Tar.gz uzantılı Gaussian03 kuramıyorum

[if]

@pervanem, INSTALL dosyasının içeriğini buraya geçin.

[pervanem]

Kod Seç Genişlet

#!/bin/csh -f
set x = `pwd`
set y = `basename $x`
if ("$y" != "g09") then
  echo "run this script in the gdv directory"
  exit
  endif
chmod -R o-rwx .
rm -f clc flc ntsnet
foreach x (linda8.2)
  if (-d $x) then
    cd $x
    common/bin/install_pkg
    cd ..
    ln -s $x/*/bin/{clc,flc,ntsnet,f2c_gcc} .
    if(-d $x/mac-osX/lib) then
      echo "install: executing ranlib on libraries in $x/mac-osX/lib ..."
      ranlib $x/mac-osX/lib/nw_linda.a
      ranlib $x/mac-osX/lib/stubs.a
      ranlib $x/mac-osX/lib/ltcp_linda.a
      endif
    endif
  end



Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 20 Mart 2012 - 15:34:48
@if
arkadaşım install dosyasının içeriği derken yukarıda yazdığımı mı kastettiniz?


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 20 Mart 2012, 15:39:57

Kod Seç Genişlet

ayhan@linux-meh1:~> ls
bin  Desktop  Documents  Downloads  g09root  Music  Pictures  Public  public_html  Templates  Videos

Kod Seç Genişlet

ayhan@linux-meh1:~> cd Desktop
ayhan@linux-meh1:~/Desktop> cd g09
ayhan@linux-meh1:~/Desktop/g09> ls
amber98.prm   freqchk      l1003.exe  l1111.exe  l1.hlp    l405.hlp  l701.exe  l913.hlp     putil.hlp
amber.prm     freqmem      l1003.hlp  l1112.exe  l202.exe  l502.exe  l702.exe  l914.exe     putils.hlp
basis         g09          l1014.exe  l111.exe   l202.hlp  l502.hlp  l703.exe  l915.exe     rwfdump
bsd           gau-cpp      l101.exe   l112.exe   l301.exe  l503.exe  l716.exe  l916.exe     rwfdump.hlp
c8609         gau-fsplit   l101.hlp   l113.exe   l301.hlp  l503.hlp  l716.hlp  l916.hlp     testrt
c8609.hlp     gau-machine  l102.exe   l114.exe   l302.exe  l506.exe  l801.exe  l918.exe     testrt.hlp
chkchk        gauopt       l103.exe   l115.exe   l303.exe  l506.hlp  l801.hlp  l923.exe     tests
copychk       gauopt.hlp   l103.hlp   l115.hlp   l308.exe  l508.exe  l802.exe  l923.hlp     uff.prm
cubegen       gauoptl      l105.exe   l116.exe   l310.exe  l510.exe  l804.exe  l9999.exe    unfchk
cubegen.hlp   gauoptl.hlp  l106.exe   l117.exe   l311.exe  l510.hlp  l811.exe  l9999.hlp    unfchk.hlp
cubman        gautraj      l107.exe   l118.exe   l314.exe  l601.exe  l901.exe  mdutil.hlp   utilam.hlp
cubman.hlp    ghelp        l108.exe   l120.exe   l316.exe  l601.hlp  l902.exe  mm           util.hlp
demofc        ghelp.hlp    l109.exe   l121.exe   l318.exe  l602.exe  l903.exe  mm2.prm      utilnz.hlp
dftba.prm     ghmain.hlp   l1101.exe  l122.exe   l319.exe  l604.exe  l904.exe  mm.hlp
dreiding.prm  ham506       l1101.hlp  l123.exe   l401.exe  l607.exe  l905.exe  newzmat
em64t.flag    ham506.hlp   l1102.exe  l123.hlp   l401.hlp  l608.exe  l906.exe  newzmat.hlp
formchk       l1002.exe    l110.exe   l124.exe   l402.exe  l609.exe  l908.exe  oplsaa.prm
formchk.hlp   l1002.hlp    l1110.exe  l1.exe     l405.exe  l610.exe  l913.exe  osutil.hlp
ayhan@linux-meh1:~/Desktop/g09> cd bsd
ayhan@linux-meh1:~/Desktop/g09/bsd> ls
at             compall         g09.login             gau-hname    make-ldir         setup-make
bldg09         comphalf        g09.profile           gau-ranlib   make-nutill       subg09
cachesize      convert-mm2     gau-arflags           gau-unlimit  makeutilcd        target
change_size    convert_tinker  GauDiff_Compare.pm    gdiff        mkunixcd          testl1
checkf         cpp.h           GauDiff_diff.css      get-ref      movemerged        test-times
ckall          diff-src        GauDiff_GenOpt.pm     getx         mygau             tgzip
ckfail         dom             GauDiff_IO.pm         ghelp.awk    platform_b01.pdf  upd
ckwork         do-util         GauDiff_sorttable.js  gzt          release_b01.txt   updatelink
cleanscr       examine_size    GauDiff_Status.pm     install      ren               updatelink1
clearipc       extract-ghelp   GauDiff_TestFiles.pm  linda-ln     rennew            x86type
cloneg09       extuffex        GauDiff_TextUtils.pm  linda-lnx    rfhello
clone-working  fetch-ref       GauDiff_Utils.pm      lxi-working  save-working
co1            fixlib          Gau_External          lx-working   set-mflags
comp           fixlog.pl       gau-get               make-edir    setup-linda
ayhan@linux-meh1:~/Desktop/g09/bsd>


