of unsigned long... 4
checking size of unsigned long long... 8
checking whether gcc needs -traditional... no
checking whether lstat correctly handles trailing slash... yes
checking whether stat accepts an empty string... no
checking for gettimeofday... yes
checking for strndup... yes
checking for tcgetpgrp... yes
checking for scandir... yes
checking for alphasort... yes
checking for sigaction... yes
checking for readdir... yes
checking for closedir... yes
checking for strchr... yes
checking for strtod... yes
checking for perror... yes
checking for strcasestr... yes
checking for sbrk... yes
checking for getopt_long... yes
checking papi.h usability... no
checking papi.h presence... no
checking for papi.h... no
checking for PAPI_library_init... no
checking whether the compiler accepts the __m128d type... no
configure:  Architecture-specific code:
***************************
This is a x86 processor:
vectorial code: no (sse2)
***************************
checking whether NEWUOA is enabled... no
checking for perl... /usr/bin/perl
checking for xlf90... no
checking for f90... no
checking for pgf90... no
checking for pghpf... no
checking for epcf90... no
checking for gfortran... gfortran
checking whether we are using the GNU Fortran compiler... yes
checking whether gfortran accepts -g... yes
checking for Fortran flag to compile .f90 files... none
configure: Using FCFLAGS="-pipe -O3 -funroll-loops -ffast-math -ffree-line-length-none"
checking how to get verbose linking output from gfortran... -v
checking for Fortran libraries of gfortran...  -L/usr/lib/i386-linux-gnu/gcc/i686-linux-gnu/4.5.2 -L/usr/lib/i386-linux-gnu/gcc/i686-linux-gnu/4.5.2/../../.. -L/usr/lib/i386-linux-gnu -lgfortran -lm
checking for dummy main to link with Fortran libraries... none
checking for Fortran name-mangling scheme... lower case, underscore, no extra underscore
checking for the size of a Fortran integer... 4 bytes
checking for which C type corresponds to Fortran integer... int
checking for flush... yes
checking for Fortran sizeof intrinsic... yes
checking for loc... yes
checking whether the compiler accepts very long lines... yes
checking whether the compiler accepts "line-number" lines cast by the preprocessor... yes
checking how to access command line arguments... Fortran 2003
checking for Fortran 2003 c_ptr type... yes
checking fortran 90 modules inclusion flag... -I
**********************************************
***   octopus + utilities will be generated
**********************************************
checking for libxc... no (-I/usr/include -lxc)
configure: error: Could not find required libxc library.
root@ZeuSMasteR:/home/bahdem/Masaüstü/octopus-4.0.0#

libxc ye yi kursam sorunum kalmayacak

ya est3 kodunun hatasını çözdüm bu çıktı şimdi başıma


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 30 Haziran 2011 - 23:26:37

Fortran'a nereden geldi konu? İlgisini kuramadım, bu yüzden soruyorum.

asistan arkadaş okulda fedorada octopus u kullanmak için önce f90 ı kurdu die hatırlıyorum ama

[heartsmagic]

Sen libxc'yi derleyip kurdun zaten. Benim de vakit bulsaydım ilk elden deneyeceklerim @6ng4n önerisi gibi şeyler olacaktı.

[6ng4n]

biraz wikiye baktım
http://www.tddft.org/programs/octopus/wiki/index.php/Libxc:download
burada Ubuntu için bir ppadan bahsediliyor
https://launchpad.net/~hogliux/+archive/misstep
maverick deposunu synaptic->ayarlar depolara ekledikten sonra yükleyebilirsiniz. xc.h gibi headerlar da maverick .deb'inde var derlenebilir sanırım.
deb linkini de veriyim http://ppa.launchpad.net/hogliux/misstep/ubuntu/pool/main/libx/libxc/libxc_1.0-0~ppa1_i386.deb güncelleme olacağını sanmıyorum 18 haftadır yeniden derlenmemiş ama belli olmaz ppa yı ekleyebilirsiniz

[zeusmaster]

@6ng4n hocam saol ilgin için verdiğin linkten ppa yı yükledim ama olmadı.bugün gene uğraşacağım bakalım ne olcak sonuç tekrar teşekkürler


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 01 Temmuz 2011 - 16:26:55
libxc ye make install yaptıktan sonra config.log u açtım

Kod Seç Genişlet

This file contains any messages produced by compilers while
running configure, to aid debugging if configure makes a mistake.

