[Çözüldü] bash ile pythona komut verme

[shigej38]

merhabalar arkadaşlar:
Bioinformatik analiz için kullandığım shell script yazdım bu script içerisinde bir adet python scripti kullanmam gerekiyor python ile yazdığım script kullanacağı dosyaları bash içerirsinde ki döngüde tanımlanmış olan dosyaları alarak yapıcaklarını yaptıktan sonra bir sonra ki dosyaya geçmesi gerekiyor ancak bash ile pythona dosyayı nasıl tanıtacağımı çözemedim yardımcı olabilir misiniz?

çözüm olarak düşündüğüm yöntem belki fikir verebilir size python içerisinde dosyaları input fonksiyonu ile tanımlatıp shell içerisinde ki dosyayı verebilir isem sorun çözülür diye düşünüyorum.

teşekkür ederim

[.py]

[mention=648742]@shigej38[/mention]bash script ile yaptıklarınızı python ilede yapabilirsiniz bash scripti paylaşirsaniz size yardımcı olmaya calisirim

[shigej38]

bahsettiğim sorunun çözümünü şu şekilde buldum

Kod Seç Genişlet


#!/bin/bash
python3 -c '
import os
import pandas as pd
def hastalik(dosya):
    database = pd.read_excel("gen.xlsx")
    vcf = pd.read_excel(dosya)
    dfdata = pd.DataFrame(database)
    dfvcf = pd.DataFrame(vcf)
    print(dfdata.columns)
    print(dfvcf.columns)
    merge = pd.merge(dfdata, dfvcf, on=dfdata.columns[2],how="inner")
    merge.to_excel("deneme.xlsx")
a = input("Dosya yolunu giriniz: ")
hastalik(a)
'

bu kodu python ile yazdıktan sonra bir betik dosyası oluşturup başına

Kod Seç Genişlet

#!/bin/bash
python3 -c '
komutlarını ekleyip python komutlarını direk olarak terminal ekranında bir betik içerisinde çalıştırabildim.