Düzenleme Notu: Komut ve çıktıları için code etiketi kullanınız.

[heartsmagic]

@pervanem, neden kurulmuyor, sıkıntı nedir? Lütfen tam olarak ne denediğini ve ne sonuç aldığını buraya aktar.

[if]

README yazacağıma INSTALL yazmışım.

[pervanem]

@if
readme diye bi dosya bulamadım...
yukarıda g09 ve onun içinde olan bsd içindeki dosyalar görünüyor diğer dosyalrın içine de baktım
readme dosyası yok...

sıkıtım, programı kuramıyorum...
bu programın windows sürümü elimde var 32 -bit
linuxda ve 64 bitte daha hızlı hesaplamalar yapacağımı düşünüyorumm..
programı torrentten indirdim....
çogu siteye baktım
http://linuxtoolkit.blogspot.com/2010/04/unix-binary-gaussian-09-revision-a02.html

bişeyler yazıyor ama kuramadım...
yardımcı olursan çok makbule geçecek...

[if]

@pervanem,

Kod Seç Genişlet

sudo groupadd g09
sudo useradd -G g09 kullanıcı_adı
sudo chgrp -R g09 ~/g09
cd ~/g09
./bsd/install komutlarının çıktısını alabilir miyim?

[pervanem]

Kod Seç Genişlet

ayhan@linux-meh1:~> sudo groupadd g09
sudo: groupadd: command not found
ayhan@linux-meh1:~> cd Desktop
ayhan@linux-meh1:~/Desktop> sudo groupadd g09
sudo: groupadd: command not found
ayhan@linux-meh1:~/Desktop> cd g09
ayhan@linux-meh1:~/Desktop/g09> sudo groupadd g09
sudo: groupadd: command not found
ayhan@linux-meh1:~/Desktop/g09>

sudo groupadd g09
komutunu nerde yazmalıyım
yukarıdaki gibi birkaç diizinde yazdım.sonuç görüldğü gibi

[if]

@pervanem, groupadd komutu niye yokki sizde. İlk komut yerine bunu uygulayıp devam edin.

