Tar.gz uzantılı Gaussian03 kuramıyorum

[mefk__]

Arkadaşlar linuxta çok yeniyim..Hocamın verdiği bu programı kurmam gerekiyor ama bi türlü beceremedim..baya bişey okudum ama anlamadım..
dosya normal rar'lı olarak 2 part'tı..birleştirdim şuan masaüstünde g03.tar.gz olarak duruyor..bunu nasıl kurabilirim..yanındaki readme'de altta yazanlar yazıyo bi türlü anlayamadım bunlarıda..çok açık bi şekilde yorumlarsanız çok güzel olur şimdiden teşekkürler..


KURURULUM İÇİN YARDIMCI OLABİLECEK KOMUTLAR:

GAUSSIAN 03

Kod Seç Genişlet

1. Obtain Gaussian 03

Gaussian 03 is a commercial software product and must be purchased from Gaussian, Inc. Both source code and pre-compiled binary versions of Gaussian 03 are available.

2. Setup gaussian group and add authorized users to this group

$ su

# cd /etc

# cp -p group group.bak

# cp -p gshadow gshadow.bak

# grep 499 group

# groupadd -g 499 gaussian

# usermod -a -G gaussian webmo

# usermod -a -G gaussian smith

# usermod -a -G gaussian jones

3. Copy binary distribution from CD-ROM

# mount /mnt/cdrom

# cd /usr/local

# cp -p /mnt/cdom/tar/*.TAZ .

# umount /mnt/cdrom

4. Extract files and change permissions

# tar xzvf *.TAZ

# chown -R root:gaussian g03

# chmod -R o-rwx g03

# exit

5. Optionally, setup gaussian environment

$ cd ~

$ mkdir g03

$ cd g03

$ vi g03setup_sh

export g03root=/usr/local

export GAUSS_SCRDIR=/tmp

. $g03root/g03/bsd/g03.profile

6. Optionally, run a test job from the command line

$ cd ~/g03

$ cp -p /usr/local/g03/tests/com/test001.com test001.com

$ cp -p /usr/local/g03/tests/sgi/test001.log test001.log.sgi

$ . g03setup_sh

$ g03 < test001.com > test001.log.linux

$ tail test001.log.sgi

$ tail test001.log.linux

7. Configure WebMO to use Gaussian03 as a computational engine

* Login to WebMO as user 'admin'

* Click 'Interface Manager' to enable the interfaces to any computational chemistry packages that you have installed on your system

* Click the 'Enable' button for Gaussian

* Click 'Edit' to configure the Gaussian interface

* Verify that the first two entries are correct:

o Gaussian Version: Gaussian 03

o Gaussian root directory: /usr/local

* Click the 'Suggest' button to fill the remining entries

* Click the 'Submit' button for the changes to take effect

[zeitgeist]

Bu uygulamayla ilgili elinde bir cd var mı?

[mefk__]

yo hayır flash bellekle aldım hocamdan...içinde normal .rar'la 2 tane dosya vardı..çıkarttım tek dosya halinde g03.tar.gz halinde bi dosya oldu şu an..

[bytan]

Hem kaynak kod hem de önceden derlenmiş ikilik dosyaların bulunduğu görünüyor. Açtığın tar.gz dosyasının içerisinde bunları görüyor musun? Anlatılan adımları kurulum cd'si yerine açtığın dizini göstererek uygulayabiilrsin.

[mefk__]

Tar.gz dosyasını normal açtığımda şöyle bi dosya geliyor..

[IMG]http://img366.yukle.tc/images/3365Ekran_Goruntusu-1.png[/img]

normal olarakta nasıl yükleyeceğimi bilmiyorum

g03.tar.gz masaüstünde ise izleyeceğim adımlar nasıl anlatırsan çok sevinirim..şimdiden teşekkkürler...

[badhero]

Başında # olan satırlar yönetici yetkileriyle uygulanacak komutlar, $ olanlar ise normal kullanıcı olarak uygulanacak komutları gösteriyor. Anladığım kadarıyla onları sırasıyla uygulamak gerekiyor. Üçüncü adımdaki CD-ROM'u bağlayıp dosyayı oradan çıkarmak yerine masaüstünüzdeki dosyanın adresini vereceksiniz -tahminimce. Aynı yazılım bende olsaydı bu şekilde kurmaya çalışırdım.

[mefk__]

Adım 3e kadar geliyorum sonra takılıyorum..ordan sonrasını adım adım anlatabilecek biri yok mu ya:S

[badhero]

Adım 3e kadar geliyorum sonra takılıyorum..ordan sonrasını adım adım anlatabilecek biri yok mu ya:S

Vardır ya:S



Üçüncü adımı atlayın; uçbirimden masaüstüne gelip dördüncü adımdan devam edin. Sıkıştırılmış dosyanın masaüstünde olduğunu varsayıyorum.

