Freesurfer konfigürasyon

[borabora]

Arkadaşlar merhaba,
Ubuntuya ve genelde linuxa yabancı olduğum için bir konuda yardıma ihtiyacım var.
Bir nöro bilimciyim ve freesurfer isimli MR analiz programını kullanmam gerekiyor. Programı indirdim kurdum (usr/local/lib kılasorunde). Gerekli lisans işlemlerini de hallettim.
Programın kendi sitesinde, program indirildikten sonra, her kullanım öncesi linuxa bir tanımlama yapılması gerektiği belirtiliyor.

Anladığım kadarıyla ilk başta aşağıdaki komutla freesurfer kılasorunu tanıtıyoruz:
export FREESURFER_HOME=<freesurfer_installation_directory>/freesurfer

Bu komutu ilk yazdığımda ubuntu "export" komutunu tanımadığını söyledi. Sonra netteki bazı sitelerden export komutunun bash shell'de çalıştığını öğrendim. Önce bash komutunu çalıştırınca export komutunu tanımaya başladı.

Daha sonra ise aşağıdaki komutla bir kaynak belirtiyoruz:

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

Bu komutu yazdığımda ise aslında ben -ls komutuyla SetUpFreeSurfer.sh dosyasını görebiliyor olmama karşın, ubuntu "no such file or directory" hatasını veriyor (dosyayı göremediğini söylüyor)

Freesurferın orjinal kurulum sayfasında ( http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/SetupConfiguration ) bir shell olayından bahsediliyor csh ve tcsh shellerinin kullanımı halinde "setenv" bash shellinin kullanımında ise "export" komutuyla kurulumun yapılması gerektiği belirtiliyor.

Nerede hata yaptığımı bilemiyorum. İşin ilginç tarafı programı ilk kurduğumda çalıştırmayı başardım ve bir vakanın analizini yapabildim ama daha sonra programı çalıştıramadım.

Yardımcı olabilirseniz çok sevinirim,

Saygılar ve şimdiden teşekkürler.
 

[cagriemer]

<freesurfer_installation_directory> dedigi kisimi /usr/local/lib ile degistiriyor musunuz?

[borabora]

Evet gerekli değişikliği yaptım ve ls komutuyla o dosyayı görebiliyorum ama ubuntu göremiyor!

[cagriemer]

Kod Seç Genişlet

source /usr/local/lib/freesurfer/SetUpFreeSurfer.sh

yukaridaki komut nasil bir cikti donduruyor?

[borabora]

Şu anda iş yerindeyim. Bu nedenle deneyemiyorum ama analiz bilgisayarının başına gider gitmez deneyeceğim ve çıktısını buraya göndereceğim.
Yardımlarınız için şimdiden teşekkürler!

[heartsmagic]

Üzerinde çalıştığın dağıtım nedir? Kullanılan kabuk nedir?