JNI ile OpenMS kütüphanesini Java'da kullanmak..

[voqka35]

Merhaba arkadaşlar,
Başlıkta yazdığım gibi bu proje üzerinde çalışmaktayım. Şuan sadece ufak bir örnek yapmak için, Netbeans'te .cpp dosyasına OpenMS header dosyalarını include edebildim. Fakat Main.java çalıştırdığımda  şu hatayı alıyorum,

"Exception in thread "main" java.lang.UnsatisfiedLinkError: /home/mert/NetBeansProjects/JNIDemoCdl/dist/libJNIDemoCdl.so: /home/mert/NetBeansProjects/JNIDemoCdl/dist/libJNIDemoCdl.so: undefined symbol: _ZTIN11xercesc_3_117SAXParseExceptionE"

Ekteki resimde görüldüğü gibi bazı header dosyalarını include etmeyince  bu hatayı almıyorum fakat oradaki 4 tane header dosyasında da aynı hatayı alıyorum.

JNI hakkında tecrübeli olan arkadaşlara proje dosyalarını gönderebilirim ya da daha detaylı anlatım isterseniz açıklayabilirim.


Şimdiden herkese teşekkürler,iyi çalışmalar.
   

[eklenti yönetici tarafından silindi]

[sem]

Merhabalar,

Siz doğrudan main metodunu çağırmışsınız sanırım,

Java kodunu da geçebilir misiniz buray? Bu JNI'ı java'ya nasıl tanıtıyorsunuz ve Java'daki Main metodunu hangi yöntem ile çağırıyorsunuz? Büyük ihtimal tek bir .java dosyanız vardır, buraya geçebilir misiniz dosyayı, kod etiketi içerisinde....

[voqka35]

Merhaba sem,

İlgin için sağol, istediklerini yazıyorum,ekte proje dosyalarımın kaç tane ve neler oldukları var,içeriklerini de istediğin şekilde ekliyorum.

JNIDemoJava.h

Kod Seç Genişlet

/* DO NOT EDIT THIS FILE - it is machine generated */
#include <jni.h>
/* Header for class jnidemojava_Main */

#ifndef _Included_jnidemojava_Main
#define _Included_jnidemojava_Main
#ifdef __cplusplus
extern "C" {
#endif
/*
* Class:     jnidemojava_Main
* Method:    nativePrint
* Signature: ()V
*/
JNIEXPORT void JNICALL Java_jnidemojava_Main_nativePrint
  (JNIEnv *, jobject);

#ifdef __cplusplus
}
#endif
#endif


JNIDemo.cpp

Kod Seç Genişlet

#include <jni.h>
#include <stdio.h>
#include "JNIDemoJava.h"


#include <OpenMS/config.h>
#include <OpenMS/FORMAT/EDTAFile.h>
//#include <OpenMS/FORMAT/FileHandler.h>
//#include <OpenMS/FORMAT/FileTypes.h>
//#include <OpenMS/FORMAT/FeatureXMLFile.h>
//#include <OpenMS/FORMAT/ConsensusXMLFile.h>
#include <OpenMS/FORMAT/IBSpectraFile.h>
#include <OpenMS/DATASTRUCTURES/StringListUtils.h>
#include <OpenMS/APPLICATIONS/TOPPBase.h>
#include <OpenMS/KERNEL/ConversionHelper.h>
using namespace OpenMS;
using namespace std;





JNIEXPORT void JNICALL Java_jnidemojava_Main_nativePrint
        (JNIEnv *env, jobject obj)
{



    printf("\nHello World from C++\n");
   



   

}


Main.java

Kod Seç Genişlet

/*
* To change this license header, choose License Headers in Project Properties.
* To change this template file, choose Tools | Templates
* and open the template in the editor.
*/

package jnidemojava;

/**
*
* @author mert
*/
public class Main {

    static {
    System.load("/home/mert/NetBeansProjects/JNIDemoCdl/dist/libJNIDemoCdl.so");
       }
    /**
     * @param args the command line arguments
     */
    public static void main(String[] args) {
      new Main().nativePrint();
    }

    private native void nativePrint() ;
   
}





Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 22 Nisan 2014 - 14:52:54
Ek olarak c++ compiler ayarlarım ve directories and headers ayarlarım ekteki şekilde.