Kod Seç Genişlet

sudo addgroup g09

[pervanem]

Kod Seç Genişlet

ayhan@ubuntu:~/Desktop$ chown -R root:gaussian g09
chown: invalid group: `root:gaussian'
ayhan@ubuntu:~/Desktop$ sudo groupadd g09
groupadd: group 'g09' already exists
ayhan@ubuntu:~/Desktop$ sudo useradd -G g09 ayhan
useradd: user 'ayhan' already exists
ayhan@ubuntu:~/Desktop$ sudo chgrp -R g09 ~/g09
chgrp: cannot access `/home/ayhan/g09': No such file or directory
ayhan@ubuntu:~/Desktop$ sudo chgrp -R g09 g09
ayhan@ubuntu:~/Desktop$ cd g09
ayhan@ubuntu:~/Desktop/g09$ ./bsd/install
bash: ./bsd/install: /bin/csh: bad interpreter: No such file or directory
ayhan@ubuntu:~/Desktop/g09$ ./bsd/install
bash: ./bsd/install: /bin/csh: bad interpreter: No such file or directory
ayhan@ubuntu:~/Desktop/g09$ sudo addgroup g09
addgroup: The group `g09' already exists.
ayhan@ubuntu:~/Desktop/g09$

@if
ubuntu 11.10 u yükledim dedilerini yaptım çıktı yukarıdaki gibi oldu...

Düzenleme notu: Komut ve çıktıları [code][/code] etiketi içerisinde veriniz.

[if]

@pervanem, g09 dosyası nerede?

[pervanem]

masaüstünde
yani sanal makineden açtığım SuSe/ubuntu işletimi sisteminin Desktop u üzerine attım

[if]

@pervanem,

Kod Seç Genişlet

sudo chgrp -R g09 ~/Desktop/g09
cd ~/Desktop/g09
./bsd/install ile devam edin.

[pervanem]

http://d.hizliresim.com/upload.php


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 22 Mart 2012 - 13:33:48



Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 22 Mart 2012 - 13:45:07



Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 22 Mart 2012 - 13:45:47

[heartsmagic]

csh yok sende, yani C kabuğu. Hani illa onu ister mi bilemiyorum, isterse eğer:

Kod Seç Genişlet

sudo apt-get install csh ile kurabilirsin, ayarlayabilirsin. Belki kurulum ayarlarında bash ile çalışmasını sağlayacak bir şeyler vardır.

[mokoko3535]

Merhaba,

Bence bunu kurmak yerine en aşağıda belirtiğim yerlere üye olursan gaussian 09 linux ortamda Linda ile paralel bir şekilde hesaplama şansın olur.
Eğer pc hızına güveniyorsan ve yeterli olacak diyorsan;

şu adımları izle.
ilk önce csh kabuğu yüklü olmalıdır. yoksa depodan yukle.

Kod Seç Genişlet


/bin/csh                                                       
setenv g09root /home/ayhan/gauss             
mkdir /home/ayhan/gauss                           
cd $g09root                                                   

(entera basdıkdan sonra /home/ayhan/gauss dizinin içine elindeki gaussian 09 içine aç veya dışarda aç içine g09 dosyasını kopyala)

Kod Seç Genişlet

cd g09                                                           
chgrp -R ayhan g09                                       
./bsd/install                                             

(entera basdıkdan sonra gaussian yüklenmiştir. exit yazıp entr la çık . not: sadece gaussian 09 yuklendi arayuzu yuklenmedi.)


yukardaki işlemi yaptıkdan sonra konsolu kapat tekrar aç ve şu kodları yaz login olmak için.

Kod Seç Genişlet

/bin/csh                                                       
setenv g09root /home/ayhan/gauss           
source $g09root/g09/bsd/g09.login            

(entera bas ve login oldun artık deneme hesabına geç)

Kod Seç Genişlet


cd /home/ayhan/gauss/g09/tests/com     
g09 < test000.com                                    
sonra konsolda akan hesabı göreceksin.


Not: Yinede TR-grid ve UYBHM dan hesap yapmak çok avantajlı ve çok hızlıdır.
Eğer işlemi gerçekleştirirsen buradan olduğunu yazarsan diğer kişilerde bu yazdıklarımı kullanabilirler.
iyi çalışmalar.

www.uybhm.itu.edu.tr/
www.grid.org.tr/

Düzenleme Notu: Komutları kod etiketi içerisinde veriniz.

