Ubuntuda Espresso Programı

[iskender023]

Merhabalar Ubuntunun 9.10 sürümünü kullanıyorum. Moleküler dinamik programlama yapmam için Espresso programını yüklemem gerekiyor. Ama indirebileceğim herhangi bir site bulamadım.  Ubuntuda yada linux ta bu programı kullanan arkadaşlar var mı? Bana yol gösterirse çok sevinirim.

[garafatma]

Bu program normalde windows'tamı çalışıyor?

[iskender023]

tam olarak bilmiyorum fakat çalışsa bile bana linuxta çalışanı gerekli.

[garafatma]

http://espressowiki.mpip-mainz.mpg.de/wiki/index.php/Really_download_ESPResSo

Bu adresten kendine uygun olanı indirip kurabilirsin. Forumda veya Wikide program derleme başlıklarını bir kontrol etmen gerekiyor yalnız bilmiyorsan.

[iskender023]

keiser_soze link için çok teşekkür ederim ama oradan yükleyip konsoldan programı çalıştırdıktan sonra
********************************************************************************
configure-ac: error:
*******************************************************************************
Could not link against the (static) Tcl library (libtcl*.a)           
Please add the library path to LDFLAGS (e.g. configure LDFLAGS=-L/usr/lib)! 
********************************************************************************
See `config.log' for more details.
make: *** [all] Error 1
********************************************************************************
diye bi sorunla karşılaşıyorum. Bu sorunu çözemediğim için başka bir link aramıştım ilgin için teşekkür ederim.

[sema]

Arkadaşlar konu sanırım yanlış yere açılmış. Şimdilik bırakıyorum konuyu açan arkadaşın görmesi için, yarın daha uygun bir yere taşırız. Çözülmesi dileğiyle, kolay gelsin

[eribol]

Uygun bölüme taşındı

[eribol]

Kod Seç Genişlet

sudo apt-get install tcl8.5-dev komutundan sonra tekrar bir deneme yapar mısınız?

[eribol]

Az önce tcl paketini kurduk. Şimdi sıra tk kütüphaneleri kurmakta

Kod Seç Genişlet

sudo apt-get install tk8.5 bu komutun ardından espresso klasörüne uçbirimden gidip

Kod Seç Genişlet

./configure CPPFLAGS=-I/usr/include/tcl8.5 ile derleme yapıyoruz. Herhangi bir sorun vereceğini sanmıyorum. Ardından

Kod Seç Genişlet

makeve son olarak

Kod Seç Genişlet

./Espresso ile çalıştırıyoruz. Gerisi sizin bilgilerinize kalmış.

[iskender023]

eribol yardımın için çok sağol tcl ve tk kütüphanelerini yükledim ama yine olmadı anladığım kadarıyla sürüm sıkıntısı yaşıyorum. Espresso nun ana sayfasında bulunan 4 Espresso programının hepsini de denedim olmadı.

configure-ac:
********************************************************************************
* Note, that you are using a 64bit machine and ESPResSo tries to build a 64bit *
* binary. Please make sure that you are using a 64bit version of the library!  *
********************************************************************************
configure-ac: error:
********************************************************************************
* Could not link against the (static) Tcl library (libtcl*.a).                 *
* Please add the library path to LDFLAGS (e.g. configure LDFLAGS=-L/usr/lib)!  *
********************************************************************************

See `config.log' for more details.
sonunda böyle bir hata veriyor.

[eribol]

Kullandığınız sürüm 32 bit mi? Hata ondan kaynaklı sanırım, kütüphane çakışması mevcut.

[iskender023]

işletim sistemi 32 bit, bilgisayar ise 64 bite sahip. hangi sürümünü yüklemem gerektiğni açıkçası bende bilmiyorum. bilsem dahi her sürüm için ayrı ayrı Espresso programını nereden bulacağım.

[eribol]

Sizden istediği 64bit. Nasıl bir program bilmiyorum ama işlemciyle sıkı fıkı galiba. Bu nedenle 64bit istiyor. Ben 64bit kullanıyorum ve kurulumda herhangi bir sorun çıkmadı. Çalıştırdım da lakin ne olduğunu anlamadığımdan kapattım. Yani merak etmeyin tek yapmanız gerekn 64 sürümü indirip kurmak. Her biri için ayrı ayrı bir işlem gerekmez. Sistem kendisi 64bit için ayarlamaları yapıyor.

[iskender023]

teşekkür ederim galiba sizde moleküler dinamik hesaplamalarla uğraşıyorsunuz. size iyi çalışmalar anlaşılan bizim biraz daha terlememiz gerekiyor. kolay gelsin.

[eribol]

Hehe nerde bende o uğraş . Ben sadece sorun nedir diye kurdum deneme yaptım. Geri kalanı için zerre bilgim yok maalesef:)

[canosayan]

eribol'un en büyük hobisidir. boş zamanlarında moleküler dinamik hesaplamalarla uğraşır hep.

[eribol]

Evet. Şu sıralar molekülleri geçtim atomaltı dinamiğine bakınıyorum