Bayesian BiClusterling program(Parçalama arızası (çekirdek döküldü))

[utkuertas]

Merhabalar Endüstri Müh. biterme tezi için BiClusterling  yapmaya çalışıyorum bu programa verileri girince bu hatayı alıyorum iki gündür uğraşmama rağmen bir sonuç bulamadım
yardımcı olabilirseniz sevinirim

Kod Seç Genişlet

utku@utkununki:~/İndirilenler/BBC_software$ sudo ./BBC -i test.txt -k 2 -o out.txt -n iqrn -r 90
[sudo] password for utku:
*** Bayesian BiClustering Starts! ***
*** Input file is opened successfully. It contains 12482 genes and 4 conditions. ***
Parçalama arızası (çekirdek döküldü)


programa burdan ulaşabilirsiniz kurulumu ve kullanımı ayrıntılı olarak anlatılıyor 

http://www.people.fas.harvard.edu/~junliu/BBC/

örnek dosya ya da buradan ulaşabilirsinizhttp://dosya.co/xgc9lmdvb9oq/a.xlsx.html

[7hr33l3t73r]

Cekirdegin, neden dokuldugune dahil bir fikrim yok. Verilen cikti yeterli degil. Fikir sahibi olunabilmesi icin gdb ile backtrace yapilabilir. Sorun, sizin dosyanizdan da kaynaklanabilir, diye dusunuyorum suan icin. Nasil bir format bicimin de  olmasi gerektigi acisindan bir fikrim de yok acikcasi ama siz nasil olmasini gerektigini biliyorsunuzdur sanirim.

[utkuertas]

[mention=626161]@7hr33l3t73r[/mention]

Starting program: /home/utku/Belgeler/BBC/BBC -i test.txt -k 2 -o out.txt -n iqrn -r 90
*** Bayesian BiClustering Starts! ***
*** Input file is opened successfully. It contains 5127 genes and 280 conditions. ***
*** Normalization finished ***

Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
0x000000000040cc6f in randomassign (nk=2, n=5127, clusterid=0x10a87b0)
    at kmeans.c:71
71     for (i=0;i<nk;i++) clusterid[map]=i;
(gdb)

Bahsi Geçen satır da şu şekilde devam ediyor





  for (i=0;i<nk;i++) clusterid[map]=i;
  for(i=nk;i<n;i++) {
    clusterid[map]=(int) gsl_ran_flat(r,0,nk);
    while (clusterid[map]==nk){
      clusterid[map]=(int) gsl_ran_flat(r,0,nk);
    }
  }
  free(map);
  return;
}




(gdb) backtrace

#0  0x000000000040ccd3 in randomassign (nk=2, n=5127, clusterid=0x10a87b0)
    at kmeans.c:73
#1  0x000000000040d3bc in kcluster (nk=2, nn=5127, pp=280, y=0x6468a0,
    clusterid=0x10a87b0, ifound=0x10a8790, npass=2) at kmeans.c:167
#2  0x000000000040448c in initial3 (nn=5127, pp=280, y=0x6468a0, nk=2,
    ek=0x610480, bk=0x610460, tau_e=0x6104a0, tau_a=0x610420, tau_b=0x610440,
    delta=0x611730, kapa=0x611750, sdelta=0x611770, skapa=0x611790,
    taua_a=0x611810, taua_b=0x611830, taub_a=0x611850, taub_b=0x611870,
    ek_a=0x6118d0, ek_b=0x6118f0, bk_a=0x611890, bk_b=0x6118b0, taue_a=10,
    taue_b=1) at func_BBC.c:385
#3  0x0000000000406c1d in gibbssample (fout=0x7fffffffdc40 "out.txt", nk=2,
    nn=5127, pp=280, y=0x6468a0, ym=0x6508e0, bk=0x610460, tau_a=0x610420,
    tau_b=0x610440, tau_e=0x6104a0, ek=0x610480, bk_a=0x611890, bk_b=0x6118b0,
    taua_a=0x611810, taua_b=0x611830, taub_a=0x611850, taub_b=0x611870,
    ek_a=0x6118d0, ek_b=0x6118f0, taue_a=10, taue_b=1, qq=0x6104c0,
    delta=0x611730, kapa=0x611750, sdelta=0x611770, skapa=0x611790,
    smu=0x6117b0, salpha=0x6117d0, sbeta=0x6117f0, bic=0x7fffffffdaa0)

[7hr33l3t73r]

Su girdi olarak eklediginiz test.txt dosyasinin icergi nasil..!  Paylasabiliyor musunuz?