[pervanem]

@mokoko3535
ilgilendiğiniz için çok teşekkür ederim...
1 aydan fazla süredir bu programı kurmaya çalışıyorum....

kişisel bilgisayarıma bu programı yüklemek istiyorum...
Tr-Gride üye oldum oraya da mümkünse bu programı yüklemek istiyorum...

oraya da benzer kodlarla mı yükleniyor. lisanssız program yükleyebilir miyiz onu da bilmiyorumm...
elimde şu an lisanssız gaussian var. lisanslı gaussianı linux versiyonunu (Tr-Grid linux sürüm istiyor) araştırma projesi ile aldırıp Tr-Grid bilgisyaralarını kullanmak istiryorum.

resimlerdeki gibi dediklerinizi yaptım...
/bin/csh                                                       
setenv g09root /home/ayhan/gauss             
mkdir /home/ayhan/gauss                           
cd $g09root




sonra sıkıştırılmış dosyadan çıkarılmış (g09.tar.bz2 den çıkarılmış) g09 klasörünü gauss klasörünün (dizininin) içine kopyaladım.


cd g09                                                           
chgrp -R ayhan g09                                       
./bsd/install



chgrp -R ayhan g09
komutu resimde görüldüğü gibi oldu, bunun olmaması sorun çıkarır mı?
./bsd/install
dedim. program kuruldu sanırım... ben böyle kurulum beklemiyordum... Yüzdeler çıkacak tar komutuyla tgz dosyasından çıkarma gibi ekranlarla karşılaşacağım sanıyordum..

terminali kapattım ve

/bin/csh                                                       
setenv g09root /home/ayhan/gauss           
source $g09root/g09/bsd/g09.login


cd /home/ayhan/gauss/g09/tests/com     
g09 < test000.com   


hesap hemen bitti (çok basit bir hesaptı)
hesaplamanın akışı aşağıdaki resimlerdeki gibidir






hesap burda hata verdi bunun nedeni başka şeyler olabilir input dosyası ya da başka şeyler bilmiyorumm
en azında buraya kadar gelmek benim için büyük bir şey


arkadaşım tekrar çok teşekkr ederim....
umarım görsel olarak mokoko3535 arkadaşımın dediğini anlatman diğer arkadaşların da işine yarar...


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 03 Nisan 2012 - 11:44:17

[mokoko3535]

Merhaba;

@pervanem isim neydi senin ve hangi okuldaydın. Bilim dalın ne? TR-Grid e üyü oldukdan sonra oradaki kurulumu böyle yapma tekililerden yardım al ve orada hesaplamalr bir script üzerinden oluyor.
iyi çalışmalar.

[pervanem]

openSUSEde yapmıştım yukarıda yapılanları...
işlemleri bu sefer ubuntu 11.10 da denedim...
sıkıntısız sonuç aldım....
teşekkürler mokoko3535 )

[if]

@pervanem, sorun çözüldü ise çözüldü etiketi vurunuz ki biz de konuyu kilitleyelim.

[pervanem]

ismim ayhan cumhuriyet üni organik kimyadayım...
Tr-Gridde bu komutlarla bişeyler yapmaya çalıştım, şimdilik sonuç alamadım...
sonra yetkililere e-posta gönderdim... bakalım...
if arkadaşım konu çözüldü etiktei nasıl vuruluyor bilmiyorum...
konuyu ben açmadım belki açan etiket vuruyordur...

[if]

@pervanem, konuyu sizin açmadığınızı sonradan farkettim.

[mokoko3535]

Merhaba;

Tamam Ayhan.
Çalışmalarınızda başarılar dilerim.
Kolay gelsin. Orada bir .sh uzantılı script var oradan gerekli cevre degişkenlerini sana verilen kuyruk ismini o scripte yazmayı dene.
Eğer scriptten calıştırma yapmazsan bir iki izin verirler sonra kaydını silebilirler o hataya düşme.

