Perl'e başladım kullanılan temel kütüphaneleri paylaşabilirmisiniz ?

[91011]

Merhaba,

Annovar diye bioinformatik alanında bir yazılım var gen sınıflandırma ile alakalı yüksek lisans tezim için bu kodu python a çevirmeye çalışıyorum. Biyoinformatikte genelde Perl kullanılıyor çünkü regex işlemleri çok hızlı ve kolay yapılabiliyor Python a göre.

sayfası şurada : http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/

Genel olarak kodu okumaya alıştım, metin işlemek için iyi bir dil beğendim.
Python ı andırıyor ama Python değil. Böyle değişik bir tarzı var.

Bazen Perl ana sayfasından * bir şey okumaya çalışıyorum ama böyle değişik bir dökümantasyon tarzı var

Bazı şeyleri test ederken zorlanıyorum. Bir hash, array veya değişkeni dosyaya yazdırmak istiyorum ama pek kolay olmuyor.
Kodu yazmıyorum ama çok bir kütüphane bilmiyorum. Burada kullananlar varsa bildiğiniz böyle hayatı kolaylaştıracak kütüphaneler var mı ?

[Aaron]

Biyoinformatikte genelde Perl kullanılıyor çünkü regex işlemleri çok hızlı ve kolay yapılabiliyor Python a göre.

Bu genel kaniya nasil vardiniz bilmiyorum ama benim yasadigim yerde cok fazla biyomedikal ve biyoinformatik muhendisligi yapan sirket var ve cogu Python kullaniyor Perl degil. Ozellikle derin ogrenme gereksinimleri icin Tensorflow ya da PyTorch gibi kutuphaneler kullaniyorlar.

Size verebilecegim dil bagimsiz tavsiye su olur: kullanmak istediginiz herhangi bir kutuphaneyi kullanmaya baslamadan evvel toplulugunun ne derece aktif olduguna ve potansiyel sorunlariniza ne hizla cozum bulacaginiza bakin. Biraz piyasa arastirmasi yaparsaniz cogu firmanin bu alanlarda da Python kullandigini goreceksiniz. Hiz konusunu dert etmeyin. Cok buyuk veriler ile calismadiginiz surece optimizasyon gereksinimi duymazsiniz. Eger optimizasyon ihtiyaciniz olursa Numba ve benzeri kutuphaneler var onlari kullanabilirsiniz.

Bu arada yukarida bahsettiginiz kutuphanenin de bir Python alternatifi var — SNVPhyl

[91011]

Biyoinformatikte genelde Perl kullanılıyor çünkü regex işlemleri çok hızlı ve kolay yapılabiliyor Python a göre.

Bu genel kaniya nasil vardiniz bilmiyorum ama benim yasadigim yerde cok fazla biyomedikal ve biyoinformatik muhendisligi yapan sirket var ve çogu Python kullaniyor Perl degil. Ozellikle derin ogrenme gereksinimleri icin Tensorflow ya da PyTorch gibi kutuphaneler kullaniyorlar.

bakınız şurada https://stackoverflow.com/questions/2527170/why-is-perl-used-so-extensively-in-biology-research

Ayrıca kendi hocalarım da bunu söylüyor kendisi de bu alanda yetkin birisidir, işkembeden sallanmıyor.

Ben daha çok akademik taraftayım şu an bir ürün geliştirmiyorum. Perl için her yerde string manipulasyonu için en iyi dil olduğu söyleniyor diğer muadillerine göre çünkü regex ifadeleri dilin yapısında çok kolay kullanılıyor.

Onu da şuradan bakabilirsiniz https://stackoverflow.com/questions/1490745/why-is-perl-the-best-choice-for-most-string-manipulation-tasks

Biliyorsunuz biyoinformatik verileri yüzlerce GB text dosyasından oluşabiliyor. Biyoinformatik demek illa * her şey derin öğrenme, yapay zeka ile yapılacak demek değil

Tabi hangi alanda çalışıyorsan ihtiyacına göre iş yaparsın. Bende yapay zeka ile ilgili * bir şey yapsam ilk olarak python ile çalışırım.

[Aaron]

[mention=652239]@91011[/mention], regular expression tarafinda hizli olmasi konusunda hemfikiriz benim lafim bir kutuphane icin Perl ogreniyormussunuz izlenimi yaratmis olmaniz. Eger Python kullaniyorduysaniz ve daha sonra sadece ANNOVAR icin Perl ogreniyorsaniza idi soylediklerim cunku konu basligini da o sekilde acmissiniz. Bir de kullanim amaciniz icin bircok alternatif arac var; Biopython gibi, yapay zeka kullaniyormussunuz gibi dusunup Tensorflow ve PyTorch ornegi vermedim.

Annovar diye bioinformatik alanında bir yazılım var gen sınıflandırma ile alakalı yüksek lisans tezim için bu kodu python a çevirmeye çalışıyorum.

Bu sekilde ifade ettiginiz icin de emin olmasam da size bir alternatif sundum.

Tabi hangi alanda çalışıyorsan ihtiyacına göre iş yaparsın. Bende yapay zeka ile ilgili * bir şey yapsam ilk olarak python ile çalışırım.

Anliyorum ki siz de bu cumleniz ile Python'in sadece yapay zeka icin kullanildigini saniyorsunuz. Her neyse kendiniz icin en iyi karari vereceginizi dusunuyorum.

Dedigim gibi sizin calistiginiz alanlarda calisan insanlar da Python kullaniyor muhtemelen Perl de kullaniyorlardir. Ama market degerine baktigimda sizin ANNOVAR icin Perl ogreniyor olmanizi dogru bulmadigim icin paylastim fikrimi.

Iyi sanslar.

[91011]

Dedigim gibi sizin calistiginiz alanlarda calisan insanlar da Python kullaniyor muhtemelen Perl de kullaniyorlardir. Ama market degerine baktigimda sizin ANNOVAR icin Perl ogreniyor olmanizi dogru bulmadigim icin paylastim fikrimi.

Tabi ki ANNOVAR için Perl öğreniyorum çünkü Perl ile yazılmış bir yazılım, bu kodu Python ile yazarken Perl kodunu okuyup anlamam lazım, gerektiğinde bana uyan şekilde değiştirmem lazım, doğruluğunu test etmek için de Perl kodu ile kendi yazdığım kodun sonuçlarını karşılaştırmam lazım, Perl kodunu da teste göre değiştirebiliyor olmam lazım. Yani benim için bir zorunluluk. Ben zaten Python yazıyorum, ama Perl de yazarım. O yüzden burada Perl bilen arkadaşlardan bir tecrübe paylaşmalarını istedim. Çevremde de yok Perl ile ilgilenen fena olmaz diye düşündüm.