It was created by libxc configure 1.1.0, which was
generated by GNU Autoconf 2.68.  Invocation command line was

  $ ./configure CC=c99 CFLAGS=-g LIBS=-lposix

## --------- ##
## Platform. ##
## --------- ##

hostname = ZeuSMasteR
uname -m = i686
uname -r = 2.6.38-8-generic-pae
uname -s = Linux
uname -v = #42-Ubuntu SMP Mon Apr 11 05:17:09 UTC 2011

/usr/bin/uname -p = unknown
/bin/uname -X     = unknown

/bin/arch              = unknown
/usr/bin/arch -k       = unknown
/usr/convex/getsysinfo = unknown
/usr/bin/hostinfo      = unknown
/bin/machine           = unknown
/usr/bin/oslevel       = unknown
/bin/universe          = unknown

PATH: /usr/local/sbin
PATH: /usr/local/bin
PATH: /usr/sbin
PATH: /usr/bin
PATH: /sbin
PATH: /bin
PATH: /usr/games


## ----------- ##
## Core tests. ##
## ----------- ##

configure:2477: checking for a BSD-compatible install
configure:2545: result: /usr/bin/install -c
configure:2556: checking whether build environment is sane
configure:2606: result: yes
configure:2747: checking for a thread-safe mkdir -p
configure:2786: result: /bin/mkdir -p
configure:2799: checking for gawk
configure:2829: result: no
configure:2799: checking for mawk
configure:2815: found /usr/bin/mawk
configure:2826: result: mawk
configure:2837: checking whether make sets $(MAKE)
configure:2859: result: yes
configure:3007: checking build system type
configure:3021: result: i686-pc-linux-gnu
configure:3041: checking host system type
configure:3054: result: i686-pc-linux-gnu
configure:3095: checking how to print strings
configure:3122: result: printf
configure:3155: checking for style of include used by make
configure:3183: result: GNU
configure:3253: checking for gcc
configure:3280: result: c99
configure:3509: checking for C compiler version
configure:3518: c99 --version >&5
gcc (Ubuntu/Linaro 4.5.2-8ubuntu4) 4.5.2
Copyright (C) 2010 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