İyi çalışmalar.

[pervanem]

teşekkr ederim @mokoko3535

tr-grid de yukarıdaki anlatımla kurulum yaptım hesaplamalar da yaptım...
kayıt silme dedin korkuttun beni...

script (betik.sh) işini denedim/deniyorum hala çalıştıramadım...
aşağıdaki şekilde betik dosyası hazırladım... (diğer kullanıcılardan görerek)

#!/bin/sh
#
#PBS -q trgrida@ce.ulakbim.gov.tr
#PBS -N gaussian09
#PBS -l nodes=2:ppn=4
#
## Export all my environment variables to the job
#PBS -V
#
## Change to my working directory
Export CALISMA_DIZINI=/home_palamut2/axxxx/.globus

if [ "x$PBS_NODEFILE" != "x" ] ; then
  echo "PBS Nodefile: $PBS_NODEFILE"
  HOST_NODEFILE=$PBS_NODEFILE
fi

if [ "x$HOST_NODEFILE" = "x" ]; then
  echo "No hosts file defined.  Exiting..."
  exit
fi

cd $CALISMA_DIZINI
cat $HOST_NODEFILE>nodes
CPU_NEEDED=`cat $HOST_NODEFILE | wc -l`


export g09root=$HOME/g09
export GAUSS_SCRDIR=/data/tmp
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
export LD_LIBRARY_PATH=$g09root/g09:$LD_LIBRARY_PATH
GAUSS_LFLAGS="-kaon -kainterval 100 -nodefile '$HOST_NODEFILE'";export GAUSS_LFLAGS
PATH=$TMPDIR:$PATH; export PATH

home_palamut2/axxxx/.globus/g09/g09 < Hg.gjf > Hg.out 2> Hg.err

başka betikler de hazırladım.
komut satırında .globus dizinine girdim

qsub betik.sh   yazdım
qsub:  file must be an ascii script

yazısıyla karşılaşıyorum...
yetkililere e-posta yazdım hala dönülmedi...

"g09 (gaussian dizini)" ve "hg.gjf" dosyam ".globus" dizinini içinde.

acaba betik.sh yazmadan önce farklı yolla gaussian kurulumu mu gerekiyor?

bikaç sorum daha olacak hocam,
"Hg.gjf" windowsta hazırladığım innput dosyası
başka arkadaşların inputu "*.com" şeklinde
(başka arkadaşlar bu dosyaları "gabedit"le mi yoksa "linux gaussview"le mi hazırlıyorlar bilmiyorum)
Hg.gjf dosyasıyla hesap vermemin sakıncaları var mı?
bu *.gjf uzantısı hesaplamayı etkiler mi?

konsol de
g09 < Hg.gjf yazdığımda akan hesabı görüyorum...
lakin
g09 < Hg.gjf > Hg.out yazdığımda hesap oluyor ama akan hesabı göremiyorum...

akan hesabı çıkış dosyası yazdığımda da görebilir miyim...

[mokoko3535]

merhaba;

Script hatalı bana göre .
Kendi kuyruk ismini kullandınmı ona dikkat et.
programı hangi kabuk ile kurdun scrpti hangi kabuk ile acdın. buna dikkat et.
Sen iki tane scripte node istemişin 4 cekirdekli fakat lindayı kurdun mu ki istiyorsun iki tane  buna dikkat et.
İstersen kullanıcı adını yaz ve permision izin ver bana scripti sayfana hazırlayıp koyayım.
kullanıcı son 2 harfini burdan yaz buraya girince bakarım.

Gjf veya com olması birseyi degiştirmez.

kolay gelsin.

[pervanem]

hocam merhaba,
sayfayı bugün gördüm...

izin verdim...
çok sağolun...

linda ne demek onu anlamadık
zahmet olmazsa onu da kurar mısınız