Elinizde CD olmadığına göre üçüncü adım bizi ilgilendirmiyor.

[mefk__]

$ vi g03setup_sh bu komuttan sonra uçbirimde hiç bişi yazmıyo bi nevi donuyor...

birisi uzaktan bağlanıp yardım bile ederse çok memnun olurum...

[badhero]

$ vi g03setup_sh bu komuttan sonra uçbirimde hiç bişi yazmıyo bi nevi donuyor...

birisi uzaktan bağlanıp yardım bile ederse çok memnun olurum...

Peki siz "vi g03setup_sh" komutundan sonra bir şeyler yazabiliyorsunuz uçbirimde değil mi?

vi biraz karışık, "vi g03setup_sh" yerine

Kod Seç Genişlet

gedit g03setup_sh komutunu verin ve

Kod Seç Genişlet

export g03root=/usr/local

export GAUSS_SCRDIR=/tmp
yazın. Metin düzenleyicisini kaydedip kapatın. Kaldığınız yerden devam edin.

[mefk__]

Sanırsam çok beceriksizim şimdide 6'da takılıyorum...Böyle bi hata veriyo o kodu yazınca...

mefk@mefk-desktop:~$ cd /home/mefk/Masaüstü/g03

mefk@mefk-desktop:~/Masaüstü/g03$ cp -p /usr/local/g03/tests/com/test001.com test001.com
cp: '/usr/local/g03/tests/com/test001.com' durumlanamadı: No such file or directory

mefk@mefk-desktop:~/Masaüstü/g03$ g03 < test001.com > test001.log.linux
bash: test001.com: No such file or directory

mefk@mefk-desktop:~/Masaüstü/g03$ tail test001.log.sgi
tail: 'test001.log.sgi' okumak için açılamadı: No such file or directory

[sema]

Belirtilen dizin masaüstünde mi? Öyleyse bile eksik gibi duruyor? Bu konuda yetkin değilsen dizini ya da dosyayı ana dizine atıp aynılarını yazman daha kolay olacaktı, şunun çıktılarına bakalım;

Kod Seç Genişlet

ls ~/Masaüstü/g03

[mefk__]

Evet masaüstünde.."tar.gz olan dosya ve oluşturulan dizin masaüstünde" yeni oluşan g03 dizini masaüstünde kenarında kilit işareti var..
ondanda bu sonuç geldi..her ne kadar ben anlamasamda sen anlayacaksın gibi

mefk@mefk-desktop:~$ ls /home/mefk/Masaüstü/g03
basis        ham506      l114.exe   l402.exe   l703.exel  linda7.1
bsd          ham506.hlp  l115.exe   l405.exe   l716.exe   linda-dummy
c8603        l1002.exe   l115.hlp   l405.hlp   l716.hlp   linda-exe
c8603.hlp    l1002.exel  l116.exe   l502.exe   l801.exe   mdutil.hlp
chkchk       l1002.hlp   l117.exe   l502.exel  l801.hlp   mm
chkmove      l1003.exe   l118.exe   l502.hlp   l802.exe   mm.hlp
chkmove.hlp  l1014.exe   l120.exe   l503.exe   l804.exe   newzmat
cktoig       l1014.exel  l121.exe   l503.hlp   l811.exe   newzmat.hlp
clc          l101.exe    l122.exe   l504.exe   l901.exe   ntsnet
cubegen      l101.hlp    l1.exe     l506.exe   l902.exe   pluck
cubegen.hlp  l102.exe    l1.hlp     l506.exel  l903.exe   putil.hlp
cubman       l103.exe    l202.exe   l506.hlp   l904.exe   putils.hlp
cubman.hlp   l103.hlp    l202.hlp   l508.exe   l905.exe   reform.hlp
demofc       l105.exe    l301.exe   l508.exel  l906.exe   rwfdump
flc          l106.exe    l301.hlp   l510.exe   l906.exel  rwfdump.hlp
formchk      l107.exe    l302.exe   l510.exel  l908.exe   testrt
formchk.hlp  l108.exe    l302.exel  l510.hlp   l913.exe   testrt.hlp
freqchk      l109.exe    l303.exe   l601.exe   l913.exel  tests
freqmem      l1101.exe   l307.exe   l601.hlp   l913.hlp   unfchk
g03          l1101.exel  l308.exe   l602.exe   l914.exe   unfchk.hlp
g03setup_sh  l1101.hlp   l310.exe   l602.exel  l914.exel  update
gau-cpp      l1102.exe   l311.exe   l604.exe   l915.exe   utilam.hlp
gau-fsplit   l110.exe    l314.exe   l607.exe   l916.exe   util.hlp
gau-machine  l1110.exe   l315.exe   l608.exe   l916.hlp   utilnz.hlp
gauopt       l1110.exel  l316.exe   l609.exe   l918.exe   util.so
gauopt.hlp   l1111.exe   l317.exe   l610.exe   l923.exe
gautraj      l1112.exe   l318.exe   l701.exe   l923.hlp
ghelp        l1112.exel  l319.exe   l701.exel  l9999.exe
ghelp.hlp    l111.exe    l401.exe   l702.exe   l9999.hlp
ghmain.hlp   l113.exe    l401.hlp   l703.exe   libpgc.so
mefk@mefk-desktop:~$