configure:3529: $? = 0
configure:3518: c99 -v >&5
Using built-in specs.
COLLECT_GCC=gcc
COLLECT_LTO_WRAPPER=/usr/lib/i386-linux-gnu/gcc/i686-linux-gnu/4.5.2/lto-wrapper
Target: i686-linux-gnu
Configured with: ../src/configure -v --with-pkgversion='Ubuntu/Linaro 4.5.2-8ubuntu4' --with-bugurl=file:///usr/share/doc/gcc-4.5/README.Bugs --enable-languages=c,c++,fortran,objc,obj-c++ --prefix=/usr --program-suffix=-4.5 --enable-shared --enable-multiarch --with-multiarch-defaults=i386-linux-gnu --enable-linker-build-id --with-system-zlib --libexecdir=/usr/lib/i386-linux-gnu --without-included-gettext --enable-threads=posix --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.5 --libdir=/usr/lib/i386-linux-gnu --enable-nls --with-sysroot=/ --enable-clocale=gnu --enable-libstdcxx-debug --enable-libstdcxx-time=yes --enable-plugin --enable-gold --enable-ld=default --with-plugin-ld=ld.gold --enable-objc-gc --enable-targets=all --disable-werror --with-arch-32=i686 --with-tune=generic --enable-checking=release --build=i686-linux-gnu --host=i686-linux-gnu --target=i686-linux-gnu
Thread model: posix
gcc version 4.5.2 (Ubuntu/Linaro 4.5.2-8ubuntu4)
configure:3529: $? = 0
configure:3518: c99 -V >&5
gcc: '-V' must come at the start of the command line
configure:3529: $? = 1
configure:3518: c99 -qversion >&5
gcc: unrecognized option '-qversion'
gcc: no input files
configure:3529: $? = 1
configure:3549: checking whether the C compiler works
configure:3571: c99 -g   conftest.c -lposix >&5
/usr/bin/ld: cannot find -lposix
collect2: ld returned 1 exit status
configure:3575: $? = 1
configure:3613: result: no
configure: failed program was:
| /* confdefs.h */
| #define PACKAGE_NAME "libxc"
| #define PACKAGE_TARNAME "libxc"
| #define PACKAGE_VERSION "1.1.0"
| #define PACKAGE_STRING "libxc 1.1.0"
| #define PACKAGE_BUGREPORT "octopus-users@tddft.org"
| #define PACKAGE_URL ""
| #define PACKAGE "libxc"
| #define VERSION "1.1.0"
| /* end confdefs.h.  */
|
| int
| main ()
| {
|
|   ;
|   return 0;
| }
configure:3618: error: in `/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0':
configure:3620: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details

## ---------------- ##
## Cache variables. ##
## ---------------- ##

ac_cv_build=i686-pc-linux-gnu
ac_cv_env_CC_set=set
ac_cv_env_CC_value=c99
ac_cv_env_CFLAGS_set=set
ac_cv_env_CFLAGS_value=-g
ac_cv_env_CPPFLAGS_set=
ac_cv_env_CPPFLAGS_value=
ac_cv_env_CPP_set=
ac_cv_env_CPP_value=
ac_cv_env_FCCPP_set=
ac_cv_env_FCCPP_value=
ac_cv_env_FCFLAGS_set=
ac_cv_env_FCFLAGS_value=
ac_cv_env_FC_set=
ac_cv_env_FC_value=
ac_cv_env_LDFLAGS_set=
ac_cv_env_LDFLAGS_value=
ac_cv_env_LIBS_set=set
ac_cv_env_LIBS_value=-lposix
ac_cv_env_build_alias_set=
ac_cv_env_build_alias_value=
ac_cv_env_host_alias_set=
ac_cv_env_host_alias_value=
ac_cv_env_target_alias_set=
ac_cv_env_target_alias_value=
ac_cv_host=i686-pc-linux-gnu
ac_cv_path_install='/usr/bin/install -c'
ac_cv_path_mkdir=/bin/mkdir
ac_cv_prog_AWK=mawk
ac_cv_prog_ac_ct_CC=c99
ac_cv_prog_make_make_set=yes

