Tar.gz uzantılı Gaussian03 kuramıyorum

[if]

@pervanem, sorun çözüldüyse konuyu çözüldü olarak etiketleyin. Kişisel görüşmelerinizi özel ileti aracılığıyla yapabilirsiniz.

[mokoko3535]

Linda bende mevcu t değil linda 8.1 olsa daha iyi olur. Hocana sor vardır. Burada iş koşturmak istiyorsan Linda olmadan hiçbirşey ifade etmez.
Linda bir den fazla bilgisayarı kullanarak paralel ortamda dağıtık bellek mimarisine sahip olan programdır. Gaussian ile en fazla 8 cekirdekde iş koşturabilirken linda ile 4 makina kullanarak 32 cekirdekde iş koşturmuş olursun.
İyi çalışmalar.

[pervanem]

hocam lindayı bir şekilde bulursak
kurulumu nasıl olur...
lindasız betik dosyası çalışmaz mı
klaörüm açık betik hazırlıyor musunuz.

[mokoko3535]

Ayhan profil sayfana bir not brakdım.

[oandac]

Gaussian programı ile ilgili bazı bilgiler:
Windows versiyonu 03W yada 09W 32 olduğu için maksimum 4 çekirdek ve 1.7GB RAM kullanılabiliyor.
Linux G09 EM64T versiyonunu kullanıyorum, kampüs lisansım var. AMD  işlemcilerde çalışıyor mu bilemiyorum.
Odamda hyperthreading enabled 2 adet X5675 olan bilgisayarda 24 çekirdeği kullanabildim.
kefal.ulalkbim.gov.tr tek node 64 çekirdekli(16 adet Xeon X5550). 64 çekirdeği aynı anda kullanmayı hiç denemedim.
Grid de farklı nodlarda gaussian çalıştırmak için linda gerekli. Ayrıca para ile satıyorlar. O sitede belirtilen dağıtımda da linda yok bildiğim kadarı ile. Linda nın amerika fiyatı 2325$ Türkiyedeki dağıtımcılarda fiyatı biraz daha yüksek.
Grid de birçok bilgisayarın AMD olduğunu unutmayın.
En önemlisi ise linux ta elde ettiğiniz chk dosyalarını windows gaussview ile  açamazsınız. fchk kullanın yada linux versiyonu gaussview kullanın.
Hem g03W hemde g09 var.
Hız farkı kullanılan RAM ve scrach dosyası büyüklüğüne göre değişiyor. windowsta mp2 fonksiyonelini kullanamadım 16GB dosya büyüklüğü sınırını aştı. Linuxta 1.4TB scrach dosya büyüklüğü gördüm. Scrach dosyası çok büyük olduğu durumda RAID 15k SAS diskler işimi çok kolaylaştırdı.

[ny33]

arkadaşlar bende gaussian 09 kurulm dosyası var sanırım derlenmiş...sizdekilerle aynı...

"""""
Gaussian 09'in Linux işletim sistemine kurulumu
(/opt dizini örnek olarak seçildi istenirse kullanıcı
home dizini içine de kurulabilir,i.e, "/home/ftaskin" gibi.)

Kod Seç Genişlet

$cp g09.tgz.bz2 /opt
$cd /opt
$tar -jxvf g09.tgz.bz2
(ubuntu da once

Kod Seç Genişlet

sudo bunzip g09.tgz.bz2
yapip zipi acalim, sonra da

Kod Seç Genişlet

sudo tar -xvf g09.tar
yazarak untar yapalim.)

komutu ile opt dizininin altında g09'ü açınız. Daha sonra kondolda,

Kod Seç Genişlet

$sudo nano ~/.bashrc

komutu ile bash script dosyasının sonuna

Kod Seç Genişlet

g09root=/opt
export g09root
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
#source $g09root/g09/bsd/g09.login
export LD_LIBRARY_PATH="/opt/g09:$LD_LIBRARY_PATH"

komutlarını yapıştırıp, Ctrl+X ile kaydedilip çıkılır.

Kod Seç Genişlet

sudo chown -R erol.erol /opt/
yazarak /opt dizinin icerigini erol isimli kullaniciya atayalim.

Kod Seç Genişlet

$source ~/.bashrc

komutu ile script tekrar yüklenerek kullanıma hazır hale getirilir. Artık g09 kullanıma hazırdır.

Kod Seç Genişlet

$g09 <test001.com > test001.log

şeklinde run bırakılır. Eğer aşağıdaki gibi bir hata ile karşılaşılırsa,

Kod Seç Genişlet


Erroneous write during file extend. write -1 instead of 4096
Probably out of disk space.
Erroneous write during file extend. write -1 instead of 4096
Probably out of disk space.
Write error in NtrExt1
Write error in NtrExt1: Bad address
Segmentation fault

konsolda komutu yazılarak hata düzeltilmeye çalışılır
"""""
şeklinde kurulum için bir yardımcı dosyada ekte sunulmuş...

buna benzer şekilde bir bilgisayara kurulumu yaptım ama şimdi başka bir bilgisayara kurulumu yapamıyorum...lütfen bana yardım edin...elimde g09.tar.bz2 isimli bir dosya var...home dizininde nyorulmaz kullanıcı adı altında bu dosyayı çıkardım ve go9 klasörü çıktı...sonra bu klasöre girip yönlendirme metni dahilinde yapmaya çalışıyorum kuramıyorum...root oılarak denedim yine olmadı... lütfen yarım bana

[if]

@ny33, komut ve çıktıları için kod etiketi kullanın lütfen. İletilerinizi yazım kuralları çerçevesinde yazmaya özen gösterin. "Konsol" ve benzeri yabancı kelimeler yerine bunların Türkçe karşılıklarını yazın.

Şu[1] çözüme bir bakın.

[1] http://www.walkingrandomly.com/?p=2761