http://i1101.hizliresim.com/2011/1/25/4532.png




Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 25 Ocak 2011 - 23:13:41
Sanırsam farklı..aynı komut bide şöyle bi çıktı verdi..

[sema]

Dizinler ya da dosyalar ya da bir şeyler eksik gibi. Şunun da çıktısına bakabiliriz;

Kod Seç Genişlet

ls '/usr/local/g03/tests/com'

Yalnız sen en iyisi işlem yaptığın dosyayı başlangıç klasörüne taşı ve işlemleri sırasıyla yeniden yapmaya çalış. Çünkü gördüğüm kadarıyla kopyalamaya çalıştığın yer başlangıç klasörü ama senin işlemlerini yaptığı yer masaüstü. Tıpkı anlatıldığı gibi yap.

[mefk__]

başlangıç klasörü neresi dersem çok mu ayıp etmiş olurum ya ?

[if]

@mefk__, başlangıç klasörü kullanıcı adıyla açılan dizindir. Misal: /home/mefk/

[mefk__]

/home/mefk/g03/g03setup_sh dosyası kaydedilemedi.
Dosyayı kaydetmek için gerekli izinlere sahip değilsiniz. Lütfen konumu doğru yazdığınıza emin olun ve tekrar deneyin.

export g03root=/usr/local

export GAUSS_SCRDIR=/tmp

bu komutları kaydederken bu hatayı veriyo bu kez de..

[badhero]

Yönetici yetkileriyle yapmak istediğiniz mi bu hatayı veriyor?

[mefk__]

hayır normal kullanıcı olarak işlem yaparken böyle diyor...adım 6 da $ işaretli oldugu için normal kullanıcı olarak yapmam gerektiğini söylemişlerid...masaüstünde denerken bu hatayı vermemişti...

[heartsmagic]

Kod Seç Genişlet

cd ~/Masaüstü/gaussiang03-linux/g03
./g03

dediğinde ne oluyor?

[mokoko3535]

özelden iletime geç benimle. mail adresni ver. ben sana adım adım  gaussian ve gaussview arayüzünü ve lindayı kurmana yarıdm edecem.

[badhero]

özelden iletime geç benimle. mail adresni ver. ben sana adım adım  gaussian ve gaussview arayüzünü ve lindayı kurmana yarıdm edecem.

Burada anlatabilirsiniz. İleride başkalarının da işine yarayabilecek bir belge oluşturmuş olursunuz.

[mokoko3535]

lisanslı bir paket program . hocasında lisansı oldugunu düşündüğüm icin ufak bir yardım  yapabilirim.  yukarda tam kurulumu fazlasıyla anlatılmış..

[mefk__]

Evet kesinlikle lisanslı..zaten lisansız bi şekilde kullanılacak bir program değil..bayadır yazamıyorum ama gerçekten bu programa ihtiyacım var..windowsta beni bayaa bi zorluyor..linuxa kesin kurmam lazım..


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 04 Şubat 2011 - 11:19:28
mokoko3535 özelden mesaj atmayı bulamadım..benim messenger adresim *****@****mail.com sen eklersen daha rahat olur..şimdiden çok teşekkür ederim..Ben öğrenirsem foruma yazarım..ihtiyacı olan bi kişiyede ben yardım etmiş olurum...

[pervanem]

arakadaşalr ben de aynı dertten muzdaribim...
elimde gaussian 09 linux 64 bit programı var bir türlü kuramadım...
linuxun ubuntu ve suse sürümlerinde denedim yapamadım...
yardım ederseniz teşekkür ederim...

program g09 klasöründe (tar dan çıkardım)

ayhan@linux-meh1:~/Desktop/g09> ./bsd/install
yazıyorum kurulmuyor
ne yapmalıyımm...

ınstall dosyası g09 içinde bsd dizininin içinde


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 20 Mart 2012 - 15:09:39
mefk__
arkadaş sen ne yaptın...
kurabildin mi g03 ü?