## ----------------- ##
## Output variables. ##
## ----------------- ##

ACLOCAL='${SHELL} /home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/missing --run aclocal-1.11'
ALLOCA=''
AMDEPBACKSLASH='\'
AMDEP_FALSE='#'
AMDEP_TRUE=''
AMTAR='${SHELL} /home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/missing --run tar'
AR=''
AUTOCONF='${SHELL} /home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/missing --run autoconf'
AUTOHEADER='${SHELL} /home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/missing --run autoheader'
AUTOMAKE='${SHELL} /home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/missing --run automake-1.11'
AWK='mawk'
CC='c99'
CCDEPMODE=''
CFLAGS='-g'
COMPILE_FORTRAN_FALSE=''
COMPILE_FORTRAN_TRUE=''
COMPILE_SINGLE_FALSE=''
COMPILE_SINGLE_TRUE=''
CPP=''
CPPFLAGS=''
CYGPATH_W='echo'
DEFS=''
DEPDIR='.deps'
DLLTOOL=''
DSYMUTIL=''
DUMPBIN=''
ECHO_C=''
ECHO_N='-n'
ECHO_T=''
EGREP=''
ENABLE_FORTRAN_FALSE=''
ENABLE_FORTRAN_TRUE=''
EXEEXT=''
F90_ACCEPTS_LINE_NUMBERS=''
F90_MOD_UPPERCASE_FALSE=''
F90_MOD_UPPERCASE_TRUE=''
FC=''
FCCPP=''
FCFLAGS=''
FCFLAGS_f90=''
FCLIBS=''
FGREP=''
GREP=''
INSTALL_DATA='${INSTALL} -m 644'
INSTALL_PROGRAM='${INSTALL}'
INSTALL_SCRIPT='${INSTALL}'
INSTALL_STRIP_PROGRAM='$(install_sh) -c -s'
LD=''
LDFLAGS=''
LIBOBJS=''
LIBS='-lposix'
LIBTOOL=''
LIPO=''
LN_S=''
LONG_LINES=''
LTLIBOBJS=''
MAKEINFO='${SHELL} /home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/missing --run makeinfo'
MANIFEST_TOOL=''
MKDIR_P='/bin/mkdir -p'
NM=''
NMEDIT=''
OBJDUMP=''
OBJEXT=''
OTOOL64=''
OTOOL=''
PACKAGE='libxc'
PACKAGE_BUGREPORT='octopus-users@tddft.org'
PACKAGE_NAME='libxc'
PACKAGE_STRING='libxc 1.1.0'
PACKAGE_TARNAME='libxc'
PACKAGE_URL=''
PACKAGE_VERSION='1.1.0'
PATH_SEPARATOR=':'
RANLIB=''
SED=''
SET_MAKE=''
SHELL='/bin/bash'
STRIP=''
VERSION='1.1.0'
ac_ct_AR=''
ac_ct_CC='c99'
ac_ct_DUMPBIN=''
ac_ct_FC=''
am__EXEEXT_FALSE=''
am__EXEEXT_TRUE=''
am__fastdepCC_FALSE=''
am__fastdepCC_TRUE=''
am__include='include'
am__isrc=''
am__leading_dot='.'
am__quote=''
am__tar='${AMTAR} chof - "$$tardir"'
am__untar='${AMTAR} xf -'
ax_cv_f90_modext=''
bindir='${exec_prefix}/bin'
build='i686-pc-linux-gnu'
build_alias=''
build_cpu='i686'
build_os='linux-gnu'
build_vendor='pc'
datadir='${datarootdir}'
datarootdir='${prefix}/share'
docdir='${datarootdir}/doc/${PACKAGE_TARNAME}'
dvidir='${docdir}'
exec_prefix='NONE'
host='i686-pc-linux-gnu'
host_alias=''
host_cpu='i686'
host_os='linux-gnu'
host_vendor='pc'
htmldir='${docdir}'
includedir='${prefix}/include'
infodir='${datarootdir}/info'
install_sh='${SHELL} /home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/install-sh'
libdir='${exec_prefix}/lib'
libexecdir='${exec_prefix}/libexec'
localedir='${datarootdir}/locale'
localstatedir='${prefix}/var'
mandir='${datarootdir}/man'
mkdir_p='/bin/mkdir -p'
oldincludedir='/usr/include'
pdfdir='${docdir}'
prefix='NONE'
program_transform_name='s,x,x,'
psdir='${docdir}'
sbindir='${exec_prefix}/sbin'
sharedstatedir='${prefix}/com'
sysconfdir='${prefix}/etc'
target_alias=''

## ----------- ##
## confdefs.h. ##
## ----------- ##

/* confdefs.h */
#define PACKAGE_NAME "libxc"
#define PACKAGE_TARNAME "libxc"
#define PACKAGE_VERSION "1.1.0"
#define PACKAGE_STRING "libxc 1.1.0"
#define PACKAGE_BUGREPORT "octopus-users@tddft.org"
#define PACKAGE_URL ""
#define PACKAGE "libxc"
#define VERSION "1.1.0"

configure: exit 77

herhangi bir hata görünüyormu acaba?