[eklenti yönetici tarafından silindi]

[voqka35]

Bu sorunumu linker->addionatial options-> -lxerces-c komutunu ekleyerek çözdüm fakat bu sefer de hatasız build etmesine rağmen, main.java içinde, cpp kodlarımdaki class çalışmıyor, main.java da bu classı nasıl çağırabilirim ya da çalışmasını sağlayabilirim ?


Mesaj tekrarı yüzünden mesajınız birleştirildi. Bu mesajın gönderim tarihi : 29 Nisan 2014 - 14:18:36
.cpp kodlarım aşağıdaki gibi

Kod Seç Genişlet

#include <jni.h>
#include <stdio.h>
#include "JNIDemoJava.h"

#include <OpenMS/FORMAT/MzMLFile.h>
#include <OpenMS/KERNEL/StandardTypes.h>
#include <OpenMS/APPLICATIONS/TOPPBase.h>
#include <OpenMS/FORMAT/FileHandler.h>
#include <OpenMS/FILTERING/TRANSFORMERS/SpectraMerger.h>

#include <algorithm>
using namespace OpenMS;
using namespace std;
 




JNIEXPORT void JNICALL Java_jnidemojava_Main_nativePrint
        (JNIEnv *env, jobject obj)
{
    

    class TOPPSpectraMerger :
  public TOPPBase
{
public:
  TOPPSpectraMerger() :
    TOPPBase("SpectraMerger", "Merges spectra (each MS level separately), increasing S/N ratios.")
  {

  }

protected:
  void registerOptionsAndFlags_()
  {
    
    registerInputFile_("in", "<file>", "", "Input mzML file.");
    setValidFormats_("in", ListUtils::create<String>("mzML"));
    registerOutputFile_("out", "<file>", "", "Output mzML file with merged spectra.");
    setValidFormats_("out", ListUtils::create<String>("mzML"));

    registerStringOption_("merging_method", "<method>", "block_method", "Method of merging which should be used.", false);
    setValidStrings_("merging_method", ListUtils::create<String>("precursor_method,block_method"));

    registerSubsection_("algorithm", "Algorithm section for merging spectra");
  }

  Param getSubsectionDefaults_(const String & /*section*/) const
  {
    return SpectraMerger().getParameters();
  }

  ExitCodes main_(int, const char **)
  {
    //-------------------------------------------------------------
    // parsing parameters
    //-------------------------------------------------------------
    String in(getStringOption_("in"));
    String out(getStringOption_("out"));
    String merging_method(getStringOption_("merging_method"));

    //-------------------------------------------------------------
    // reading input
    //-------------------------------------------------------------
    FileHandler fh;
    FileTypes::Type in_type = fh.getType(in);

    PeakMap exp;
    fh.loadExperiment(in, exp, in_type, log_type_);
    exp.sortSpectra();

    //-------------------------------------------------------------
    // calculations
    //-------------------------------------------------------------

    SpectraMerger merger;
    merger.setParameters(getParam_().copy("algorithm:", true));
    if (merging_method == "precursor_method")
    {
      merger.mergeSpectraPrecursors(exp);
    }
    else if (merging_method == "block_method")
    {
      merger.mergeSpectraBlockWise(exp);
    }

    //-------------------------------------------------------------
    // writing output
    //-------------------------------------------------------------


    fh.storeExperiment(out, exp, log_type_);

    return EXECUTION_OK;
  }
 
  int main(int argc, const char ** argv)
{
  TOPPSpectraMerger tool;
  return tool.main(argc, argv);
}

};




   
    
 


   

}


[MRWhite]

Geç bir cevap ama belki başkaları yararlanır.

Kod Seç Genişlet


static {
  try
    System.loadLibrary("packagename");
  catch(Exception e)
    e.printStackTrace();
}


olarak kullanabilirsin.