[utkuertas]

http://dosya.co/hlho25qlf1xx/test.txt.html


daha önce yüklediğim exel dosyasının önce cvs sonra txt e çevrilmiş hali


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 28 Mayıs 2017 - 00:53:16
bu arada gksu ile çalıştırdığımda hata vermiyor fakat out.txt i de yazmıyor

[7hr33l3t73r]

Sizin dosyaniz uzerinden islem yapamadim. Incelemesi uzun.(Buyuk veri)
Ama biraz bakindim yazilima. Asagidaki gibi  bir ornek icerigi paylasmislar, ben de bu icerik uzerinden giderek duzenleme yaptim.
Lisansi icerigini incelemedigim icin suanlik duzenlemeleri paylasamiyorum. Ama istenirse kapali olarak ozelden paylasabilirim ama alternifleri varsa bakmanizi oneririm.
test.txt

Kod Seç Genişlet


$ cat test.txt
Sensitivity Specificity Overlapping  rate of clusters
ISA (0.6, 1) 1      0.84 0.99   0.84 0      0.12 1 3
ISA (0.6, 1.2) 0.95   0.53 0.84   0.90 0.06      0.08 10 8
ISA (0.7, 1.1) 0.84   0.68 0.91   0.84 0      0.16 10 8
SAMBA 0.43   0.39 0.99   0.99 0.31      0.3 7 14
CC         1      0.98     0      0 0.02      0         10 10
OPSMs 0.38   0.25 0.94   0.96 0.3      0.5 11 12
Plaid 1      1 1      0.73 0      0.63 1 11
BBC 1      1 1      1        0      0         1 3

Yukarida ki icerik ile calistirdigim zaman, gdb ile baktigim da sizde ayni hatayi aldim.

Kod Seç Genişlet


$ ./BBC -i test.txt  -k 2 -o out.txt -n iqrn -r 90
*** Bayesian BiClustering Starts! ***
*** Input file is opened successfully. It contains 8 genes and 5 conditions. ***
*** Normalization finished ***
[1]    11719 segmentation fault (core dumped)  ./BBC -i test.txt -k 2 -o out.txt -n iqrn -r 90
$ gdb ./BBC
(gdb) > r -i test.txt  -k 2 -o out.txt -n iqrn -r 90
     67    long* map=malloc(n*sizeof(long));
     68    for (i=0;i<n;i++)    map[i]=i;
     69    gsl_ran_shuffle(r,map,n,sizeof(int));
     70    //genprm(map,n);
// nk=0x2, clusterid=0x00007fffffffcc70  →  [...]  →  0x0000000000000000, i=0x0, map=0x00007fffffffcc80  →  [...]  →  0x0000000600000000
→   71    for (i=0;i<nk;i++) clusterid[map[i]]=i;
     72    for(i=nk;i<n;i++) {
     73      clusterid[map[i]]=(int) gsl_ran_flat(r,0,nk);
     74      while (clusterid[map[i]]==nk){
     75        clusterid[map[i]]=(int) gsl_ran_flat(r,0,nk);
───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────[threads ]────
[#0] Id 1, Name: "BBC", stopped, reason: SIGSEGV
───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────[ trace ]────
[#0] RetAddr: 0x40b572 → Name: randomassign(nk=0x2, n=0x22, clusterid=0x6403f0)
[#1] RetAddr: 0x40bca6 → Name: kcluster(nk=0x2, nn=0x22, pp=0x118, y=0x613c80, clusterid=0x6403f0, ifound=0x6403d0, npass=0x2)
[#2] RetAddr: 0x403f25 → Name: initial3(nn=0x22, pp=0x118, y=0x613c80, nk=0x2, ek=0x60f480, bk=0x60f460, tau_e=0x60f4a0, tau_a=0x60f420,
tau_b=0x60f440, delta=0x610730, kapa=0x610750, sdelta=0x610770, skapa=0x610790, taua_a=0x610810, taua_b=0x610830, taub_a=0x610850, taub_b=0x610870,
ek_a=0x6108d0, ek_b=0x6108f0, bk_a=0x610890, bk_b=0x6108b0, taue_a=10, taue_b=1)
[#3] RetAddr: 0x40635b → Name: gibbssample(fout=0x7fffffffd210 "out.txt", nk=0x2, nn=0x22, pp=0x118, y=0x613c80, ym=0x613da0, bk=0x60f460,
tau_a=0x60f420, tau_b=0x60f440, tau_e=0x60f4a0, ek=0x60f480, bk_a=0x610890, bk_b=0x6108b0, taua_a=0x610810, taua_b=0x610830, taub_a=0x610850,
taub_b=0x610870, ek_a=0x6108d0, ek_b=0x6108f0, taue_a=10, taue_b=1, qq=0x60f4c0, delta=0x610730, kapa=0x610750, sdelta=0x610770, skapa=0x610790,
smu=0x6107b0, salpha=0x6107d0, sbeta=0x6107f0, bic=0x7fffffffd1f8)
[#4] RetAddr: 0x4021f3 → Name: main(argc=0xb, argv=0x7fffffffd708)
[#5] RetAddr: 0x7ffff70a2511 → Name: __libc_start_main()
[#6] RetAddr: 0x400f5a → Name: _start()
─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
0x000000000040b572 in randomassign (nk=0x2, n=0x22, clusterid=0x6403f0) at kmeans.c:71
71   for (i=0;i<nk;i++) clusterid[map[i]]=i;
(gdb) >