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 01 Temmuz 2011 - 16:39:37

Fortran'a nereden geldi konu? İlgisini kuramadım, bu yüzden soruyorum.

hocam libxc yi araştırdım ve tanımlarda şu yazıyor

Kod Seç Genişlet

* Package name : libxc
Version : 1.0
Upstream Author : Miguel Marques <marques@tddft.org>
* URL : http://www.tddft.org/programs/octopus/wiki/index.php/Libxc
* License : LGPL
Programming Lang: C, Fortran 90
Description : Library of DFT exchange-correlation functionals


bende fortran 95 yüklü acaba farklılıkdan dolayımı sıkıntı yaşıyorum

[furkankalkan]

https://wiki.fysik.dtu.dk/gpaw/devel/updating_libxc.html  burda birşeyler yazıyor ama

Kod Seç Genişlet

autoreconf -i
./configure --disable-fortran
make

kodu ilgimi çekti acaba böylen derlersek düzelir mi ?

[zeusmaster]

hocam saolasın ilgin için make komutundan sonra aldığım hata

Kod Seç Genişlet

libtool: ignoring unknown tag F77
libtool: link: unrecognized option `-ersion-info'
libtool: link: Try `libtool --help' for more information.
make[3]: *** [libxc.la] Hata 1
make[3]: `/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/src' dizininden çıkılıyor
make[2]: *** [all] Hata 2
make[2]: `/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0/src' dizininden çıkılıyor
make[1]: *** [all-recursive] Hata 1
make[1]: `/home/bahdem/Masaüstü/libxc-1.1.0' dizininden çıkılıyor
make: *** [all] Hata 2

[furkankalkan]

hmm olmadı

[zeusmaster]

sanırım olmayacak okuldaki server fedora olarak kalacak ben onu ubuntuya çevirmeye uğraşıyorum library kurulsa süper olurdu

[heartsmagic]

@bahdem, şu çıktıyı vereyim ki umutsuzluğa düşme

Kod Seç Genişlet

./octopus -v
octopus 4.0.0 (svn version 8038 [configure.ac 2011-06-20])

Kod Seç Genişlet


~/octopus/bin > ./octopus
*** Fatal Error (description follows)
Error initializing liboct
Cannot open input file!
Please provide an input file with name inp in the current workdir

Kısacası ben Octopus'un 4.0.0 sürümünü derleyip kurdum sisteme. Yararlandığım yer şurası:
http://www.tddft.org/programs/octopus/wiki/index.php/Manual:Building_from_scratch

Fortran konusunda haklıymışsın zira hem Octopus hem de Octopus'un ihtiyacı olduğu bir iki kütüphane fortran ile yazılmış. Şimdi, çok vakit olmadığından adım adım anlatmayayım sana ancak yapamazsan adım adım anlatırım. Burada dikkat edeceğin bir iki şey var.

1. Ben gfortran-4.4 paketini kurdum, haliyle kendisi başka şeyler de kurdu. Octopus için ihtiyaç olan kütüphanelerin derleme dosyaları gfortran derleyicisi olarak ayarlanmış. gfortran-4.4 kurulunca bu kısayol oluşmuyor. O nedenle şunu yaptım:

Kod Seç Genişlet

sudo ln -s /usr/bin/gfortran-4.4 /usr/bin/gfortran

2. Kütüphanelerin ve Octopus'un derleme aşamalarında ./configure adımına parametreler verildiğini göreceksin. O parametrelerdeki işlemci ve derleyici optimizasyonlarını ben eklemedim. Sadece --prefix ve kütüphane --prefixleri için verilen yolu değiştirdim. Anlatımda dikkat edersen <basedir> isimli yerler göreceksin. Bu yol bizim octopus'u kuracağımız yol. Ben mesela /home/serkan/octopus olarak belirledim ve derlemelerde böyle kullandım.

3. Gerisi tamamen anlatıma kalıyor, fakat biraz İngilice lazım. Eğer beklerim diyorsan ben bir süre sonra geniş bir vakitte buraya aktarmaya çalışırım. Mesela anlatımda bir iki kütüphane derlenmesinden sonra bazı dosyaları ayarladığımız dizine kopyalatmamız isteniyor. Birinde make.inc yok örnek dosyadan kopyalayıp yapıyoruz bunu.

İçinden çıkamam dersen buraya ileti geç, dediğim gibi bir ara bakayım ben tekrar.

[zeusmaster]

üstadım varya bir numarasınız siz. şimdi deniyorum ve başaracağım bu azimle


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 04 Temmuz 2011 - 20:51:52

@bahdem, şu çıktıyı vereyim ki umutsuzluğa düşme

Kod Seç Genişlet

./octopus -v
octopus 4.0.0 (svn version 8038 [configure.ac 2011-06-20])

Kod Seç Genişlet


~/octopus/bin > ./octopus
*** Fatal Error (description follows)
Error initializing liboct
Cannot open input file!
Please provide an input file with name inp in the current workdir

Kısacası ben Octopus'un 4.0.0 sürümünü derleyip kurdum sisteme. Yararlandığım yer şurası:
http://www.tddft.org/programs/octopus/wiki/index.php/Manual:Building_from_scratch

Fortran konusunda haklıymışsın zira hem Octopus hem de Octopus'un ihtiyacı olduğu bir iki kütüphane fortran ile yazılmış. Şimdi, çok vakit olmadığından adım adım anlatmayayım sana ancak yapamazsan adım adım anlatırım. Burada dikkat edeceğin bir iki şey var.

1. Ben gfortran-4.4 paketini kurdum, haliyle kendisi başka şeyler de kurdu. Octopus için ihtiyaç olan kütüphanelerin derleme dosyaları gfortran derleyicisi olarak ayarlanmış. gfortran-4.4 kurulunca bu kısayol oluşmuyor. O nedenle şunu yaptım:

Kod Seç Genişlet

sudo ln -s /usr/bin/gfortran-4.4 /usr/bin/gfortran

2. Kütüphanelerin ve Octopus'un derleme aşamalarında ./configure adımına parametreler verildiğini göreceksin. O parametrelerdeki işlemci ve derleyici optimizasyonlarını ben eklemedim. Sadece --prefix ve kütüphane --prefixleri için verilen yolu değiştirdim. Anlatımda dikkat edersen <basedir> isimli yerler göreceksin. Bu yol bizim octopus'u kuracağımız yol. Ben mesela /home/serkan/octopus olarak belirledim ve derlemelerde böyle kullandım.

3. Gerisi tamamen anlatıma kalıyor, fakat biraz İngilice lazım. Eğer beklerim diyorsan ben bir süre sonra geniş bir vakitte buraya aktarmaya çalışırım. Mesela anlatımda bir iki kütüphane derlenmesinden sonra bazı dosyaları ayarladığımız dizine kopyalatmamız isteniyor. Birinde make.inc yok örnek dosyadan kopyalayıp yapıyoruz bunu.

İçinden çıkamam dersen buraya ileti geç, dediğim gibi bir ara bakayım ben tekrar.

hocam yapmaya uğraştım ama sorunum şu
./configure --prefix=<basedir> CC="<cc>" CFLAGS="<cflags>" FC="<fc>" FCFLAGS="<fcflags>"

koyu renkler ne anlama geliyor anlayamadım kısacası kuramadım

[if]

@bahdem, bayrakları(flags) yazmasanda olur. Şu komut işini görecektir:

Kod Seç Genişlet

./configure --prefix=<basedir> CC="<gcc>"

Bayraklarla ilgili bilgi için: http://www.gentoo.org/doc/en/gcc-optimization.xml