Sonra biraz duzenledim.

Kod Seç Genişlet


$ ./BBC -i test.txt  -k 2 -o out.txt -n iqrn -r 10
*** Bayesian BiClustering Starts! ***
*** Input file is opened successfully. It contains 8 genes and 5 conditions. ***
*** Normalization finished ***
s*** Initialization finished. ***
*** Start Sampling. This step may take time. ***
*** Sampling finished! ***
*** Bayesian BiClustering finished! ***

$ cat out.txt
K=2 Number of stable clusters: 1 likelihood: -47.786114 Number of parameters: 5.000000 BIC: 114.016625
bicluster1
bicluster main effect: 0.178080
row genes names gene effects
1 ISA (0.6, 1) 0.261696
8 BBC 0.271237
col condition names condition effects
1 0.194436
3 Specificity 0.109458

$ ./BBC -i test.txt  -k 2 -o out.txt -n iqrn -r 90
*** Bayesian BiClustering Starts! ***
*** Input file is opened successfully. It contains 8 genes and 5 conditions. ***
*** Normalization finished ***
*** Initialization finished. ***
*** Start Sampling. This step may take time. ***
*** Sampling finished! ***
*** Bayesian BiClustering finished! ***

~/code/BBC
$ cat out.txt
K=2 Number of stable clusters: 0 likelihood: -54.812691 Number of parameters: 1.000000 BIC: 113.314261


Bazi sorunlar var. Biraz daha ugrasmak gerekiyor. Alternatif bir uygulamasi varsa, hic durmadan oraya yonelmenizi tavsiye ederim.

Kod Seç Genişlet


*** Bayesian BiClustering Starts! ***
*** Input file is opened successfully. It contains 8 genes and 5 conditions. ***
*** Normalization finished ***
gsl: ../gsl/gsl_vector_double.h:193: ERROR: index out of range
Default GSL error handler invoked.

Bir de sqrn ciktisi.

Kod Seç Genişlet


$ ./BBC -i test.txt  -k 2 -o out.txt -n sqrn -r 100;cat out.txt
*** Bayesian BiClustering Starts! ***
*** Input file is opened successfully. It contains 8 genes and 5 conditions. ***
*** Normalization finished ***
*** Initialization finished. ***
*** Start Sampling. This step may take time. ***
*** Sampling finished! ***
*** Bayesian BiClustering finished! ***

K=2 Number of stable clusters: 1 likelihood: -107.531128 Number of parameters: 12.000000 BIC: 259.328809
bicluster1
bicluster main effect: 0.181205
row genes names gene effects
1 ISA (0.6, 1) 0.101807
3 ISA (0.7, 1.1) -0.499416
7 Plaid 0.309031
8 BBC 0.309031
col condition names condition effects
1 0.036933
2 Sensitivity 0.448851
3 Specificity 0.086609
5 of clusters -0.412923

Yazilimi kapali olarak almak isterseniz. Bunun icin yazilmis bir betiktir.
BBC.sh